| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,346,936 | A→G | 46.0% | S143S (TCA→TCG) | yegH → | fused predicted membrane proteins |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,346,936 | 0 | A | G | 46.0% | 8.6 / 73.7 | 87 | S143S (TCA→TCG) | yegH | fused predicted membrane proteins |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/20); new base G (19/21); total (46/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGGTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGGCCGCCGTG > minE/1346870‑1346990 | aGGTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGt < 1:3213624/69‑1 (MQ=255)aGGTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGt < 1:347600/69‑1 (MQ=255)aGGTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGt < 1:416273/69‑1 (MQ=255)aGGTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGt < 1:628458/69‑1 (MQ=255) ggTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTg < 1:96047/69‑1 (MQ=255) ggTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTg < 1:2828081/69‑1 (MQ=255) ggTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTg < 1:3404459/69‑1 (MQ=255) ggTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTg < 1:2115435/69‑1 (MQ=255) ggTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTg < 1:1157477/69‑1 (MQ=255) gCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTg > 1:1640546/1‑66 (MQ=255) gCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTg > 1:1189939/1‑66 (MQ=255) gCGAAGTTCTGGGGAGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTg > 1:726260/1‑66 (MQ=255) tCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGt < 1:2467397/58‑1 (MQ=255) gtggtgACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATg > 1:1194323/1‑69 (MQ=255) gtggtgACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATg > 1:2032887/1‑69 (MQ=255) gtggtgACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATg > 1:197237/1‑69 (MQ=255) gtggtgACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATg > 1:836792/1‑69 (MQ=255) gtggtgACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATg > 1:356515/1‑69 (MQ=255) gtggtgACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATg > 1:109220/1‑69 (MQ=255) gtggtgACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATg > 1:3067090/1‑69 (MQ=255) gtgACACAAATTGTGGTGCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTa > 1:1561264/1‑52 (MQ=37) gtgACACAAATTGTGGTGCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTc > 1:2588446/1‑60 (MQ=255) gtgACACAAATTGTGGTGCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATgg > 1:253870/1‑67 (MQ=255) gtgACACAAATTGTGGTGCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTc > 1:2358987/1‑69 (MQ=255) gtgACACAAATTGTGGTGCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTc > 1:2331902/1‑69 (MQ=255) gtgACACAAATTGTGGTGCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTc > 1:3313668/1‑69 (MQ=255) gtgACACAAATTGTGGTGCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTc > 1:916636/1‑69 (MQ=255) gtgACACAAATTGTGGTGCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTc > 1:32072/1‑69 (MQ=255) gtgACACAAATTGTGGTGCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTc > 1:2914335/1‑69 (MQ=255) gtgACACAAATTGTGGTGCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTc > 1:1207733/1‑69 (MQ=255) gtgACACAAATTGTGGTGCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTc > 1:411747/1‑69 (MQ=255) gtgACACAAATTGTGGTGCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTc > 1:821281/1‑69 (MQ=255) gtgACACAAATTGTGGTGCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTc > 1:1279329/1‑69 (MQ=255) gtgACACAAATTGTGGTGCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTc > 1:156537/1‑69 (MQ=255) gtgACACAAATTGTGGTGCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTc > 1:139256/1‑69 (MQ=255) gtgACACAAATTGTGGTGCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTc > 1:1361934/1‑69 (MQ=255) gtgACACAAATTGTGGTGCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTc > 1:702611/1‑69 (MQ=255) gtgACACAAATTGTGGTGCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTc > 1:1338721/1‑69 (MQ=255) gtgACACAAATTGTGGTGCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTc > 1:671353/1‑69 (MQ=255) aaaTTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGt < 1:2257022/40‑1 (MQ=255) aaaTTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCAtt < 1:1683725/69‑1 (MQ=255) tgtgGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTAccgccggc < 1:2256669/49‑3 (MQ=255) gtggtgCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTTCTg < 1:353195/69‑1 (MQ=255) gtggtgCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTg < 1:1049113/69‑1 (MQ=255) gtggtgCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTg < 1:836756/69‑1 (MQ=255) gtggtgCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTg < 1:832474/69‑1 (MQ=255) gtggtgCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTg < 1:3299090/69‑1 (MQ=255) gtggtgCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTg < 1:944112/69‑1 (MQ=255) gtggtgCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTg < 1:347409/69‑1 (MQ=255) gtggtgCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTg < 1:608428/69‑1 (MQ=255) gtggtgCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTg < 1:386187/69‑1 (MQ=255) gtggtgCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTg < 1:605600/69‑1 (MQ=255) gtggtgCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTg < 1:2318145/69‑1 (MQ=255) gtggtgCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTg < 1:2144261/69‑1 (MQ=255) gtggtgCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTg < 1:2171348/69‑1 (MQ=255) gtggtgCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTg < 1:1601607/69‑1 (MQ=255) gtggtgCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTg < 1:2373382/69‑1 (MQ=255) gtggtgCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTg < 1:1133684/69‑1 (MQ=255) gtggtgCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTg < 1:2637897/69‑1 (MQ=255) gtggtgCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTg < 1:103958/69‑1 (MQ=255) gtggtgCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTg < 1:278092/69‑1 (MQ=255) gtggtgCTGGACGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGAATACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTg < 1:1310916/69‑1 (MQ=255) aCGCCATCTTCTCACTCGACTCGGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTg < 1:221795/59‑1 (MQ=39) cATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGa > 1:1228580/1‑45 (MQ=255) cATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCa > 1:2266073/1‑59 (MQ=255) cATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGgccgc > 1:99229/1‑69 (MQ=255) cATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGgccgc > 1:1499589/1‑69 (MQ=255) cATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGgccgc > 1:1807978/1‑69 (MQ=255) cATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGgccgc > 1:2814137/1‑69 (MQ=255) cATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGgccgc > 1:2724928/1‑69 (MQ=255) cATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGgccgc > 1:2221895/1‑69 (MQ=255) cATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGgccgc > 1:2093550/1‑69 (MQ=255) cATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGgccg > 1:430687/1‑68 (MQ=255) cATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGgccg > 1:226498/1‑68 (MQ=255) cATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGgccg > 1:1117137/1‑68 (MQ=255) cATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGgccg > 1:2512253/1‑68 (MQ=255) ttCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGGCCGCCGTg < 1:729345/69‑1 (MQ=255) ttCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGGCCGCCGTg > 1:2772757/1‑69 (MQ=255) ttCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGGCCGCCGTg > 1:1130717/1‑69 (MQ=255) ttCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGGCCGCCGTg < 1:3285188/69‑1 (MQ=255) ttCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGGCCGCCGTg > 1:1233245/1‑69 (MQ=255) ttCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGGCCGCCGTg < 1:1236017/69‑1 (MQ=255) ttCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGGCCGCCGTg > 1:1266097/1‑69 (MQ=255) ttCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGGCCGCCGTg < 1:12980/69‑1 (MQ=255) ttCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGGCCGCCGTg < 1:339308/69‑1 (MQ=255) ttCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGGCCGCCGTg < 1:1743076/69‑1 (MQ=255) ttCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGGCCGCCGTg < 1:355659/69‑1 (MQ=255) | AGGTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGGCCGCCGTG > minE/1346870‑1346990 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |