| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,353,408 | G→A | 36.0% | T35T (ACC→ACT) | thiM ← | hydoxyethylthiazole kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,353,408 | 0 | G | A | 36.0% | 66.3 / 56.7 | 97 | T35T (ACC→ACT) | thiM | hydoxyethylthiazole kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (45/17); new base A (22/13); total (67/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.37e-01 | |||||||||||
CGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGTTTGCACCACATCATTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTTGGTGAAAAAGGTGTAACGCG > minE/1353350‑1353474 | cGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGtt > 1:1646095/1‑62 (MQ=255)cGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGTTTGcacca > 1:1009885/1‑69 (MQ=255)cGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGTTTGcacca > 1:800013/1‑69 (MQ=255)cGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGTTTGcacca > 1:620525/1‑69 (MQ=255)cGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGTTTGcacca > 1:3426542/1‑69 (MQ=255)cGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGTTTGcacca > 1:3215336/1‑69 (MQ=255)cGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGTTTGcacca > 1:3149059/1‑69 (MQ=255)cGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGTTTGcacca > 1:2859858/1‑69 (MQ=255)cGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGTTTGcacca > 1:2828705/1‑69 (MQ=255)cGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGTTTGcacca > 1:2703122/1‑69 (MQ=255)cGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGTTTGcacca > 1:240395/1‑69 (MQ=255)cGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGTTTGcacca > 1:2045251/1‑69 (MQ=255)cGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGTTTGcacca > 1:1389332/1‑69 (MQ=255)cGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGTTTGcacca > 1:100727/1‑69 (MQ=255)cGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGTTTGcacc > 1:1888943/1‑68 (MQ=255)cGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCAGTAAAGGTTTGcacca > 1:1203496/1‑69 (MQ=255) tAACCATCGCTGGCGATGCGCCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCAGTAAAAGTTTGCACCACATCGTTg < 1:1390115/68‑1 (MQ=255) tAACCATCGCTGGCGATGCGCCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCAGTAAAAGTTTGCACCACATCGTTg < 1:430612/68‑1 (MQ=255) tAACCATCGCTGGCGATGCGCCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCAGTAAAAGTTTGCACCACATCGTTg < 1:3326833/68‑1 (MQ=255) 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ttGGCAGTAAAAGTTTGCACCACATCGTTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTTGGTGAAAAAgg > 1:3015788/1‑69 (MQ=255) ttGGCAGTAAAAGTTTGCACCACATCGTTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTTGGTGAAAAAgg > 1:2974792/1‑69 (MQ=255) ttGGCAGTAAAAGTTTGCACCACATCGTTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTTGGTGAAAAAgg > 1:1108312/1‑69 (MQ=255) ttGGCAGTAAAAGTTTGCACCACATCGTTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTTGGTGAAAAAgg > 1:2956224/1‑69 (MQ=255) ttGGCAGTAAAAGTTTGCACCACATCGTTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTTGGTGAAAAAgg > 1:1447223/1‑69 (MQ=255) ttGGCAGTAAAAGTTTGCACCACATCGTTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTTGGTGAAAAAgg > 1:2139275/1‑69 (MQ=255) ttGGCAGTAAAAGTTTGCACCACATCGTTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTTGGTGAAAAAgg > 1:1040639/1‑69 (MQ=255) ttGGCAGTAAAAGTTTGCACCACATCGTTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTTGGTGAAAAAgg > 1:1733424/1‑69 (MQ=255) ttGGCAGTAAAAGTTTGCACCACATCGTTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTTGGTGAAAAAgg > 1:1247967/1‑69 (MQ=255) ttGGCAGTAAAAGTTTGCACCACATCGTTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTTGGTGAAAAAgg > 1:486170/1‑69 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |