| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 104,845 | A→G | 73.7% | A275A (GCA→GCG) | ampE → | predicted inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 104,845 | 0 | A | G | 73.7% | 79.4 / 23.5 | 68 | A275A (GCA→GCG) | ampE | predicted inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (6/12); new base G (5/45); total (11/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.54e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGAGACGCCGAAGGCAGCGGTTTCAATGGCGAAGAAAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTGATTGCACTACTGACGATTTACGGGGCGTTGGTGTAAAGATTATTGCCCTCACCCTGTACGGGTGAGGG > minE/104779‑104907 | ggAGACGCCGAAGGCAGCGGTTTCAATGGCGAAGAAAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTGATTGCact < 1:749710/69‑1 (MQ=255) gagaCGCCGAAGGCAGCGGTTTCAATGGCGAAGAAAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTGATTGCacta > 1:3122242/1‑69 (MQ=255) aaGGCAGCGGTTTCAATGGCGAAGAAAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTTATTGCGCTACTTACGAtt < 1:2798162/69‑1 (MQ=255) aaGGCAGCGGTTTCAATGGCGAAGAAAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTTATTGCGCTACTGACGAtt < 1:264424/69‑1 (MQ=255) aaGGCAGCGGTTTCAATGGCGAAGAAAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTTATTGCGCTACTGACGAtt < 1:995004/69‑1 (MQ=255) aaGGCAGCGGTTTCAATGGCGAAGAAAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTTATTGCGCTACTGACGAtt < 1:900183/69‑1 (MQ=255) aaGGCAGCGGTTTCAATGGCGAAGAAAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTTATTGCGCTACTGACGAtt < 1:384514/69‑1 (MQ=255) aaGGCAGCGGTTTCAATGGCGAAGAAAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTTATTGCGCTACTGACGAtt < 1:3224432/69‑1 (MQ=255) aaGGCAGCGGTTTCAATGGCGAAGAAAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTTATTGCGCTACTGACGAtt < 1:3142443/69‑1 (MQ=255) aaGGCAGCGGTTTCAATGGCGAAGAAAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTTATTGCGCTACTGACGAtt < 1:1024848/69‑1 (MQ=255) aaGGCAGCGGTTTCAATGGCGAAGAAAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTTATTGCGCTACTGACGAtt < 1:2638778/69‑1 (MQ=255) aaGGCAGCGGTTTCAATGGCGAAGAAAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTTATTGCGCTACTGACGAtt < 1:2595913/69‑1 (MQ=255) aaGGCAGCGGTTTCAATGGCGAAGAAAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTTATTGCGCTACTGACGAtt < 1:2564497/69‑1 (MQ=255) aaGGCAGCGGTTTCAATGGCGAAGAAAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTTATTGCGCTACTGACGAtt < 1:2111624/69‑1 (MQ=255) aaGGCAGCGGTTTCAATGGCGAAGAAAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTTATTGCGCTACTGACGAtt < 1:2104537/69‑1 (MQ=255) aaGGCAGCGGTTTCAATGGCGAAGAAAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTTATTGCGCTACTGACGAtt < 1:1925289/69‑1 (MQ=255) aaGGCAGCGGTTTCAATGGCGAAGAAAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTTATTGCGCTACTGACGAtt < 1:1865341/69‑1 (MQ=255) aaGGCAGCGGTTTCAATGGCGAAGAAAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTTATTGCGCTACTGACGAtt < 1:1376710/69‑1 (MQ=255) aaGGCAGCGGTTTCAATGGCGAAGAAAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTTATTGCGCTACTGACGAtt < 1:1328763/69‑1 (MQ=255) aaGGCAGCGGTTTCAATGGCGAAGAAAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTTATTGCGCTACTGACGAtt < 1:1515719/69‑1 (MQ=255) aGGCAGCGGTTTCAATGGCGAAGAAAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTTATTGCGCTACTGACGAtt < 1:3141009/68‑1 (MQ=255) ggCAGCGGTTTCAATGGCGAAGAAAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTGATTGCACTACTGACGATTTa > 1:567962/1‑69 (MQ=255) ggCAGCGGTTTCAATGGCGAAGAAAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTGATTGCACTACTGACGATTTa > 1:1756884/1‑69 (MQ=255) ggCAGCGGTTTCAATGGCGAAGAAAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTGATTGCACTACTGACGATTTa > 1:495928/1‑69 (MQ=255) ggCAGCGGTTTCAATGGCGAAGAAAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTGATTGCACTACTGACGATTTa > 1:132779/1‑69 (MQ=255) gCAGCGGTTTCAATGGCGAAGAAAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTGATTGCACTACTGACGATTTAc > 1:2689971/1‑69 (MQ=255) gCAGCGGTTTCAATGGCGAAGAAAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTGATTGCACTACTGACGATTTAc > 1:1996356/1‑69 (MQ=255) gaagaaAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTGATTGCACTACTGACGATTTACGGGGCGTTGGTGTaaa < 1:63021/68‑1 (MQ=255) aagaaAACCTCGTTCGGGGTCGTGGTGGTGATTGCACTACTGACGATTTACGGGGCGTTGGTGTaaa < 1:3354412/67‑1 (MQ=255) agaaAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTTATTGCGCTACTGACGATTTACGGGGCGTTGGTGTAAAGat < 1:1929433/69‑1 (MQ=255) agaaAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTTATTGCGCTACTGACGATTTACGGGGCGTTGGTGTAAAGat < 1:1170394/69‑1 (MQ=255) agaaAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTTATTGCGCTACTGACGATTTACGGGGCGTTGGTGTAAAGat < 1:2963457/69‑1 (MQ=255) agaaAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTTATTGCGCTACTGACGATTTACGGGGCGTTGGTGTAAAGat < 1:3056214/69‑1 (MQ=255) agaaAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTTATTGCGCTACTGACGATTTACGGGGCGTTGGTGTAAAGat < 1:3223652/69‑1 (MQ=255) agaaAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTTATTGCGCTACTGACGATTTACGGGGCGTTGGTGTAAAGat < 1:1146688/69‑1 (MQ=255) agaaAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTTATTGCGCTACTGACGATTTACGGGGCGTTGGTGTAAAGat < 1:503935/69‑1 (MQ=255) agaaAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTTATTGCGCTACTGACGATTTACGGGGCGTTGGTGTAAAGat < 1:510612/69‑1 (MQ=255) agaaAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTTATTGCGCTACTGACGATTTACGGGGCGTTGGTGTAAAGat < 1:5689/69‑1 (MQ=255) agaaAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTTATTGCGCTACTGACGATTTACGGGGCGTTGGTGTAAAGat < 1:610631/69‑1 (MQ=255) agaaAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTTATTGCGCTACTGACGATTTACGGGGCGTTGGTGTAAAGat < 1:668253/69‑1 (MQ=255) agaaAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTTATTGCGCTACTGACGATTTACGGGGCGTTGGTGTAAAGat < 1:1213717/69‑1 (MQ=255) agaaAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTTATTGCGCTACTGACGATTTACGGGGCGTTGGTGTAAAGat < 1:781843/69‑1 (MQ=255) agaaAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTTATTGCGCTACTGACGATTTACGGGGCGTTGGTGTAAAGat < 1:89647/69‑1 (MQ=255) agaaAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTTATTGCGCTACTGACGATTTACGGGGCGTTGGTGTAAAGat < 1:2012805/69‑1 (MQ=255) agaaAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTTATTGCGCTACTGACGATTTACGGGGCGTTGGTGTAAAGat < 1:2414139/69‑1 (MQ=255) agaaAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTTATTGCGCTACTGACGATTTACGGGGCGTTGGTGTAAAGat < 1:2576421/69‑1 (MQ=255) agaaAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTTATTGCGCTACTGACGATTTACGGGGCGTTGGTGTAAAGat < 1:1710133/69‑1 (MQ=255) agaaAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTTATTGCGCTACTGACGATTTACGGGGCGTTGGTGTAAAGat < 1:2216335/69‑1 (MQ=255) agaaAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTTATTGCGCTACTGACGATTTACGGGGCGTTGGTGTAAAGat < 1:1831780/69‑1 (MQ=255) agaaAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTTATTGCGCTACTGACGATTTACGGGGCGTTGGTGTAAAGat < 1:2656787/69‑1 (MQ=255) agaaAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTTATTGCGCTACTGACGATTTACGGGGCGTTGGTGTAAAGat < 1:205309/69‑1 (MQ=255) agaaAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTTATTGCGCTACTGACGATTTACGGGGCGTTGGTGTAAAGat < 1:2728243/69‑1 (MQ=255) agaaAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTTATTGCGCTACTGACGATTTACGGGGCGTTGGTGTAAAGat < 1:2766290/69‑1 (MQ=255) agaaAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTGATTGCACTACTGACGATTTACGGGGCGTTGGTGTAAAGat < 1:680784/69‑1 (MQ=255) gaaAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTGATTGCACTACTGACGATTTACggg < 1:2655337/52‑1 (MQ=255) gaaAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTGATTGCACTACTGACGATTTACggg < 1:1311003/52‑1 (MQ=255) gaaAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTGATTGCACTACTGACGATTTACggg < 1:2304495/52‑1 (MQ=255) gaaAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTGATTGCACTACTGACGATTTACggg < 1:2350815/52‑1 (MQ=255) gaaAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTGATTGCACTACTGACGATTTACGGGGCGTTGGTGTAAAGat < 1:1856068/68‑1 (MQ=255) cgtggtcgtggtGGTTATTGCGCTACTGACGATTTACGGGGCGTTGGTGTAAAGat < 1:2935010/56‑1 (MQ=38) ggtcgtggtGGTGATTGCACTACTGACGATTTACGGGGCGTTGGTGTAAAGATTATTGCCCTCACCCTg < 1:2476387/69‑1 (MQ=255) ggtcgtggtGGTGATTGCACTACTGACGATTTACGGGGCGTTGGTGTAAAGATTATTGCCCTCACCCTg < 1:2426240/69‑1 (MQ=255) ggtcgtggtGGTGATTGCACTACTGACGATTTACGGGGCGTTGGTGTAAAGATTATTGCCCTCACCCTg < 1:1538035/69‑1 (MQ=255) ggtcgtggtGGTGATTGCACTACTGACGATTTACGGGGCGTTGGTGTAAAGATTATTGCCCTCACCCTg < 1:296035/69‑1 (MQ=255) ttGCGCTACTGACGATTTTCGGGGCGTTGGTGTAAAGat < 1:2276089/39‑1 (MQ=38) tGCGCTACTGACGATTTACGGGGCGTTGGTGTAAAGATTATTGCCCTCACCCTTCACggg > 1:825378/1‑60 (MQ=255) tGCGCTACTGACGATTTACGGGGCGTTGGTGTAAAGATTATTGCCCTCACCCTTCACGGGTGAggg > 1:2460488/1‑66 (MQ=255) tGCGCTACTGACGATTTACGGGGCGTTGGTGTAAAGATTATTGCCCTCACCCTTCACGGGTGAggg > 1:3278156/1‑66 (MQ=255) tGCGCTACTGACGATTTACGGGGCGTTGGTGTAAAGATTATTGCCCTCACCCTTCACGGGTGAggg > 1:2697976/1‑66 (MQ=255) tGCGCTACTGACGATTTACGGGGCGTTGGTGTAAAGATTATTGCCCTCACCCTTCACGGGTGAggg > 1:1354653/1‑66 (MQ=255) | GGAGACGCCGAAGGCAGCGGTTTCAATGGCGAAGAAAACCTCGTTCGTGGTCGTGGTGGTGATTGCACTACTGACGATTTACGGGGCGTTGGTGTAAAGATTATTGCCCTCACCCTGTACGGGTGAGGG > minE/104779‑104907 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |