| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,335,329 | G→C | 30.5% | R156R (CGC→CGG) | fcl ← | bifunctional GDP‑fucose synthetase: GDP‑4‑dehydro‑6‑deoxy‑D‑mannose epimerase and GDP‑4‑dehydro‑6‑L‑deoxygalactose reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,335,329 | 0 | G | C | 30.5% | 128.1 / 68.8 | 106 | R156R (CGC→CGG) | fcl | bifunctional GDP‑fucose synthetase: GDP‑4‑dehydro‑6‑deoxy‑D‑mannose epimerase and GDP‑4‑dehydro‑6‑L‑deoxygalactose reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (49/24); new base C (14/18); total (63/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.12e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
GCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGCACAGTTTGATCCCGGCGATTTTGGCAATAGCATAAGGC > minE/1335262‑1335395 | gCGAATTACTCGTGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATcgc < 1:49830/69‑1 (MQ=255)gCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATcgc < 1:1741139/69‑1 (MQ=255)gCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATcgc < 1:898596/69‑1 (MQ=255)gCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATcgc < 1:775713/69‑1 (MQ=255) cGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATcgcg > 1:1570966/1‑69 (MQ=255) cGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATcgcg > 1:3315884/1‑69 (MQ=255) ttACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCg < 1:2952946/69‑1 (MQ=255) aCTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTTAGCGGTAATCGCGTCCGTa > 1:1874444/1‑69 (MQ=255) aCTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGTTAATCGCGTCCGTa > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |