| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 107,365 | C→T | 31.5% | A178A (GCC→GCT) | pdhR → | DNA‑binding transcriptional dual regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 107,365 | 0 | C | T | 31.5% | 88.7 / 47.5 | 98 | A178A (GCC→GCT) | pdhR | DNA‑binding transcriptional dual regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (29/38); new base T (14/17); total (43/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACCGAAGCGGCCCACAATGTGGTTCTGCTTCATCTGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCCCAGAATGTCCGCCAGAACTTCGAATTGCTCTATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGAGT > minE/107303‑107428 | aCCGAAGCGTCCCACAATGTGGTTCTGCTTCATCTGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCCCAg < 1:2399229/66‑1 (MQ=255)aCCGAAGCGGCCCACAATGTGGTTCTGCTTCATCTGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCTCAGaa > 1:2113346/1‑68 (MQ=255)aCCGAAGCGGCCCACAATGTGGTTCTGCTTCATCTGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCTCAGaa > 1:743153/1‑68 (MQ=255)aCCGAAGCGGCCCACAATGTGGTTCTGCTTCATCTGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCTCAGaa > 1:2331827/1‑68 (MQ=255)aCCGAAGCGGCCCACAATGTGGTTCTGCTTCATCTGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCTCAGaa > 1:2366496/1‑68 (MQ=255)aCCGAAGCGGCCCACAATGTGGTTCTGCTTCATCTGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCTCAGAAt > 1:1911169/1‑69 (MQ=255)aCCGAAGCGGCCCACAATGTGGTTCTGCTTCATCTGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCTCAGAAt > 1:1946952/1‑69 (MQ=255)aCCGAAGCGGCCCACAATGTGGTTCTGCTTCATCTGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCTCAGAAt > 1:337673/1‑69 (MQ=255)aCCGAAGCGGCCCACAATGTGGTTCTGCTTCATCTGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCTCAGAAt > 1:2955920/1‑69 (MQ=255)aCCGAAGCGGCCCACAATGTGGTTCTGCTTCATCTGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCTCAGAAt > 1:1369807/1‑69 (MQ=255)aCCGAAGCGGCCCACAATGTGGTTCTGCTTCATCTGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCTCAGAAt > 1:831537/1‑69 (MQ=255)aCCGAAGCGGCCCACAATGTGGTTCTGCTTCATCTGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCTCAGAAt > 1:2390954/1‑69 (MQ=255)aCCGAAGCGGCCCACAATGTGGTTCTGCTTCATCTGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCTCAGAAt > 1:881067/1‑69 (MQ=255)aCCGAAGCGGCCCACAATGTGGTTCTGCTTCATCTGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCTCAGAAt > 1:2432995/1‑69 (MQ=255)aCCGAAGCGGCCCACAATGTGGTTCTGCTTCATCTGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCTCAGAAt > 1:2491271/1‑69 (MQ=255)aCCGAAGCGGCCCACAATGTGGTTCTGCTTCATCTGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCCCAg < 1:2723475/66‑1 (MQ=255)aCCGAAGCGGCCCACAATGTGGTTCTGCTTCATCTGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCCCAg < 1:1787997/66‑1 (MQ=255)aCCGAAGCGGCCCACAATGTGGTTCTGCTTCATCTGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCCCAg < 1:3038862/66‑1 (MQ=255)aCCGAAGCGGCCCACAATGTGGTTCTGCTTCATCTGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCCCAg < 1:2515981/66‑1 (MQ=255)aCCGAAGCGGCCCACAATGTGGTTCTGCTTCATCTGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCCCAg < 1:972290/66‑1 (MQ=255)aCCGAAGCGGCCCACAATGTGGTTCTGCTTCATCTGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCCCAg < 1:34859/66‑1 (MQ=255)aCCGAAGCGGCCCACAATGTGGTTCTGCTTCATCTGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCCCAg < 1:883226/66‑1 (MQ=255)aCCGAAGCGGCCCACAATGTGGTTCTGCTTCATCTGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCCCAGAAt > 1:2624678/1‑69 (MQ=255)aCCGAAGCGGCCCACAATGTGGTTCTGCTTCATCTGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCCCAGAAt > 1:420737/1‑69 (MQ=255)aCCGAAGCGGCCCACAATGTGGTTCTGCTTCATCTGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCCCAGAAt > 1:603937/1‑69 (MQ=255)aCCGAAGCGGCCCACAATGTGGTTCTGCTTCATCTGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCCCAGAAt > 1:645451/1‑69 (MQ=255) gAAGCGGCCCACAATGTGGTTCTGCTTCATCTGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCCCAGAATGTc > 1:3124695/1‑69 (MQ=255) gtgGTTCTGCTTCATCTGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCCCAg > 1:783530/1‑48 (MQ=255) gtgGTTCTGCTTCATCTGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCCCAg > 1:1748410/1‑48 (MQ=255) gtgGTTCTGCTTCATCTGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCCCAg > 1:2867662/1‑48 (MQ=255) 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1:177739/59‑1 (MQ=255) ggTTCTGCTTCATCTGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCCCAGAATGTCCGCCAg < 1:3107318/58‑1 (MQ=255) tGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCCCAGAATGTCCGCCAGAACTTCGAATTGctct > 1:310808/1‑60 (MQ=255) tGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCCCAGAATGTCCGCCAGAACTTCGAATTGCTCTATtcgcgtc > 1:2770162/1‑69 (MQ=255) tGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCCCAGAATGTCCGCCAGAACTTCGAATTGCTCTATtcgcgtc > 1:2819455/1‑69 (MQ=255) tGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCCCAGAATGTCCGCCAGAACTTCGAATTGCTCTATtcgcgtc > 1:2735292/1‑69 (MQ=255) tGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCCCAGAATGTCCGCCAGAACTTCGAATTGCTCTATtcgcgtc > 1:2730996/1‑69 (MQ=255) tGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCCCAGAATGTCCGCCAGAACTTCGAATTGCTCTATtcgcgtc > 1:2033175/1‑69 (MQ=255) tGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCCCAGAATGTCCGCCAGAACTTCGAATTGCTCTATtcgcgtc > 1:1219531/1‑69 (MQ=255) tGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCCCAGAATGTCCGCCAGAACTTCGAATTGCTCTATtcgcgt > 1:2689690/1‑68 (MQ=255) tGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCCCAGAATGTCCGCCAGAACTTCGAATTGCTCTATtcgcgt > 1:48402/1‑68 (MQ=255) 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ccGATGTTGGCTCAGAATGTCCGCCAGAACTTCGAATTGCTCTATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTg < 1:1056416/69‑1 (MQ=255) ccGATGTTGGCTCAGAATGTCCGCCAGAACTTCGAATTGCTCTATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTg < 1:1011828/69‑1 (MQ=255) ccGATGTTGGCTCAGAATGTCCGCCAGAACTTCGAATTGCTCTATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTg < 1:1963466/69‑1 (MQ=255) ccGATGTTGGCTCAGAATGTCCGCCAGAACTTCGAATTGCTCTATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTg < 1:2143034/69‑1 (MQ=255) ccGATGTTGGCTCAGAATGTCCGCCAGAACTTCGAATTGCTCTATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTg < 1:2049027/69‑1 (MQ=255) ccGATGTTGGCTCAGAATGTCCGCCAGAACTTCGAATTGCTCTATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTg < 1:1956448/69‑1 (MQ=255) cGATTTTGGCTCAGAATGTCCGCCAGAACTTCGAATTGCTCTATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTg < 1:724348/68‑1 (MQ=255) cGATGTTGGCTCAGAATGTCCGCCAGAACTTCGAATTGCTCTATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTg < 1:445180/68‑1 (MQ=255) gTTGGCCCAGAATGTCCGCCAGAACTTCGAATTGCTCTATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGag < 1:1598396/69‑1 (MQ=255) gTTGGCCCAGAATGTCCGCCAGAACTTCGAATTGCTCTATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGag < 1:2703332/69‑1 (MQ=255) gTTGGCCCAGAATGTCCGCCAGAACTTCGAATTGCTCTATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGag < 1:2391443/69‑1 (MQ=255) gTTGGCCCAGAATGTCCGCCAGAACTTCGAATTGCTCTATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGag < 1:2360492/69‑1 (MQ=255) gTTGGCCCAGAATGTCCGCCAGAACTTCGAATTGCTCTATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGag < 1:222481/69‑1 (MQ=255) gTTGGCCCAGAATGTCCGCCAGAACTTCGAATTGCTCTATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGag < 1:290274/69‑1 (MQ=255) gTTGGCCCAGAATGTCCGCCAGAACTTCGAATTGCTCTATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGag < 1:1628795/69‑1 (MQ=255) gTTGGCCCAGAATGTCCGCCAGAACTTCGAATTGCTCTATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGag < 1:3047801/69‑1 (MQ=255) gTTCGCCCAGAATGTCCGCCAGAACTTCGAATTGCTCTATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGag < 1:2045199/69‑1 (MQ=255) ttGGCCCAGAATGTCCGCCAGAACTTCGAATTGCTCTATtcgcgtcgc > 1:2836053/1‑48 (MQ=255) ttGGCCCAGAATGTCCGCCAGAACTTCGAATTGCTCTATtcgcgtcgc > 1:3360761/1‑48 (MQ=255) ttGGCCCAGAATGTCCGCCAGAACTTCGAATTGCTCTATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGagt > 1:61855/1‑69 (MQ=255) ttGGCCCAGAATGTCCGCCAGAACTTCGAATTGCTCTATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGagt > 1:1571443/1‑69 (MQ=255) ttGGCCCAGAATGTCCGCCAGAACTTCGAATTGCTCTATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGagt > 1:2784093/1‑69 (MQ=255) ttGGCCCAGAATGTCCGCCAGAACTTCGAATTGCTCTATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGagt > 1:348359/1‑69 (MQ=255) ttGGCCCAGAATGTCCGCCAGAACTTCGAATTGCTCTATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGagt > 1:1650923/1‑69 (MQ=255) ttGGCCCAGAATGTCCGCCAGAACTTCGAATTGCTCTATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGagt > 1:3284892/1‑69 (MQ=255) tGGCCCAGAATGTCCGCCAGAACTTCGAATTGCTCTATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGag < 1:3026161/67‑1 (MQ=255) | ACCGAAGCGGCCCACAATGTGGTTCTGCTTCATCTGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCCCAGAATGTCCGCCAGAACTTCGAATTGCTCTATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGAGT > minE/107303‑107428 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |