| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,351,726 | T→C | 54.7% | intergenic (‑172/+201) | udk ← / ← thiD | uridine/cytidine kinase/bifunctional hydroxy‑methylpyrimidine kinase and hydroxy‑phosphomethylpyrimidine kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,351,726 | 0 | T | C | 54.7% | 10.4 / 49.7 | 64 | intergenic (‑172/+201) | udk/thiD | uridine/cytidine kinase/bifunctional hydroxy‑methylpyrimidine kinase and hydroxy‑phosphomethylpyrimidine kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (10/19); new base C (10/25); total (20/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.20e-01 | |||||||||||
GCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATTCCCGGGGGCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATGAGCAATTCGCA > minE/1351664‑1351794 | gcgcTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATTCCCGGGGGCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTa < 1:2102019/69‑1 (MQ=255) cTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATTCCCGGGGGCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTaaaa < 1:1031107/69‑1 (MQ=255) caaagTTAATTGTTGACAAAGAATTCCCGGGGGCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTaaaaaa > 1:2623583/4‑69 (MQ=255) cAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATTCCCGGGGGCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTaaaaaa > 1:2558186/1‑69 (MQ=255) cAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATTCCCGGGGGCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTaaaaaa > 1:307175/1‑69 (MQ=255) cAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATTCCCGGGGGCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTaaaaaa > 1:3363461/1‑69 (MQ=255) cAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATTCCCGGGGGCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTaaaaa > 1:2496181/1‑68 (MQ=255) agTTAATTGTTGACGAAGAATTCCCGGTGGCAAATTACGTTGATCAGTTTTATACAAGGTAAAAAAt < 1:236152/67‑1 (MQ=255) agTTAATTGTTGACGAAGAATTCCCGGTGGCAAATTACGTTGATCAGTTTTATACAAGGTAAAAAAt < 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tgttgACAAAGAATTCCCGGGGGCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGc < 1:3376510/69‑1 (MQ=255) tgttgACAAAGAATTCCCGGGGGCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGc < 1:736783/69‑1 (MQ=255) gttgACAAAGAATTCCCGGGGGCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCa < 1:415901/69‑1 (MQ=255) gttgACAAAGAATTCCCGGGGGCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCa < 1:2005666/69‑1 (MQ=255) cccGGGGGCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTAt > 1:2639678/1‑69 (MQ=255) cccGGGGGCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTAt > 1:550515/1‑69 (MQ=255) cccGGGGGCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTAt > 1:862386/1‑69 (MQ=255) cccGGGGGCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTAt > 1:992971/1‑69 (MQ=255) cccGGGGGCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTAt > 1:1510944/1‑69 (MQ=255) cGGGGGCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATc < 1:2872740/68‑1 (MQ=255) 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ttACGTTGATCAGTTTTATACAAGGTAAAAAATGTTATACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGt > 1:2238470/1‑69 (MQ=255) ttGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACtt < 1:1802161/69‑1 (MQ=255) ttGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACtt < 1:1806122/69‑1 (MQ=255) gATCAGTTTTATACAATGTAAAAAATGTT‑‑ACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATg < 1:332453/69‑1 (MQ=255) tCAGTTTTATACAAGGT‑AAAAATGTTATACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATg < 1:839616/68‑1 (MQ=255) cAGTTTTATACAAGGTAAAAAATGTTATACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATg < 1:3259325/68‑1 (MQ=255) cAGTTTTATACAAGGTAAAAAATGTTATACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATg < 1:1006854/68‑1 (MQ=255) cAGTTTTATACAAGGTAAAAAATGTTATACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATg < 1:3187126/68‑1 (MQ=255) cAGTTTTATACAAGGTAAAAAATGTTATACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATg < 1:1558979/68‑1 (MQ=255) cAGTTTTATACAAGGTAAAAAATGTTATACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATg < 1:3398032/68‑1 (MQ=255) cAGTTTTATACAAGGTAAAAAATGTTATACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATg < 1:1543006/68‑1 (MQ=255) cAGTTTTATACAAGGTAAAAAATGTTATACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATg < 1:598078/68‑1 (MQ=255) cAGTTTTATACAAGGTAAAAAATGTTATACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATg < 1:1316168/68‑1 (MQ=255) cAGTTTTATACAAGGTAAAAAATGTTATACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATg < 1:2108722/68‑1 (MQ=255) cAGTTTTATACAAGGTAAAAAATGTTATACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATg < 1:31327/68‑1 (MQ=255) cAGTTTTATACAAGGTAAAAAATGTTATACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATg < 1:2247403/68‑1 (MQ=255) cAGTTTTATACAAGGTAAAAAATGTTATACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATg < 1:2351702/68‑1 (MQ=255) cAGTTTTATACAAGGTAAAAAATGTTATACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATg < 1:1948489/68‑1 (MQ=255) cAGTTTTATACAAGGTAAAAAATGTTATACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATg < 1:1943861/68‑1 (MQ=255) cAGTTTTATACAAGGTAAAAAATGTTATACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATg < 1:1848819/68‑1 (MQ=255) cAGTTTTATACAAGGTAAAAAATGTTATACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATg < 1:2741162/68‑1 (MQ=255) cAGTTTTATACAAGGTAAAAAATGTTATACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATg < 1:31028/68‑1 (MQ=255) cAGTTTTATACAAGGTAAAAAATGTTATACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATg < 1:3164327/68‑1 (MQ=255) gTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATGAGCAATTCg < 1:3296827/68‑1 (MQ=255) gTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATGAGCAATTCg < 1:1186246/68‑1 (MQ=255) tAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTa > 1:1834823/1‑46 (MQ=255) tAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATGAGCAATTCGc > 1:2975444/1‑68 (MQ=255) tAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATGAGCAATTCGc > 1:2528368/1‑68 (MQ=255) tAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATGAGCAATTCGCa > 1:2930569/1‑69 (MQ=255) tAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATGAGCAATTCGCa > 1:1583010/1‑69 (MQ=255) tAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATGAGCAATTCGCa > 1:2684614/1‑69 (MQ=255) tAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATGAGCAATTCGCa > 1:511133/1‑69 (MQ=255) tAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATGAGCAATTCGCa > 1:149415/1‑69 (MQ=255) tAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATGAGCAATTCGCa > 1:2952072/1‑69 (MQ=255) tAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATGAGCAATTCGCa > 1:2082192/1‑69 (MQ=255) tAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATGAGCAATTCGCa > 1:1251523/1‑69 (MQ=255) | GCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATTCCCGGGGGCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATGAGCAATTCGCA > minE/1351664‑1351794 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |