| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,337,550 | C→T | 65.1% | R236H (CGT→CAT) | wcaE ← | predicted glycosyl transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,337,550 | 0 | C | T | 65.1% | 37.6 / 33.5 | 60 | R236H (CGT→CAT) | wcaE | predicted glycosyl transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (8/13); new base T (23/16); total (31/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
ATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTT > minE/1337493‑1337618 | aTTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTa < 1:2206183/67‑1 (MQ=255)aTTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTa < 1:301901/67‑1 (MQ=255)aTTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTa < 1:2270075/67‑1 (MQ=255)aTTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTa < 1:1317102/67‑1 (MQ=255) ggTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAAt > 1:715351/1‑67 (MQ=255) tttCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAg < 1:636257/69‑1 (MQ=255) tttCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAg > 1:1809435/1‑69 (MQ=255) ttATATTCAGACTTTGTTATCTAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTa < 1:1873849/56‑1 (MQ=255) ttATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTa < 1:2079538/56‑1 (MQ=255) ttATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTa < 1:1187356/56‑1 (MQ=255) ttATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTa < 1:373760/56‑1 (MQ=255) ttATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTa < 1:2623018/56‑1 (MQ=255) ttATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTa < 1:2985403/56‑1 (MQ=255) ttCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCg > 1:1216276/1‑49 (MQ=255) ttCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGt > 1:553383/1‑50 (MQ=255) ttCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGt > 1:1479999/1‑50 (MQ=255) ttCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGt > 1:1722399/1‑50 (MQ=255) ttCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGt > 1:1757541/1‑50 (MQ=255) ttCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGt > 1:1802206/1‑50 (MQ=255) aaGGCTTTCGTGTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGcc > 1:1141473/1‑62 (MQ=255) aaGGCTTTCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCGAAAAGcc > 1:2147969/1‑62 (MQ=255) aaGGCTTTCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGcc > 1:3091607/1‑62 (MQ=255) aaGGCTTTCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGcc > 1:2996410/1‑62 (MQ=255) aaGGCTTTCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGcc > 1:3130657/1‑62 (MQ=255) aaGGCTTTCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGcc > 1:2802098/1‑62 (MQ=255) aaGGCTTTCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGcc > 1:2798806/1‑62 (MQ=255) aaGGCTTTCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGcc > 1:2646398/1‑62 (MQ=255) aaGGCTTTCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGcc > 1:336036/1‑62 (MQ=255) aaGGCTTTCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGcc > 1:2302362/1‑62 (MQ=255) aaGGCTTTCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGcc > 1:513585/1‑62 (MQ=255) aaGGCTTTCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGcc > 1:600413/1‑62 (MQ=255) aaGGCTTTCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGcc > 1:950569/1‑62 (MQ=255) aaGGCTTTCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGcc > 1:2152023/1‑62 (MQ=255) aaGGCTTTCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGcc > 1:2106011/1‑62 (MQ=255) aaGGCTTTCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGcc > 1:172073/1‑62 (MQ=255) aaGGCTTTCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGcc > 1:1776744/1‑62 (MQ=255) aaGGCTTTCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGcc > 1:188069/1‑62 (MQ=255) aaGGCTTTCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGcc > 1:1236198/1‑62 (MQ=255) aaGGCTTTCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGcc > 1:167506/1‑62 (MQ=255) aaGGCTTTCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGcc > 1:2021273/1‑62 (MQ=255) aaGGCTTTCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGcc > 1:2093553/1‑62 (MQ=255) aaGGCTTTCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGc > 1:1912304/1‑61 (MQ=255) gCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGcc < 1:774992/59‑1 (MQ=255) gCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGcc < 1:590107/59‑1 (MQ=255) ttCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCa < 1:366441/45‑1 (MQ=255) ttCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCa < 1:3367583/45‑1 (MQ=255) ttCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCa < 1:1295788/45‑1 (MQ=255) ttCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCa < 1:511066/45‑1 (MQ=255) ttCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCa < 1:152936/45‑1 (MQ=255) ttCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCa < 1:3105417/45‑1 (MQ=255) ttCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCa < 1:1335603/45‑1 (MQ=255) ttCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCa < 1:1890696/45‑1 (MQ=255) ttCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCa < 1:1935311/45‑1 (MQ=255) ttCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCa < 1:2787900/45‑1 (MQ=255) ttCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCa < 1:2025393/45‑1 (MQ=255) ttCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCa < 1:755960/45‑1 (MQ=255) ttCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCa < 1:2356609/45‑1 (MQ=255) ttCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCa < 1:2320661/45‑1 (MQ=255) ttCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCa < 1:2036689/45‑1 (MQ=255) ttCGTCTTTGAGGTCGTATGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCa < 1:922864/45‑1 (MQ=255) cGTTGGCGTAAATGCGAGGATAATTCAGCCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACtttt > 1:1339543/1‑69 (MQ=255) cGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACtttt > 1:1107000/1‑69 (MQ=255) cGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACtttt > 1:1619527/1‑69 (MQ=255) cGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACtttt > 1:16994/1‑69 (MQ=255) cGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACtttt > 1:2399955/1‑69 (MQ=255) cGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACtttt > 1:2194649/1‑69 (MQ=255) cGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACttt > 1:25493/1‑68 (MQ=255) cGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACttt > 1:2064853/1‑68 (MQ=255) | ATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTT > minE/1337493‑1337618 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |