| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,353,423 | A→G | 43.2% | N30N (AAT→AAC) | thiM ← | hydoxyethylthiazole kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,353,423 | 0 | A | G | 43.2% | 19.2 / 62.7 | 81 | N30N (AAT→AAC) | thiM | hydoxyethylthiazole kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/17); new base G (22/13); total (51/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGTTTGCACCACATCATTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTTGGTGAAAAAGGTGTAACGCG > minE/1353359‑1353474 | tAACCATCGCTGGCGATGCGCCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCAGTAAAAGTTTGCACCACATCGTTg < 1:1390115/68‑1 (MQ=255)tAACCATCGCTGGCGATGCGCCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCAGTAAAAGTTTGCACCACATCGTTg < 1:3224116/68‑1 (MQ=255)tAACCATCGCTGGCGATGCGCCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCAGTAAAAGTTTGCACCACATCGTTg < 1:3326833/68‑1 (MQ=255)tAACCATCGCTGGCGATGCGCCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCAGTAAAAGTTTGCACCACATCGTTg < 1:1735220/68‑1 (MQ=255)tAACCATCGCTGGCGATGCGCCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCAGTAAAAGTTTGCACCACATCGTTg < 1:1450599/68‑1 (MQ=255)tAACCATCGCTGGCGATGCGCCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCAGTAAAAGTTTGCACCACATCGTTg < 1:1830649/68‑1 (MQ=255)tAACCATCGCTGGCGATGCGCCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCAGTAAAAGTTTGCACCACATCGTTg < 1:2961698/68‑1 (MQ=255)tAACCATCGCTGGCGATGCGCCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCAGTAAAAGTTTGCACCACATCGTTg < 1:430612/68‑1 (MQ=255)tAACCATCGCTGGCGATGCGCCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCAGTAAAAGTTTGCACCACATCGTTg < 1:2859934/68‑1 (MQ=255)tAACCATCGCTGGCGATGCGCCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCAGTAAAAGTTTGCACCACATCGTTg < 1:2158267/68‑1 (MQ=255)tAACCATCGCTGGCGATGCGCCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCAGTAAAAGTTTGCACCACATCGTTg < 1:2215136/68‑1 (MQ=255)tAACCATCGCTGGCGATGCGCCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCAGTAAAAGTTTGCACCACATCGTTg < 1:2316930/68‑1 (MQ=255)tAACCATCGCTGGCGATGCGCCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCAGTAAAAGTTTGCACCACATCGTTg < 1:2514451/68‑1 (MQ=255) aaCCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGTTTGCACCACATCATTGGt < 1:1655416/69‑1 (MQ=255) aCCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGTTTGCACCACATCATTGGt < 1:2835279/68‑1 (MQ=255) aTCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGTTTGCACCACATCATTGGTCATg < 1:2081059/69‑1 (MQ=255) aTCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGTTTGCACCACATCATTGGTCATg < 1:1014006/69‑1 (MQ=255) aTCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGTTTGCACCACATCATTGGTCATg < 1:2879520/69‑1 (MQ=255) aTCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCGGTAAAGGTTTGCACCACATCATTGGTCATg < 1:3088430/69‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |