| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,312,860 | C→T | 23.4% | A62V (GCG→GTG) | hisC → | histidinol‑phosphate aminotransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,312,860 | 0 | C | T | 23.4% | 64.5 / 13.4 | 51 | A62V (GCG→GTG) | hisC | histidinol‑phosphate aminotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/13); new base T (2/10); total (28/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.16e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.24e-01 | |||||||||||
TCAGCTTACTCAGCAAACGCTCAACCGCTACCCGGAATGCCAGCCGAAAGCGGTGATTGAAAATTACGCGCAATATGCAGGCGTAAAACCGGAGCAGGTGCTGGTCAGCCGTGGC > minE/1312810‑1312924 | tCAGCTTACTCAGCAAACGCTCAACCGCTACCCGGAATTCCAGCCGAAAGCGGTGATTGAAAATTAcg > 1:967412/1‑68 (MQ=255)tCAGCTTACTCAGCAAACGCTCAACCGCTACCCGGAATGCCAGCCTAAAGCGGTGATTGAAAATTAcg > 1:2517395/1‑68 (MQ=255)tCAGCTTACTCAGCAAACGCTCAACCGCTACCCGGAATGCCAGCCGAAAGCGGTGATTGAAAATTAcg > 1:367799/1‑68 (MQ=255)tCAGCTTACTCAGCAAACGCTCAACCGCTACCCGGAATGCCAGCCGAAAGCGGTGATTGAAAATTAcg > 1:2744516/1‑68 (MQ=255)tCAGCTTACTCAGCAAACGCTCAACCGCTACCCGGAATGCCAGCCGAAAGCGGTGATTGAAAATTAcg > 1:357447/1‑68 (MQ=255)tCAGCTTACTCAGCAAACGCTCAACCGCTACCCGGAATGCCAGCCGAAAGCGGTGATTGAAAATTAcg > 1:2266412/1‑68 (MQ=255)tCAGCTTACTCAGCAAACGCTCAACCGCTACCCGGAATGCCAGCCGAAAGCGGTGATTGAAAATTAcg > 1:2249014/1‑68 (MQ=255)tCAGCTTACTCAGCAAACGCTCAACCGCTACCCGGAATGCCAGCCGAAAGCGGTGATTGAAAATTAcg > 1:2238914/1‑68 (MQ=255)tCAGCTTACTCAGCAAACGCTCAACCGCTACCCGGAATGCCAGCCGAAAGCGGTGATTGAAAATTAcg > 1:2094366/1‑68 (MQ=255)tCAGCTTACTCAGCAAACGCTCAACCGCTACCCGGAATGCCAGCCGAAAGCGGTGATTGAAAATTAcg > 1:2009040/1‑68 (MQ=255)tCAGCTTACTCAGCAAACGCTCAACCGCTACCCGGAATGCCAGCCGAAAGCGGTGATTGAAAATTAcg > 1:194519/1‑68 (MQ=255)tCAGCTTACTCAGCAAACGCTCAACCGCTACCCGGAATGCCAGCCGAAAGCGGTGATTGAAAATTAcg > 1:1773845/1‑68 (MQ=255)tCAGCTTACTCAGCAAACGCTCAACCGCTACCCGGAATGCCAGCCGAAAGCGGTGATTGAAAATTAcg > 1:3022098/1‑68 (MQ=255)tCAGCTTACTCAGCAAACGCTCAACCGCTACCCGGAATGCCAGCCGAAAGCGGTGATTGAAAATTAcg > 1:3407390/1‑68 (MQ=255)tCAGCTTACTCAGCAAACGCTCAACCGCTACCCGGAATGCCAGCCGAAAGCGGTGATTGAAAATTAcg > 1:3284259/1‑68 (MQ=255)tCAGCTTACTCAGCAAACGCTCAACCGCTACCCGGAATGCAAGCCGAAAGCGGTGATTGAAAATTAcg > 1:347702/1‑68 (MQ=255) cTTACTCAGCAAACGCTCAACCGCTACCCGGAATGCCAGCCGAAAGCGGTGATTGAAAATTATGCGCaa < 1:441867/69‑1 (MQ=255) cTTACTCAGCAAACGCTCAACCGCTACCCGGAATGCCAGCCGAAAGCGGTGATTGAAAATTACGCGCaa < 1:2548420/69‑1 (MQ=255) cTTACTCAGCAAACGCTCAACCGCTACCCGGAATGCCAGCCGAAAGCGGTGATTGAAAATTACGCGCaa < 1:761812/69‑1 (MQ=255) cTTACTCAGCAAACGCTCAACCGCTACCCGGAATGCCAGCCGAAAGCGGTGATTGAAAATTACGCGCaa < 1:908399/69‑1 (MQ=255) cTTACTCAGCAAACGCTCAACCGCTACCCGGAATGCCAGCCGAAAGCGGTGATTGAAAATTACGCGCaa < 1:952073/69‑1 (MQ=255) cTTACTCAGCAAACGCTCAACCGCTACCCGGAATGCCAGCCGAAAGCGGTGATTGAAAATTACGCGCaa < 1:1244595/69‑1 (MQ=255) cTTACTCAGCAAACGCTCAACCGCTACCCGGAATGCCAGCCGAAAGCGGTGATTGAAAATTACGCGCaa < 1:3246745/69‑1 (MQ=255) cTTACTCAGCAAACGCTCAACCGCTACCCGGAATGCCAGCCGAAAGCGGTGATTGAAAATTACGCGCaa < 1:321489/69‑1 (MQ=255) cTTACTCAGCAAACGCTCAACCGCTACCCGGAATGCCAGCCGAAAGCGGTGATTGAAAATTACGCGCaa < 1:3193503/69‑1 (MQ=255) ttACTCAGCAAACGCTCAACCGCTACCCGGAATGCCAGCCGAAAGCGGTGATTGAAAATTACGCGCaa < 1:2715172/68‑1 (MQ=255) tcaCTCAGCAAACGCTCAACCGCTATCCGGAATGCCAACCGAAAGTGGTGATTGAAAAtt > 1:918465/3‑60 (MQ=255) tcaCTCAGCAAACGCTCAACCGCTATCCGGAATGACAACCGAAAGTGGTGATTGAAAAtt > 1:3127472/3‑60 (MQ=255) cGGAATGCCAGCCGAAAGCGGTGATTGAAAATTACGCGCAATATGCAGGCGTAAAACCGGAGCAGGTg < 1:31408/68‑1 (MQ=255) cGGAATGCCAGCCGAAAGCGGTGATTGAAAATTACGCGCAATATGCAGGCGTAAAACCGGAGCAGGTg < 1:868822/68‑1 (MQ=255) gAATGCCAGCCTAAAGCGGTGATTTAAAATTACGCGCaa < 1:135127/39‑1 (MQ=38) tGCCAGCCGAAAGCGGTGATTGAAAATTACGCGCAATATGCAGGCGTAAAACCGGAGCAGGTGCTGGTc > 1:3220925/1‑69 (MQ=255) tGCCAGCCGAAAGCGGTGATTGAAAATTACGCGCAATATGCAGGCGTAAAACCGGAGCAGGTGCTGGTc > 1:1137679/1‑69 (MQ=255) tGCCAGCCGAAAGCGGTGATTGAAAATTACGCGCAATATGCAGGCGTAAAACCGGAGCAGGTGCTGGTc > 1:619453/1‑69 (MQ=255) ccAGCCGAAAGCGGTGATTGAAAATTACGCGCAATATGCAGGCGTAAAAc > 1:783853/1‑50 (MQ=255) ccAGCCGAAAGCGGTGATTGAAAATTACGCGCAATATGCAGGCGTAAAACCGGAGCAGGTGCTGGTCAg > 1:1173584/1‑69 (MQ=255) ccAGCCGAAAGCGGTGATTGAAAATTACGCGCAATATGCAGGCGTAAAACCGGAGCAGGTGCTGGTCAg > 1:2645027/1‑69 (MQ=255) ccAGCCGAAAGCGGTGATTGAAAATTACGCGCAATATGCAGGCGTAAAACCGGAGCAGGTGCTGGTCAg > 1:2997219/1‑69 (MQ=255) ccAGCCGAAAGCGGTGATTGAAAATTACGCGCAATATGCAGGCGTAAAACCGGAGCAGGTGCTGGTCAg > 1:3075619/1‑69 (MQ=255) ccAGCCGAAAGCGGTGATTGAAAATTACGCGCAATATGCAGGCGTAAAACCGGAGCAGGTGCTGGTCAg > 1:3116900/1‑69 (MQ=255) ccAGCCGAAAGCGGTGATTGAAAATTACGCGCAATATGCAGGCGTAAAACCGGAGCAGGTGCTGGTCAg > 1:3127573/1‑69 (MQ=255) aaaGTGGTGATTGAAAATTACGCGCAATTTGCAGGCGTAAAACCGGAACAGGTGCTGGTCAGCCGTGgc < 1:1944445/69‑1 (MQ=255) aaaGTGGTGATTGAAAATTACGCGCAATATGCAGGCGTAAAACCGGAACAGGTGCTGGTCAGCCGTGgc < 1:2749990/69‑1 (MQ=255) aaaGTGGTGATTGAAAATTACGCGCAATATGCAGGCGTAAAACCGGAACAGGTGCTGGTCAGCCGTGgc < 1:414922/69‑1 (MQ=255) aaaGTGGTGATTGAAAATTACGCGCAATATGCAGGCGTAAAACCGGAACAGGTGCTGGTCAGCCGTGgc < 1:420736/69‑1 (MQ=255) aaaGTGGTGATTGAAAATTACGCGCAATATGCAGGCGTAAAACCGGAACAGGTGCTGGTCAGCCGTGgc < 1:2465286/69‑1 (MQ=255) aaaGTGGTGATTGAAAATTACGCGCAATATGCAGGCGTAAAACCGGAACAGGTGCTGGTCAGCCGTGgc < 1:443824/69‑1 (MQ=255) aaaGTGGTGATTGAAAATTACGCGCAATATGCAGGCGTAAAACCGGAACAGGTGCTGGTCAGCCGTGgc < 1:46298/69‑1 (MQ=255) aaaGTGGTGATTGAAAATTACGCGCAATATGCAGGCGTAAAACCGGAACAGGTGCTGGTCAGCCGTGgc < 1:2319386/69‑1 (MQ=255) aaaGTGGTGATTGAAAATTACGCGCAATATGCAGGCGTAAAACCGGAACAGGTGCTGGTCAGCCGTGgc < 1:1521070/69‑1 (MQ=255) aaaGTGGTGATTGAAAATTACGCGCAATATGCAGGCGTAAAACCGGAACAGGTGCTGGTCAGCCGTGgc < 1:3155775/69‑1 (MQ=255) | TCAGCTTACTCAGCAAACGCTCAACCGCTACCCGGAATGCCAGCCGAAAGCGGTGATTGAAAATTACGCGCAATATGCAGGCGTAAAACCGGAGCAGGTGCTGGTCAGCCGTGGC > minE/1312810‑1312924 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |