| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,298,836 | A→C | 25.2% | L80L (CTT→CTG) | cobU ← | bifunctional cobinamide kinase and cobinamide phosphate guanylyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,298,836 | 0 | A | C | 25.2% | 162.8 / 68.5 | 123 | L80L (CTT→CTG) | cobU | bifunctional cobinamide kinase and cobinamide phosphate guanylyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (49/43); new base C (17/14); total (66/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.76e-01 | |||||||||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
CATCAGGGTCTTTATCGCCGCCATAATCAAACAACAGATTAGTCACCATTGTGGTAACGCATTCAAGCAACACAACCTCATTCGGGTTAATGTCTGCATGAATTAATTCATCAAGATGTTGCCAGCGCTCCA > minE/1298772‑1298903 | catcaGGGTCTTTATCGCCGCCATAATCAAACAACATATTAGTCACCATTGTGGTAACGCATTCAAGc > 1:2036284/1‑68 (MQ=255)catcaGGGTCTTTATCGCCGCCATAATCAAACAACAGATTAGTCACCATTGTGGTAACGCATTCAAg > 1:1949750/1‑67 (MQ=255)catcaGGGTCTTTATCGCCGCCATAATCAAACAACAGATTAGTCACCATTGTGGTAACGCATTCAAGc > 1:2057242/1‑68 (MQ=255)catcaGGGTCTTTATCGCCGCCATAATCAAACAACAGATTAGTCACCATTGTGGTAACGCATTCAAGc > 1:2672100/1‑68 (MQ=255)catcaGGGTCTTTATCGCCGCCATAATCAAACAACAGATTAGTCACCATTGTGGTAACGCATTCAAGc > 1:1722719/1‑68 (MQ=255)catcaGGGTCTTTATCGCCGCCATAATCAAACAACAGATTAGTCACCATTGTGGTAACGCATTCAAGc > 1:357818/1‑68 (MQ=255)catcaGGGTCTTTATCGCCGCCATAATCAAACAACAGATTAGTCACCATTGTGGTAACGCATTCAAGc > 1:2262018/1‑68 (MQ=255)catcaGGGTCTTTATCGCCGCCATAATCAAACAACAGATTAGTCACCATTGTGGTAACGCATTCAAGc > 1:3289005/1‑68 (MQ=255) aGGGTCTTTATCGCCGCCATAATCAAACAACAGATTAGTCACCATTGTGGTAACGCATTCAAGCAacac < 1:2867518/69‑1 (MQ=255) aGGGTCTTTATCGCCGCCATAATCAAACAACAGATTAGTCACCATTGTGGTAACGCATTCAAGCAacac < 1:399848/69‑1 (MQ=255) aGGGTCTTTATCGCCGCCATAATCAAACAACAGATTAGTCACCATTGTGGTAACGCATTCAAGCAacac < 1:367596/69‑1 (MQ=255) aGGGTCTTTATCGCCGCCATAATCAAACAACAGATTAGTCACCATTGTGGTAACGCATTCAAGCAacac < 1:1231946/69‑1 (MQ=255) aGGGTCTTTATCGCCGCCATAATCAAACAACAGATTAGTCACCATTGTGGTAACGCATTCAAGCAacac < 1:2482084/69‑1 (MQ=255) ggTCTTTATCGCCGCCATAATCAAACAACAGATTAGTCACCATTGTGTTAACGCATTCCAGCAAcacag < 1:2447476/69‑2 (MQ=255) ggTCTTTATCGCCGCCATAATCAAACAACAGATTAGTCACCATTGTGGTAACGCATTCCAGCAAcacag < 1:630240/69‑2 (MQ=255) ggTCTTTATCGCCGCCATAATCAAACAACAGATTAGTCACCATTGTGGTAACGCATTCCAGCAAcacag < 1:2954583/69‑2 (MQ=255) ggTCTTTATCGCCGCCATAATCAAACAACAGATTAGTCACCATTGTGGTAACGCATTCCAGCAAcacag < 1:1907312/69‑2 (MQ=255) ggTCTTTATCGCCGCCATAATCAAACAACAGATTAGTCACCATTGTGGTAACGCATTCCAGCAAcacag < 1:349011/69‑2 (MQ=255) ggTCTTTATCGCCGCCATAATCAAACAACAGATTAGTCACCATTGTGGTAACGCATTCCAGCAAcacag < 1:3053681/69‑2 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |