| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,335,308 | C→T | 43.4% | P163P (CCG→CCA) | fcl ← | bifunctional GDP‑fucose synthetase: GDP‑4‑dehydro‑6‑deoxy‑D‑mannose epimerase and GDP‑4‑dehydro‑6‑L‑deoxygalactose reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,335,308 | 0 | C | T | 43.4% | 31.6 / 74.9 | 99 | P163P (CCG→CCA) | fcl | bifunctional GDP‑fucose synthetase: GDP‑4‑dehydro‑6‑deoxy‑D‑mannose epimerase and GDP‑4‑dehydro‑6‑L‑deoxygalactose reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (37/19); new base T (27/16); total (64/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGCACAGTTTGATCCCG > minE/1335250‑1335371 | cTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGAc > 1:2056457/1‑67 (MQ=255)cTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACt > 1:1478679/1‑68 (MQ=255)cTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACt > 1:2299433/1‑68 (MQ=255)cTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTg > 1:1054953/1‑69 (MQ=255)cTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTg > 1:1766269/1‑69 (MQ=255)cTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTg > 1:3368501/1‑69 (MQ=255)cTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTg > 1:2072468/1‑69 (MQ=255)cTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTg > 1:3060390/1‑69 (MQ=255)cTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTg > 1:134735/1‑69 (MQ=255)cTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTg > 1:2213662/1‑69 (MQ=255)cTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTg > 1:1006210/1‑69 (MQ=255)cTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTg > 1:1186095/1‑69 (MQ=255)cTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACt > 1:646891/1‑68 (MQ=255)cTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACt > 1:2403459/1‑68 (MQ=255)cTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACt > 1:3154235/1‑68 (MQ=255)cTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTg > 1:1640568/1‑69 (MQ=255)cTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTg > 1:493716/1‑69 (MQ=255)cTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTg > 1:1991253/1‑69 (MQ=255)cTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTg > 1:1137935/1‑69 (MQ=255)cTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTg > 1:852947/1‑69 (MQ=255)cTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTg > 1:2110656/1‑69 (MQ=255)cTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTg > 1:315185/1‑69 (MQ=255)cTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTg > 1:1177019/1‑69 (MQ=255)cTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTg > 1:2306143/1‑69 (MQ=255)cTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTg > 1:2947594/1‑69 (MQ=255) ggATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGc > 1:1342576/1‑69 (MQ=255) aTGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAAt < 1:2761942/68‑1 (MQ=255) aTGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAAt < 1:1781902/68‑1 (MQ=255) gCGAATTACTCGTGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATcgc < 1:49830/69‑1 (MQ=255) gCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATcgc < 1:1769431/69‑1 (MQ=255) gCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATcgc < 1:1741139/69‑1 (MQ=255) gCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATcgc < 1:898596/69‑1 (MQ=255) gCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATcgc < 1:775713/69‑1 (MQ=255) cGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATcgcg > 1:3315884/1‑69 (MQ=255) cGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATcgcg > 1:1570966/1‑69 (MQ=255) ttACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCg < 1:2952946/69‑1 (MQ=255) aCTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTTAGCGGTAATCGCGTCCGTa > 1:1874444/1‑69 (MQ=255) aCTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGTTAATCGCGTCCGTa > 1:3420444/1‑69 (MQ=255) aCTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTa > 1:2479949/1‑69 (MQ=255) aCTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTa > 1:1205501/1‑69 (MQ=255) aCTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTa > 1:678041/1‑69 (MQ=255) aCTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTa > 1:598670/1‑69 (MQ=255) gTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTaa > 1:1280809/1‑43 (MQ=255) gTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTaag > 1:1477711/1‑66 (MQ=255) gTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGa > 1:96098/1‑69 (MQ=255) gtgtGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCTTGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGAtt < 1:679677/68‑1 (MQ=255) gtgtGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGAtt < 1:53927/68‑1 (MQ=255) gtgtGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGAtt < 1:3419056/68‑1 (MQ=255) gtgtGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGAtt < 1:2779807/68‑1 (MQ=255) gtgtGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGAtt < 1:911019/68‑1 (MQ=255) gtgtGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGAtt < 1:2581422/68‑1 (MQ=255) gtgtGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGAtt < 1:98293/68‑1 (MQ=255) gtgtGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGAtt < 1:1582519/68‑1 (MQ=255) gtgtGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGAtt < 1:2021859/68‑1 (MQ=255) gtgtGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGAtt < 1:2109037/68‑1 (MQ=255) gtgtGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGAtt < 1:1992320/68‑1 (MQ=255) gtgtGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGAtt < 1:1688917/68‑1 (MQ=255) gtgtGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGAtt < 1:1293657/68‑1 (MQ=255) gtgtGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGAtt < 1:2415975/68‑1 (MQ=255) gtgtGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGAtt < 1:1211684/68‑1 (MQ=255) gtgtGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGAtt < 1:1118881/68‑1 (MQ=255) tgGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACt > 1:482735/1‑50 (MQ=255) tgGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGATTca > 1:2587096/1‑66 (MQ=255) tgGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGATTca > 1:1373499/1‑66 (MQ=255) tgGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGATTca > 1:241804/1‑66 (MQ=255) tgGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGATTca > 1:1713161/1‑66 (MQ=255) tgGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGATTca > 1:1872411/1‑66 (MQ=255) tgGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGATTca > 1:2159708/1‑66 (MQ=255) tgGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGATTca > 1:1874419/1‑66 (MQ=255) tgGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGATTca > 1:1155977/1‑66 (MQ=255) tgGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGATTca > 1:2430475/1‑66 (MQ=255) tgGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGATTca > 1:3315893/1‑66 (MQ=255) tgGCCCGTACAGGTCGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGATTca > 1:2687832/1‑66 (MQ=255) ggCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGCCTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGca > 1:2347365/1‑68 (MQ=255) ggCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGcac > 1:2456599/1‑69 (MQ=255) ggCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGcac > 1:578003/1‑69 (MQ=255) ggCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGcac > 1:2818816/1‑69 (MQ=255) ggCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGACTCGcac > 1:2987696/1‑69 (MQ=255) cAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGTCGGTTGTATGATTCGCACAGTTTGAt < 1:3346218/69‑1 (MQ=255) cAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGCACAGTTTGAt < 1:189013/69‑1 (MQ=255) cAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGCACAGTTTGAt < 1:2687609/69‑1 (MQ=255) cAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGCACAGTTTGAt < 1:1669883/69‑1 (MQ=255) ggTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGCACAGTTTGa > 1:3401265/1‑66 (MQ=255) ggTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGCACAGTTTGa > 1:2452704/1‑66 (MQ=255) ggTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGCACAGTTTGa > 1:915129/1‑66 (MQ=255) ggTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGCACAGTTTGa < 1:2563964/66‑1 (MQ=255) ggTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGCACAGTTTGa < 1:1261894/66‑1 (MQ=255) ggTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGCACAGTTTGa < 1:699174/66‑1 (MQ=255) ggTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGCACAGTTTGa < 1:2907685/66‑1 (MQ=255) ggTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGCACAGTTTGa < 1:2301948/66‑1 (MQ=255) ggTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGCACAGTTTGa > 1:2949663/1‑66 (MQ=255) ggTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGCACAGTTTGa > 1:59374/1‑66 (MQ=255) ggTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGCACAGTTTGa > 1:2222928/1‑66 (MQ=255) ggTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGCACAGTTTGa > 1:2153055/1‑66 (MQ=255) ggTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGCACAGTTTGa < 1:3218970/66‑1 (MQ=255) ggTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGCACAGTTTGa < 1:440470/66‑1 (MQ=255) gttggttgGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGAtt < 1:577425/53‑1 (MQ=255) tGGTCGGCATGACTTAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGCACAGTTTGATCCCg > 1:1097152/1‑68 (MQ=255) tGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGCACAGTTTGATCCCg > 1:2179650/1‑68 (MQ=255) tGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGCACAGTTTGATCCCg > 1:3293797/1‑68 (MQ=255) | CTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGCACAGTTTGATCCCG > minE/1335250‑1335371 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |