| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,299,765 | G→A | 37.5% | L66L (CTG→TTG) | yeeX ← | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,299,765 | 0 | G | A | 37.5% | 60.5 / 64.0 | 101 | L66L (CTG→TTG) | yeeX | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (36/27); new base A (10/28); total (46/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.70e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
GATGATGCCCTGGATTGCTTCAACGCTCATCCCCGGCTTGATGTAATCGCTCAGGTTGTCCAGCAGCAGGACGCGCTTCTGGTTGTCACGGATCTTTTTCTCAACGTCCTGAATTTCACGTTGCAGTTTGTT > minE/1299700‑1299831 | gatgatGCCCTGGATTGCTTCAACGCTCATCCCCGGCTTGATGTAATCGCTCAGGTTGTCcagcagcag < 1:419008/69‑1 (MQ=255)gatgatGCCCTGGATTGCTTCAACGCTCATCCCCGGCTTGATGTAATCGCTCAGGTTGTCcagcagcag < 1:2489788/69‑1 (MQ=255)gatgatGCCCTGGATTGCTTCAACGCTCATCCCCGGCTTGATGTAATCGCTCAGGTTGTCcagcagcag < 1:1104750/69‑1 (MQ=255)gatgatGCCCTGGATTGCTTCAACGCTCATCCCCGGCTTGATGTAATCGCTCAGGTTGTCcagcagcag < 1:577052/69‑1 (MQ=255)gatgatGCCCTGGATTGCTTCAACGCTCATCCCCGGCTTGATGTAATCGCTCAGGTTGTCcagcagcag < 1:22000/69‑1 (MQ=255)gatgatGCCCTGGATTGCTTCAACGCTCATCCCCGGCTTGATGTAATCGCTCAGGTTGTCcagcagcag < 1:2695404/69‑1 (MQ=255)gatgatGCCCTGGATTGCTTCAACGCTCATCCCCGGCTTGATGTAATCGCTCAGGTTGTCcagcagcag < 1:2685337/69‑1 (MQ=255)gatgatGCCCTGGATTGCTTCAACGCTCATCCCCGGCTTGATGTAATCGCTCAGGTTGTCcagcagcag < 1:3139533/69‑1 (MQ=255) atgatgCCCTGGATTGCTTCAACGCTCATCCCCGGCTTGATGTAATCGCTCAGGTTGTCcagcagcag < 1:2655956/68‑1 (MQ=255) ttGCTTCAACGCTCATCCCCGGCTTGATGTAATCGCTCAGGTTGTCCAGCAGCAGGACGCGCTTCTg < 1:2016274/67‑1 (MQ=255) ttGCTTCAACGCTCATCCCCGGCTTGATGTAATCGCTCAGGTTGTCCAGCAGCAGGACGCGCTTCTg < 1:1377169/67‑1 (MQ=255) tGCTTCAACGCTCATCCCCGGCTTGATGTAATCGCTCAGGTTGTCCAGCAGCAGGACGCGCTTCTg < 1:3121752/66‑1 (MQ=255) cGCTCATCCCCGGCTTGATGTAATCGCTCAGGTTGTCCAGCAGCAGGACGCGCTTCTGGTTGTCACgg < 1:1849212/68‑1 (MQ=255) cGCTCATCCCCGGCTTGATGTAATCGCTCAGGTTGTCCAGCAGCAGGACGCGCTTCTGGTTGTCACgg < 1:636863/68‑1 (MQ=255) cGCTCATCCCCGGCTTGATGTAATCGCTCAGGTTGTCCAGCAGCAGGACGCGCTTCTGGTTGTCACgg < 1:1616038/68‑1 (MQ=255) cGCTCATCCCCGGCTTGATGTAATCGCTCAGGTTGTCCAGCAGCAGGACGCGCTTCTGGTTGTCACgg < 1:1065084/68‑1 (MQ=255) tCCCCGGCTTGATGTAATCGCTCAGGTTGTCCAGCAGCAGGACGCGCTTCTg < 1:336868/52‑1 (MQ=255) ccctGGCTTGATGTATTCGCTCATGTTGTCCAGCAACAGGACGCGCTTCTGGTTGTCACGGATCtttt < 1:697197/68‑1 (MQ=255) ccctGGCTTGATGTAATCGCTCAGGTTGTCCAGCAACAGGACGCGCTTCTGGTTGTCACGGATCtttt < 1:208344/68‑1 (MQ=255) 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aaTCGCTCAGGTTGTCCAGCAACAGGACGCGCTTCTGGTTGTCACGGATCTTTTTCTCAACGTCCTGaa > 1:1631963/1‑69 (MQ=255) aaTCGCTCAGGTTGTCCAGCAACAGGACGCGCTTCTGGTTGTCACGGATCTTTTTCTCAACGTCCTGaa > 1:526434/1‑69 (MQ=255) aaTCGCTCAGGTTGTCCAGCAACAGGACGCGCTTCTGGTTGTCACGGATCTTTTTCTCAACGTCCTGaa > 1:2253623/1‑69 (MQ=255) tCGCTCAGGTTGTCCAGCAACAGGACGCGCTTCTGGTTGTc < 1:1085169/41‑1 (MQ=255) tCGCTCAGGTTGTCCAGCAACAGGACGCGCTTCTGGTTGTc < 1:516564/41‑1 (MQ=255) tCGCTCAGGTTGTCCAGCAACAGGACGCGCTTCTGGTTGTc < 1:2762281/41‑1 (MQ=255) tCGCTCAGGTTGTCCAGCAACAGGACGCGCTTCTGGTTGTc < 1:2938209/41‑1 (MQ=255) tCGCTCAGGTTGTCCAGCAACAGGACGCGCTTCTGGTTGTc < 1:384345/41‑1 (MQ=255) tCGCTCAGGTTGTCCAGCAACAGGACGCGCTTCTGGTTGTc < 1:254358/41‑1 (MQ=255) tCGCTCAGGTTGTCCAGCAACAGGACGCGCTTCTGGTTGTc < 1:138700/41‑1 (MQ=255) gCTCAGGTTGTCCAGCAGCAGGACGCGCTTCTGGTTGTCACGGATCTTTTTCTCAACGTCCTGAATTTc > 1:2532140/1‑69 (MQ=255) gCTCAGGTTGTCCAGCAGCAGGACGCGCTTCTGGTTGTCACGGATCTTTTTCTCAACGTCCTGAATTTc > 1:2872522/1‑69 (MQ=255) 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1:387432/1‑69 (MQ=255) gcagcagGACGCGCTTCTGGTTGTCACGGATCTTTTTCTCAACGTCCTGAATTTCACGTTGCAGTTTGt < 1:976549/69‑1 (MQ=255) gcagcagGACGCGCTTCTGGTTGTCACGGATCTTTTTCTCAACGTCCTGAATTTCACGTTGCAGTTTGt < 1:2754760/69‑1 (MQ=255) gcagcagGACGCGCTTCTGGTTGTCACGGATCTTTTTCTCAACGTCCTGAATTTCACGTTGCAGTTTGt < 1:1905040/69‑1 (MQ=255) gcagcagGACGCGCTTCTGGTTGTCACGGATCTTTTTCTCAACGTCCTGAATTTCACGTTGCAGTTTGt < 1:1182883/69‑1 (MQ=255) cagcagGACGCGCTTCTGGTTGTCACGGATCTTTTTCTCAACGTCCTGAATTTCACGTTGCAGTTTGtt < 1:3268532/69‑1 (MQ=255) cagcagGACGCGCTTCTGGTTGTCACGGATCTTTTTCTCAACGTCCTGAATTTCACGTTGCAGTTTGtt < 1:3142064/69‑1 (MQ=255) cagcagGACGCGCTTCTGGTTGTCACGGATCTTTTTCTCAACGTCCTGAATTTCACGTTGCAGTTTGtt < 1:2998468/69‑1 (MQ=255) cagcagGACGCGCTTCTGGTTGTCACGGATCTTTTTCTCAACGTCCTGAATTTCACGTTGCAGTTTGtt < 1:2815970/69‑1 (MQ=255) cagcagGACGCGCTTCTGGTTGTCACGGATCTTTTTCTCAACGTCCTGAATTTCACGTTGCAGTTTGtt < 1:2700375/69‑1 (MQ=255) cagcagGACGCGCTTCTGGTTGTCACGGATCTTTTTCTCAACGTCCTGAATTTCACGTTGCAGTTTGtt < 1:2635407/69‑1 (MQ=255) cagcagGACGCGCTTCTGGTTGTCACGGATCTTTTTCTCAACGTCCTGAATTTCACGTTGCAGTTTGtt < 1:2126129/69‑1 (MQ=255) cagcagGACGCGCTTCTGGTTGTCACGGATCTTTTTCTCAACGTCCTGAATTTCACGTTGCAGTTTGtt < 1:2045828/69‑1 (MQ=255) cagcagGACGCGCTTCTGGTTGTCACGGATCTTTTTCTCAACGTCCTGAATTTCACGTTGCAGTTTGtt < 1:781738/69‑1 (MQ=255) cagcagGACGCGCTTCTGGTTGTCACGGATCTTTTTCTCAACGTCCTGAATTTCACGTTGCAGTTTGtt < 1:1552362/69‑1 (MQ=255) cagcagGACGCGCTTCTGGTTGTCACGGATCTTTTTCTCAACGTCCTGAATTTCACGTTGCAGTTTGtt < 1:1506946/69‑1 (MQ=255) agcagGACGCGCTTCTGGTTGTCACGGATCTTTTTCTCAACGTCCTGAATTTCACGTTGCAGTTTGtt < 1:381763/68‑1 (MQ=255) agcagGACGCGCTTCTGGTTGTCACGGATCTTTTTCTCAACGTCCTGAATTTCACGTTGCAGTTTGtt < 1:1619287/68‑1 (MQ=255) | GATGATGCCCTGGATTGCTTCAACGCTCATCCCCGGCTTGATGTAATCGCTCAGGTTGTCCAGCAGCAGGACGCGCTTCTGGTTGTCACGGATCTTTTTCTCAACGTCCTGAATTTCACGTTGCAGTTTGTT > minE/1299700‑1299831 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |