| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,335,350 | T→A | 28.7% | S149S (TCA→TCT) | fcl ← | bifunctional GDP‑fucose synthetase: GDP‑4‑dehydro‑6‑deoxy‑D‑mannose epimerase and GDP‑4‑dehydro‑6‑L‑deoxygalactose reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,335,350 | 0 | T | A | 28.7% | 142.2 / 66.0 | 108 | S149S (TCA→TCT) | fcl | bifunctional GDP‑fucose synthetase: GDP‑4‑dehydro‑6‑deoxy‑D‑mannose epimerase and GDP‑4‑dehydro‑6‑L‑deoxygalactose reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (52/25); new base A (12/19); total (64/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.94e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
GTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGCACAGTTTGATCCCGGCGATTTTGGCAATAGCATAAGGCTCGTTAGTCGGCTCCAGCG > minE/1335284‑1335414 | gTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGa > 1:96098/1‑69 (MQ=255) gtgtGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCTTGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGAtt < 1:679677/68‑1 (MQ=255) gtgtGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGAtt < 1:2581422/68‑1 (MQ=255) gtgtGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGAtt < 1:911019/68‑1 (MQ=255) gtgtGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGAtt < 1:53927/68‑1 (MQ=255) gtgtGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGAtt < 1:3419056/68‑1 (MQ=255) gtgtGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGAtt < 1:2779807/68‑1 (MQ=255) gtgtGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGAtt < 1:2415975/68‑1 (MQ=255) gtgtGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGAtt < 1:2109037/68‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |