| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,337,546 | A→C | 65.0% | T237T (ACT→ACG) | wcaE ← | predicted glycosyl transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,337,546 | 0 | A | C | 65.0% | 57.6 / 41.1 | 60 | T237T (ACT→ACG) | wcaE | predicted glycosyl transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (8/13); new base C (23/16); total (31/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.38e-01 | |||||||||||
CACTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGCC > minE/1337479‑1337587 | cACTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGgtag < 1:1173353/69‑1 (MQ=255)cACTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGgtag < 1:1855323/69‑1 (MQ=255)cACTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGgtag < 1:2301646/69‑1 (MQ=255)cACTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGgtag < 1:2708272/69‑1 (MQ=255)cACTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGgtag < 1:2978648/69‑1 (MQ=255)cACTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGgtag < 1:3402194/69‑1 (MQ=255)cACTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGgtag < 1:358935/69‑1 (MQ=255) aCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGgtagt > 1:2480316/1‑69 (MQ=255) aTTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGgtag < 1:1974685/55‑1 (MQ=255) aTTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTa < 1:1317102/67‑1 (MQ=255) aTTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTa < 1:301901/67‑1 (MQ=255) aTTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTa < 1:2270075/67‑1 (MQ=255) aTTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTa < 1:2206183/67‑1 (MQ=255) ggTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGgtag < 1:337422/52‑1 (MQ=255) ggTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGgtag < 1:3087435/52‑1 (MQ=255) ggTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGgtag < 1:3431224/52‑1 (MQ=255) ggTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGgtag < 1:2489456/52‑1 (MQ=255) ggTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGgtag < 1:781223/52‑1 (MQ=255) ggTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGgtag < 1:988072/52‑1 (MQ=255) ggTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGgtag < 1:1783024/52‑1 (MQ=255) ggTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGgtag < 1:1545195/52‑1 (MQ=255) ggTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGgtag < 1:1541234/52‑1 (MQ=255) ggTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAAt > 1:715351/1‑67 (MQ=255) tttCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAg > 1:1809435/1‑69 (MQ=255) tttCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAg < 1:636257/69‑1 (MQ=255) ttATATTCAGACTTTGTTATCTAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTa < 1:1873849/56‑1 (MQ=255) ttATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTa < 1:1187356/56‑1 (MQ=255) ttATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTa < 1:2623018/56‑1 (MQ=255) ttATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTa < 1:373760/56‑1 (MQ=255) ttATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTa < 1:2079538/56‑1 (MQ=255) ttATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTa < 1:2985403/56‑1 (MQ=255) ttATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTAGAGgtagt > 1:2400741/1‑45 (MQ=255) ttCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCg > 1:1216276/1‑49 (MQ=255) ttCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGt > 1:1479999/1‑50 (MQ=255) ttCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGt > 1:553383/1‑50 (MQ=255) ttCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGt > 1:1757541/1‑50 (MQ=255) ttCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGt > 1:1722399/1‑50 (MQ=255) ttCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGt > 1:1802206/1‑50 (MQ=255) aaGGCTTTCGTGTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGcc > 1:1141473/1‑62 (MQ=255) aaGGCTTTCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCGAAAAGcc > 1:2147969/1‑62 (MQ=255) aaGGCTTTCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGcc > 1:188069/1‑62 (MQ=255) aaGGCTTTCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGcc > 1:513585/1‑62 (MQ=255) aaGGCTTTCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGcc > 1:2021273/1‑62 (MQ=255) aaGGCTTTCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGcc > 1:600413/1‑62 (MQ=255) aaGGCTTTCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGcc > 1:1236198/1‑62 (MQ=255) aaGGCTTTCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGcc > 1:336036/1‑62 (MQ=255) aaGGCTTTCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGcc > 1:3130657/1‑62 (MQ=255) aaGGCTTTCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGcc > 1:3091607/1‑62 (MQ=255) aaGGCTTTCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGcc > 1:2093553/1‑62 (MQ=255) aaGGCTTTCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGcc > 1:2996410/1‑62 (MQ=255) aaGGCTTTCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGcc > 1:2106011/1‑62 (MQ=255) aaGGCTTTCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGcc > 1:2798806/1‑62 (MQ=255) aaGGCTTTCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGcc > 1:2302362/1‑62 (MQ=255) aaGGCTTTCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGcc > 1:950569/1‑62 (MQ=255) aaGGCTTTCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGcc > 1:2152023/1‑62 (MQ=255) aaGGCTTTCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGcc > 1:2646398/1‑62 (MQ=255) aaGGCTTTCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGcc > 1:1776744/1‑62 (MQ=255) aaGGCTTTCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGcc > 1:2802098/1‑62 (MQ=255) aaGGCTTTCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGcc > 1:172073/1‑62 (MQ=255) aaGGCTTTCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGcc > 1:167506/1‑62 (MQ=255) aaGGCTTTCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGc > 1:1912304/1‑61 (MQ=255) gCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGcc < 1:774992/59‑1 (MQ=255) gCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGcc < 1:590107/59‑1 (MQ=255) ttCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCa < 1:1935311/45‑1 (MQ=255) ttCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCa < 1:755960/45‑1 (MQ=255) ttCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCa < 1:1890696/45‑1 (MQ=255) ttCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCa < 1:922864/45‑1 (MQ=255) ttCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCa < 1:3367583/45‑1 (MQ=255) ttCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCa < 1:511066/45‑1 (MQ=255) ttCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCa < 1:2025393/45‑1 (MQ=255) ttCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCa < 1:366441/45‑1 (MQ=255) ttCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCa < 1:2036689/45‑1 (MQ=255) ttCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCa < 1:1295788/45‑1 (MQ=255) ttCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCa < 1:1335603/45‑1 (MQ=255) ttCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCa < 1:2320661/45‑1 (MQ=255) ttCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCa < 1:3105417/45‑1 (MQ=255) ttCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCa < 1:152936/45‑1 (MQ=255) ttCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCa < 1:2787900/45‑1 (MQ=255) ttCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCa < 1:2356609/45‑1 (MQ=255) | CACTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGCC > minE/1337479‑1337587 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |