| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,285,832 | G→A | 16.0% | pseudogene (82/327 nt) pseudogene (808/1053 nt) |
yeeL ← yeeL ← |
ECK1975:JW5325:b1979; hypothetical protein, C‑ter fragment ECK1975:JW1961+JW5325:b4497; hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,285,832 | 0 | G | A | 16.0% | 235.7 / 24.9 | 136 | pseudogene (82/327 nt) pseudogene (808/1053 nt) | yeeL yeeL | ECK1975:JW5325:b1979; hypothetical protein, C‑ter fragment ECK1975:JW1961+JW5325:b4497; hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (70/44); new base A (20/2); total (90/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.58e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.09e-01 | |||||||||||
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
GTCAGGAGTTATTGCGATATAAGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACGGTAGACATTATTATAACAATCCACTAATGCCCTGGCTTTATC > minE/1285770‑1285886 | gtCAGGAGTTATTGCGATATAAGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAgg > 1:859986/1‑68 (MQ=255)gtCAGGAGTTATTGCGATATAAGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAgg > 1:11189/1‑68 (MQ=255)gtCAGGAGTTATTGCGATATAAGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAgg > 1:2721780/1‑68 (MQ=255) aGGAGTTATTGCGATATAAGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATaa > 1:918723/1‑69 (MQ=255) aGGAGTTATTGCGATATAAGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATaa > 1:2092347/1‑69 (MQ=255) aGGAGTTATTGCGATATAAGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATaa > 1:2184348/1‑69 (MQ=255) aGGAGTTATTGCGATATAAGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATaa > 1:1656161/1‑69 (MQ=255) aGGAGTTATTGCGATATAAGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATaa > 1:1652140/1‑69 (MQ=255) aGGAGTTATTGCGATATAAGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATaa > 1:1627924/1‑69 (MQ=255) aGGAGTTATTGCGATATAAGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATaa > 1:2355063/1‑69 (MQ=255) aGGAGTTATTGCGATATAAGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATaa > 1:1579741/1‑69 (MQ=255) aGGAGTTATTGCGATATAAGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATaa > 1:1546248/1‑69 (MQ=255) aGGAGTTATTGCGATATAAGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATaa > 1:2586693/1‑69 (MQ=255) aGGAGTTATTGCGATATAAGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATaa > 1:1436968/1‑69 (MQ=255) aGGAGTTATTGCGATATAAGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATaa > 1:3349302/1‑69 (MQ=255) aGGAGTTATTGCGATATAAGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATaa > 1:475210/1‑69 (MQ=255) aGGAGTTATTGCGATATAAGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATaa > 1:664750/1‑69 (MQ=255) aGGAGTTATTGCGATATAAGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATaa > 1:756013/1‑69 (MQ=255) aGGAGTTATTGCGATATAAGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATa < 1:3060452/68‑1 (MQ=255) gTTATTGCGATATAAGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAAc > 1:1286593/1‑67 (MQ=255) gTTATTGCGATATAAGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAAc > 1:224873/1‑67 (MQ=255) gTTATTGCGATATAAGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACgg < 1:2715319/69‑1 (MQ=255) gTTATTGCGATATAAGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACgg < 1:1458380/69‑1 (MQ=255) gTTATTGCGATATAAGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACgg < 1:311778/69‑1 (MQ=255) gTTATTGCGATATAAGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACgg < 1:1190476/69‑1 (MQ=255) aTTGCGATATAAGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACGGTa > 1:3065479/1‑68 (MQ=255) aTTGCGATATAAGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACGGTa > 1:2481745/1‑68 (MQ=255) aTTGCGATATAAGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACGGTa > 1:940736/1‑68 (MQ=255) aGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACgt < 1:2856011/55‑2 (MQ=255) aGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACgg > 1:1107264/1‑55 (MQ=255) aGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACgg < 1:821397/55‑1 (MQ=255) aGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACgg < 1:3013693/55‑1 (MQ=255) aGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACgg > 1:2943827/1‑55 (MQ=255) aGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACgg > 1:3320153/1‑55 (MQ=255) aGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACgg > 1:1329855/1‑55 (MQ=255) aGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACgg < 1:2678144/55‑1 (MQ=255) aGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACgg > 1:913432/1‑55 (MQ=255) aGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACgg > 1:2271356/1‑55 (MQ=255) aGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACgg > 1:1689402/1‑55 (MQ=255) aGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACgg > 1:681585/1‑55 (MQ=255) aGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACgg < 1:577845/55‑1 (MQ=255) aGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACgg > 1:1848493/1‑55 (MQ=255) aGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACg > 1:364796/1‑54 (MQ=255) aGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACGGTAGACAttatta > 1:560264/1‑67 (MQ=255) aGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACGGTAGACAttatta > 1:1521203/1‑67 (MQ=255) aGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACGGTAGACATtattat < 1:455453/68‑1 (MQ=255) aGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACGGTAGACATtattat > 1:3022864/1‑68 (MQ=255) aGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACGGTAGACATtattat > 1:709982/1‑68 (MQ=255) aGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACGGTAGACATtattat > 1:290471/1‑68 (MQ=255) aGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACGGTAGACATtattat < 1:1227120/68‑1 (MQ=255) aGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACGGTAGACATtattat > 1:1137974/1‑68 (MQ=255) aGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACGGTAGACATtattat > 1:2631289/1‑68 (MQ=255) aGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACGGTAGACATaattat > 1:1420862/1‑68 (MQ=255) cATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACGGTAGACATTATTATAAc > 1:2043536/1‑69 (MQ=255) cATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACGGTAGACATTATTATAAc > 1:3255551/1‑69 (MQ=255) cATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACGGTAGACATTATTATAAc > 1:1538965/1‑69 (MQ=255) cATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACGGTAGACATTATTATAAc > 1:1910529/1‑69 (MQ=255) cATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACGGTAGACATTATTATAAc > 1:1321046/1‑69 (MQ=255) cATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACGGTAGACATTATTATAAc > 1:1052781/1‑69 (MQ=255) cATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACGGTAGACATTATTATAAc > 1:290891/1‑69 (MQ=255) cATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACGGTAGACATTATTATAAc > 1:2189406/1‑69 (MQ=255) aTGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACGGTAGACATTATTATAACAATc < 1:454477/65‑1 (MQ=255) tGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACGGTAGACATTATTATAACAATCCACt < 1:2598133/68‑1 (MQ=255) tGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACGGTAGACATTATTATAACAATCCACt < 1:2235317/68‑1 (MQ=255) tGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACGGTAGACATTATTATAACAATCCACt < 1:1892652/68‑1 (MQ=255) aTTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACgg < 1:2045439/42‑1 (MQ=255) tgctgcTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGTATAAACGGTAGACATTATTATAACAATCCACTAATGc < 1:2951422/69‑1 (MQ=255) tgctgcTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACGGTAGACATTATTATAACAATCCACTAATGc < 1:411550/69‑1 (MQ=255) tgctgcTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACGGTAGACATTATTATAACAATCCACTAATGc < 1:579933/69‑1 (MQ=255) tgctgcTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACGGTAGACATTATTATAACAATCCACTAATGc < 1:67142/69‑1 (MQ=255) tgctgcTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACGGTAGACATTATTATAACAATCCACTAATGc < 1:1727159/69‑1 (MQ=255) tgctgcTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACGGTAGACATTATTATAACAATCCACTAATGc < 1:2185469/69‑1 (MQ=255) tgctgcTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACGGTAGACATTATTATAACAATCCACTAATGc < 1:1597668/69‑1 (MQ=255) gctgctGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACGGTAGACATTATTATAACAATCCACTAATGc < 1:359644/68‑1 (MQ=255) ctgctgAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACGGTAGACATTATTATAACAATCCACTAATGc < 1:3128955/67‑1 (MQ=255) ctgctgAACGTTTAATCGAGGGTGATAAGGATAAACGGTAGACATTATTATAACAATCCACTAATGccc > 1:2386898/1‑69 (MQ=255) ctgctgAACGTTTAATCGAGGGTGATAAGGATAAACGGTAGACATTATTATAACAATCCACTAATGccc > 1:1759078/1‑69 (MQ=255) ctgctgAACGTTTAATCGAGGGTGATAAGGATAAACGGTAGACATTATTATAACAATCCACTAATGccc > 1:1835283/1‑69 (MQ=255) ctgctgAACGTTTAATCGAGGGTGATAAGGATAAACGGTAGACATTATTATAACAATCCACTAATGccc > 1:605351/1‑69 (MQ=255) ctgctgAACGTTTAATCGAGGGTGATAAGGATAAACGGTAGACATTATTATAACAATCCACTAATGccc > 1:203694/1‑69 (MQ=255) ctgctgAACGTTTAATCGAGGGTGATAAGGATAAACGGTAGACATTATTATAACAATCCACTAATGccc > 1:2105826/1‑69 (MQ=255) ctgctgAACGTTTAATCGAGGGTGATAAGGATAAACGGTAGACATTATTATAACAATCCACTAATGccc > 1:1047224/1‑69 (MQ=255) ctgctgAACGTTTAATCGAGGGTGATAAGGATAAACGGTAGACATTATTATAACAATCCACTAATGccc > 1:1294142/1‑69 (MQ=255) 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cGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACGGTAGACATTATTATAACAATCCACTAATGCCCTGGCTTTa < 1:3149348/69‑1 (MQ=255) cGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACGGTAGACATTATTATAACAATCCACTAATGCCCTGGCTTTa < 1:23258/69‑1 (MQ=255) tttAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACGGTAGACATTATTATAACAATCCACTAATGCCCTGGCTTTATc < 1:3265127/69‑1 (MQ=255) tttAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACGGTAGACATTATTATAACAATCCACTAATGCCCTGGCTTTATc < 1:832574/69‑1 (MQ=255) tttAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACGGTAGACATTATTATAACAATCCACTAATGCCCTGGCTTTATc < 1:3025264/69‑1 (MQ=255) tttAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACGGTAGACATTATTATAACAATCCACTAATGCCCTGGCTTTATc < 1:1016851/69‑1 (MQ=255) ttAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACGGTAGACATTATTATAACAATCCACTAATGCCCTGGCTTTATc < 1:1703922/68‑1 (MQ=255) | GTCAGGAGTTATTGCGATATAAGCATCTTTTATGATTGCTGCTGAACGTTTAATCGAGGGTGGTAAGGATAAACGGTAGACATTATTATAACAATCCACTAATGCCCTGGCTTTATC > minE/1285770‑1285886 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |