| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 104,233 | A→G | 34.6% | L71L (CTA→CTG) | ampE → | predicted inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 104,233 | 0 | A | G | 34.6% | 53.0 / 43.7 | 78 | L71L (CTA→CTG) | ampE | predicted inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/26); new base G (22/5); total (47/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.18e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
GCGATGGGCGTGACTTTTTTACTGTTACGCGCATTGCAGGGAGTATTGTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCGTCTTCATTATCATGCTTA > minE/104168‑104301 | gCGATGGGCGTGACTTTTTTACTGTTACGCGCATTGCAGGGAGTATTGTTCAACGTTCCCACgctgct > 1:2906930/1‑68 (MQ=255)gCGATGGGCGTGACTTTTTTACTGTTACGCGCATTGCAGGGAGTATTGTTCAACGTTCCCACgctgct > 1:2437829/1‑68 (MQ=255)gCGATGGGCGTGACTTTTTTACTGTTACGCGCATTGCAGGGAGTATTGTTCAACGTTCCCACGctgctg > 1:57470/1‑69 (MQ=255)gCGATGGGCGTGACTTTTTTACTGTTACGCGCATTGCAGGGAGTATTGTTCAACGTTCCCACGctgctg > 1:1763937/1‑69 (MQ=255)gCGATGGGCGTGACTTTTTTACTGTTACGCGCATTGCAGGGAGTATTGTTCAACGTTCCCACGctgctg > 1:1871433/1‑69 (MQ=255)gCGATGGGCGTGACTTTTTTACTGTTACGCGCATTGCAGGGAGTATTGTTCAACGTTCCCACGctgctg > 1:1894207/1‑69 (MQ=255)gCGATGGGCGTGACTTTTTTACTGTTACGCGCATTGCAGGGAGTATTGTTCAACGTTCCCACGctgctg > 1:1942719/1‑69 (MQ=255)gCGATGGGCGTGACTTTTTTACTGTTACGCGCATTGCAGGGAGTATTGTTCAACGTTCCCACGctgctg > 1:3341682/1‑69 (MQ=255)gCGATGGGCGTGACTTTTTTACTGTTACGCGCATTGCAGGGAGTATTGTTCAACGTTCCCACGctgctg > 1:1593085/1‑69 (MQ=255)gCGATGGGCGTGACTTTTTTACTGTTACGCGCATTGCAGGGAGTATTGTTCAACGTTCCCACGctgctg > 1:3266659/1‑69 (MQ=255)gCGATGGGCGTGACTTTTTTACTGTTACGCGCATTGCAGGGAGTATTGTTCAACGTTCCCACGctgctg > 1:3189815/1‑69 (MQ=255)gCGATGGGCGTGACTTTTTTACTGTTACGCGCATTGCAGGGAGTATTGTTCAACGTTCCCACGctgctg > 1:3127270/1‑69 (MQ=255)gCGATGGGCGTGACTTTTTTACTGTTACGCGCATTGCAGGGAGTATTGTTCAACGTTCCCACGctgctg > 1:2372797/1‑69 (MQ=255)gCGATGGGCGTGACTTTTTTACTGTTACGCGCATTGCAGGGAGTATTGTTCAACGTTCCCACGctgctg > 1:2965220/1‑69 (MQ=255)gCGATGGGCGTGACTTTTTTACTGTTACGCGCATTGCAGGGAGTATTGTTCAACGTTCCCACGctgctg > 1:2405471/1‑69 (MQ=255) gACTTTTTTACTGTTACGCGCATTGCAGGGAGTATTGTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGgctgct < 1:2745664/69‑1 (MQ=255) gACTTTTTTACTGTTACGCGCATTGCAGGGAGTATTGTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGgctgct < 1:1716611/69‑1 (MQ=255) gACTTTTTTACTGTTACGCGCATTGCAGGGAGTATTGTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGgctgct < 1:482083/69‑1 (MQ=255) gACTTTTTTACTGTTACGCGCATTGCAGGGAGTATTGTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGgctgct < 1:2060863/69‑1 (MQ=255) 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gCAGGGAGTATTGTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGgcgc > 1:775169/1‑69 (MQ=255) gCAGGGAGTATTGTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGgcgc > 1:482905/1‑69 (MQ=255) aTTGTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAg > 1:1188752/1‑68 (MQ=255) aTTGTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGt > 1:844211/1‑69 (MQ=255) aTTGTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGt > 1:3434887/1‑69 (MQ=255) aTTGTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGt > 1:2957469/1‑69 (MQ=255) aTTGTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGt > 1:2794751/1‑69 (MQ=255) aTTGTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGt > 1:1572552/1‑69 (MQ=255) ttGTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCtgtg < 1:1933763/50‑1 (MQ=255) ttGTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCtgtg < 1:3164726/50‑1 (MQ=255) ttGTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCtgtg < 1:2352876/50‑1 (MQ=255) ttGTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCtgtg < 1:809437/50‑1 (MQ=255) ttGTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGtt > 1:3433302/1‑69 (MQ=255) ttGTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGtt > 1:3233274/1‑69 (MQ=255) ttGTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGtt > 1:155298/1‑69 (MQ=255) ttGTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGtt > 1:154672/1‑69 (MQ=255) ttGTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGtt > 1:1318728/1‑69 (MQ=255) gTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTgtgt > 1:17102/1‑49 (MQ=255) gTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCg > 1:3039843/1‑69 (MQ=255) gTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCg > 1:935160/1‑69 (MQ=255) gTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCg > 1:2830592/1‑69 (MQ=255) gTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCg > 1:2804679/1‑69 (MQ=255) gTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCg > 1:3190250/1‑69 (MQ=255) gTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCg > 1:1700715/1‑69 (MQ=255) gTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGATGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCg > 1:1385803/1‑69 (MQ=255) gTTAAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCg > 1:322398/1‑69 (MQ=255) cAACGTTCCCACGCTGCTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTc > 1:269281/1‑65 (MQ=255) cAACGTTCCCACGCTGCTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTc > 1:793584/1‑65 (MQ=255) cAACGTTCCCACGCTGCTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTc > 1:1835712/1‑65 (MQ=255) cAACGTTCCCACGCTGCTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTc > 1:1758518/1‑65 (MQ=255) cAACGTTCCCACGCTGCTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTc > 1:1225668/1‑65 (MQ=255) cAACGTTCCCACGCTGCTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTc > 1:573406/1‑65 (MQ=255) cAACGTTCCCACGCTGCTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTc > 1:825718/1‑65 (MQ=255) cAACGTTCCCACGCTGCTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTc > 1:1422228/1‑65 (MQ=255) cAACGTTCCCACGCTGCTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTc > 1:2815533/1‑65 (MQ=255) cAACGTTCCCACGCTGCTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTc > 1:2419227/1‑65 (MQ=255) cAACGTTCCCACGCTGCTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTc > 1:3397088/1‑65 (MQ=255) cAACGTTCCCACGCTGCTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTc > 1:3367660/1‑65 (MQ=255) cAACGTTCCCACGCTGCTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTc > 1:2035040/1‑65 (MQ=255) cAACGTTCCCACGCTGCTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTc > 1:2960297/1‑65 (MQ=255) cAACGTTCCCACGCTGCTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTc > 1:226149/1‑65 (MQ=255) cAACGTTCCCACGCTGCTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTc > 1:2293105/1‑65 (MQ=255) cAACGTTCCCACGCTGCTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTc > 1:2338772/1‑65 (MQ=255) cAACGTTCCCACGCTGCTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTc > 1:3017611/1‑65 (MQ=255) cAACGTTCCCACGCTGCTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTc > 1:2380002/1‑65 (MQ=255) cAACGTTCCCACGCTGCTGGTGTGGATGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTgg > 1:1389798/1‑51 (MQ=255) cAACGTTCCCACGCTGCTGGTGTGGATGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGtta > 1:2696858/1‑64 (MQ=255) cAACGTTCACACGCTGCTGGTGTGGCTGATGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTc > 1:2958057/1‑65 (MQ=255) tcGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCGTCtt < 1:1418442/67‑1 (MQ=255) aCGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCGTCtt < 1:628962/68‑1 (MQ=255) aCGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCGTCtt < 1:2621875/68‑1 (MQ=255) aCGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCGTCtt < 1:1019010/68‑1 (MQ=255) aCGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCGTCtt < 1:3426801/68‑1 (MQ=255) cccACGCTACTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCtgtg < 1:88142/38‑1 (MQ=255) aCTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCGTCTTCATTATCATGCTTa < 1:2128028/69‑1 (MQ=255) aCTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCGTCTTCATTATCATGCTTa < 1:460802/69‑1 (MQ=255) aCTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCGTCTTCATTATCATGCTTa < 1:446161/69‑1 (MQ=255) | GCGATGGGCGTGACTTTTTTACTGTTACGCGCATTGCAGGGAGTATTGTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCGTCTTCATTATCATGCTTA > minE/104168‑104301 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |