| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,351,725 | G→A | 56.5% | intergenic (‑171/+202) | udk ← / ← thiD | uridine/cytidine kinase/bifunctional hydroxy‑methylpyrimidine kinase and hydroxy‑phosphomethylpyrimidine kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,351,725 | 0 | G | A | 56.5% | 13.2 / 47.3 | 62 | intergenic (‑171/+202) | udk/thiD | uridine/cytidine kinase/bifunctional hydroxy‑methylpyrimidine kinase and hydroxy‑phosphomethylpyrimidine kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (10/17); new base A (10/25); total (20/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATTCCCGGGGGCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATGAGCAATTCG > minE/1351664‑1351792 | gcgcTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATTCCCGGGGGCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTa < 1:2102019/69‑1 (MQ=255) cTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATTCCCGGGGGCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTaaaa < 1:1031107/69‑1 (MQ=255) caaagTTAATTGTTGACAAAGAATTCCCGGGGGCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTaaaaaa > 1:2623583/4‑69 (MQ=255) cAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATTCCCGGGGGCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTaaaaaa > 1:2558186/1‑69 (MQ=255) cAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATTCCCGGGGGCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTaaaaaa > 1:3363461/1‑69 (MQ=255) cAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATTCCCGGGGGCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTaaaaaa > 1:307175/1‑69 (MQ=255) cAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATTCCCGGGGGCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTaaaaa > 1:2496181/1‑68 (MQ=255) agTTAATTGTTGACGAAGAATTCCCGGTGGCAAATTACGTTGATCAGTTTTATACAAGGTAAAAAAt < 1:2125475/67‑1 (MQ=255) agTTAATTGTTGACGAAGAATTCCCGGTGGCAAATTACGTTGATCAGTTTTATACAAGGTAAAAAAt < 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cGGGGGCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATc < 1:2872740/68‑1 (MQ=255) ttACGTTGATCAGTTTTATACAATGTAAAAAATGTTATACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGt > 1:1942125/1‑69 (MQ=255) ttACGTTGATCAGTTTTATACAAGGTAAAAAATGTTATACGCAGTTgc > 1:690793/1‑48 (MQ=255) ttACGTTGATCAGTTTTATACAAGGTAAAAAATGTTATACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGt > 1:1650175/1‑69 (MQ=255) ttACGTTGATCAGTTTTATACAAGGTAAAAAATGTTATACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGt > 1:728933/1‑69 (MQ=255) ttACGTTGATCAGTTTTATACAAGGTAAAAAATGTTATACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGt > 1:2563107/1‑69 (MQ=255) ttACGTTGATCAGTTTTATACAAGGTAAAAAATGTTATACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGt > 1:2618292/1‑69 (MQ=255) ttACGTTGATCAGTTTTATACAAGGTAAAAAATGTTATACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGt > 1:683351/1‑69 (MQ=255) ttACGTTGATCAGTTTTATACAAGGTAAAAAATGTTATACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGt > 1:1669465/1‑69 (MQ=255) ttACGTTGATCAGTTTTATACAAGGTAAAAAATGTTATACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGt > 1:2238470/1‑69 (MQ=255) ttACGTTGATCAGTTTTATACAAGGTAAAAAATGTTATACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGt > 1:2084203/1‑69 (MQ=255) ttGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACtt < 1:1806122/69‑1 (MQ=255) ttGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACtt < 1:1802161/69‑1 (MQ=255) gATCAGTTTTATACAATGTAAAAAATGTT‑‑ACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATg < 1:332453/69‑1 (MQ=255) tCAGTTTTATACAAGGT‑AAAAATGTTATACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATg < 1:839616/68‑1 (MQ=255) cAGTTTTATACAAGGTAAAAAATGTTATACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATg < 1:3164327/68‑1 (MQ=255) cAGTTTTATACAAGGTAAAAAATGTTATACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATg < 1:3398032/68‑1 (MQ=255) cAGTTTTATACAAGGTAAAAAATGTTATACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATg < 1:598078/68‑1 (MQ=255) cAGTTTTATACAAGGTAAAAAATGTTATACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATg < 1:1543006/68‑1 (MQ=255) cAGTTTTATACAAGGTAAAAAATGTTATACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATg < 1:1316168/68‑1 (MQ=255) cAGTTTTATACAAGGTAAAAAATGTTATACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATg < 1:1558979/68‑1 (MQ=255) cAGTTTTATACAAGGTAAAAAATGTTATACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATg < 1:3259325/68‑1 (MQ=255) cAGTTTTATACAAGGTAAAAAATGTTATACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATg < 1:3187126/68‑1 (MQ=255) cAGTTTTATACAAGGTAAAAAATGTTATACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATg < 1:31327/68‑1 (MQ=255) cAGTTTTATACAAGGTAAAAAATGTTATACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATg < 1:31028/68‑1 (MQ=255) cAGTTTTATACAAGGTAAAAAATGTTATACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATg < 1:2741162/68‑1 (MQ=255) cAGTTTTATACAAGGTAAAAAATGTTATACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATg < 1:1848819/68‑1 (MQ=255) cAGTTTTATACAAGGTAAAAAATGTTATACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATg < 1:1006854/68‑1 (MQ=255) cAGTTTTATACAAGGTAAAAAATGTTATACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATg < 1:1943861/68‑1 (MQ=255) cAGTTTTATACAAGGTAAAAAATGTTATACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATg < 1:1948489/68‑1 (MQ=255) cAGTTTTATACAAGGTAAAAAATGTTATACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATg < 1:2351702/68‑1 (MQ=255) cAGTTTTATACAAGGTAAAAAATGTTATACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATg < 1:2247403/68‑1 (MQ=255) cAGTTTTATACAAGGTAAAAAATGTTATACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATg < 1:2108722/68‑1 (MQ=255) gTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATGAGCAATTCg < 1:3296827/68‑1 (MQ=255) gTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATGAGCAATTCg < 1:1186246/68‑1 (MQ=255) | GCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATTCCCGGGGGCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATGAGCAATTCG > minE/1351664‑1351792 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |