| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,354,874 | C→T | 34.2% | A249A (GCC→GCT) | yohM → | membrane protein conferring nickel and cobalt resistance |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,354,874 | 0 | C | T | 34.2% | 53.3 / 37.0 | 70 | A249A (GCC→GCT) | yohM | membrane protein conferring nickel and cobalt resistance |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/42); new base T (10/14); total (14/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.11e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.27e-01 | |||||||||||
GGCGCAGCAATCAGCGTTCAGCAGGTCGCAAAACGCTGGAGCGGATTTAACACTCTCGCTAAACGCGCCCCCTATTTTTCCAGTCTGTTGATTGGCTTAGTCGGTGTGTATATGGGCGTACATGGCT > minE/1354806‑1354932 | ggCGCAGCAATCAGCGTTCAGCAGGTCGCAAAACGCTGGAGCGGATTTAACACTCTCGCTAAACGCGcc > 1:279633/1‑69 (MQ=255)ggCGCAGCAATCAGCGTTCAGCAGGTCGCAAAACGCTGGAGCGGATTTAACACTCTCGCTAAACGCGcc > 1:2751826/1‑69 (MQ=255)ggCGCAGCAATCAGCGTTCAGCAGGTCGCAAAACGCTGGAGCGGATTTAACACTCTCGCTAAACGCGcc > 1:1974833/1‑69 (MQ=255) cAGCGTTCAGCAGGTCGCAAAACGCTGGAGCGGATTTAACACTCTCGCTAACCGCGCTCCCTAtttt > 1:1985281/1‑67 (MQ=255) cAGCGTTCAGCAGGTCGCAAAACGCTGGAGCGGATTTAACACTCTCGCTAAACGCGCTCCCTAtttt > 1:2470521/1‑67 (MQ=255) cAGCGTTCAGCAGGTCGCAAAACGCTGGAGCGGATTTAACACTCTCGCTAAACGCGCTCCCTAtttt > 1:978732/1‑67 (MQ=255) cAGCGTTCAGCAGGTCGCAAAACGCTGGAGCGGATTTAACACTCTCGCTAAACGCGCTCCCTAtttt > 1:3433715/1‑67 (MQ=255) cAGCGTTCAGCAGGTCGCAAAACGCTGGAGCGGATTTAACACTCTCGCTAAACGCGCTCCCTAtttt > 1:2909504/1‑67 (MQ=255) cAGCGTTCAGCAGGTCGCAAAACGCTGGAGCGGATTTAACACTCTCGCTAAACGCGCTCCCTAtttt > 1:2767875/1‑67 (MQ=255) cAGCGTTCAGCAGGTCGCAAAACGCTGGAGCGGATTTAACACTCTCGCTAAACGCGCTCCCTAtttt > 1:107184/1‑67 (MQ=255) cAGCGTTCAGCAGGTCGCAAAACGCTGGAGCGGATTTAACACTCTCGCTAAACGCGCTCCCTAtttt > 1:232729/1‑67 (MQ=255) cAGCGTTCAGCAGGTCGCAAAACGCTGGAGCGGATTTAACACTCTCGCTAAACGCGCTCCCTAtttt > 1:1373825/1‑67 (MQ=255) cAGCGTTCAGCAGGTCGCAAAACGCTGGAGCGGATTTAACACTCTCGCTAAACGCGCTCCCTAttt > 1:770643/1‑66 (MQ=255) cagGTCGCAAAACGCTGGAGCGGATTTAACACTCTCGCTAAACGCGCCCCCTATTTTTCCAGTCTGtt < 1:2564107/68‑1 (MQ=255) cagGTCGCAAAACGCTGGAGCGGATTTAACACTCTCGCTAAACGCGCCCCCTATTTTTCCAGTCTGtt < 1:1559584/68‑1 (MQ=255) cagGTCGCAAAACGCTGGAGCGGATTTAACACTCTCGCTAAACGCGCCCCCTATTTTTCCAGTCTGtt < 1:1290513/68‑1 (MQ=255) cagGTCGCAAAACGCTGGAGCGGATTTAACACTCTCGCTAAACGCGCCCCCTATTTTTCCAGTCTGtt < 1:2904134/68‑1 (MQ=255) cGCAAAACGCTGGAGCGGATTTAACACTCTCGCTAAACGCGCCCCCTATTTTTCCAGTCTGTTg > 1:1480197/1‑64 (MQ=255) cGCAAAACGCTGGAGCGGATTTAACACTCTCGCTAAACGCGCCCCCTATTTTTCCAGTCTGTTg > 1:2336507/1‑64 (MQ=255) cGCAAAACGCTGGAGCGGATTTAACACTCTCGCTAAACGCGCCCCCTATTTTTCCAGTCTGTTg > 1:458699/1‑64 (MQ=255) cGCAAAACGCTGGAGCGGATTTAACACTCTCGCTAAACGCGCCCCCTATTTTTCCAGTCTGTTg > 1:945785/1‑64 (MQ=255) aaaCGCTGGAGCGGATTTAACACTCTCGCTAAACGCGCCCCCTATTTTTCCAGTCTGTTGATTGGCTTa < 1:3155249/69‑1 (MQ=255) aaaCGCTGGAGCGGATTTAACACTCTCGCTAAACGCGCCCCCTATTTTTCCAGTCTGTTGATTGGCTTa < 1:1415406/69‑1 (MQ=255) aaaCGCTGGAGCGGATTTAACACTCTCGCTAAACGCGCCCCCTATTTTTCCAGTCTGTTGATTGGCTTa < 1:3187611/69‑1 (MQ=255) aaaCGCTGGAGCGGATTTAACACTCTCGCTAAACGCGCCCCCTATTTTTCCAGTCTGTTGATTGGCTTa < 1:2947159/69‑1 (MQ=255) aaaCGCTGGAGCGGATTTAACACTCTCGCTAAACGCGCCCCCTATTTTTCCAGTCTGTTGATTGGCTTa < 1:650004/69‑1 (MQ=255) aaaCGCTGGAGCGGATTTAACACTCTCGCTAAACGCGCCCCCTATTTTTCCAGTCTGTTGATTGGCTTa < 1:1354547/69‑1 (MQ=255) aaaCGCTGGAGCGGATTTAACACTCTAGCTAAACGCGCCCCCTATTTTTCCAGTCTGTTGATTGGCTTa < 1:1236229/69‑1 (MQ=255) aaaCGCTGGAGCGGATTTAAAACTCTCGCTAAACGCGCCCCCTATTTTTCCAGTCTGTTGATTGGCTTa < 1:2138376/69‑1 (MQ=255) aaCGCTGGAGCGGATTTAACACTCTCGCTAAACGCGCCCCCTATTTTTCCAGTCTGTTGATTGGCTTa < 1:790411/68‑1 (MQ=255) 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gATTTAACACTCTCGCTAAACGCGCCCCCTATTTTTCCAGTCTGTTGATTGGCTTAGTCGGTGTGtata < 1:2974059/69‑1 (MQ=255) gATTTAACACTCTCGCTAAACGCGCCCCCTATTTTTCCAGTCTGTTGATTGGCTTAGTCGGTGTGtata < 1:1469410/69‑1 (MQ=255) gATTTAACACTCTCGCTAAACGCGCCCCCTATTTTTCCAGTCTGTTGATTGGCTTAGTCGGTGTGtata < 1:261529/69‑1 (MQ=255) acTCTCGCTAAACGCGCCCCCTATTTTTCCAGTCTGTTGATTGGCTTAGTCGGTGTGTATATGGGCGTa < 1:2063271/69‑1 (MQ=255) acTCTCGCTAAACGCGCCCCCTATTTTTCCAGTCTGTTGATTGGCTTAGTCGGTGTGTATATGGGCGTa < 1:2373099/69‑1 (MQ=255) acTCTCGCTAAACGCGCCCCCTATTTTTCCAGTCTGTTGATTGGCTTAGTCGGTGTGTATATGGGCGTa < 1:598045/69‑1 (MQ=255) gCTAAACGCGCCCCCTATTTTTCCAGTCTGTTGATTGGCTTAGTCGGTGTGTATATGGGCGTACATg < 1:3339876/67‑1 (MQ=255) gCTAAACGCGCCCCCTATTTTTCCAGTCTGTTGATTGGCTTAGTCGGTGTGTATATGGGCGTACATg < 1:2184296/67‑1 (MQ=255) gCTAAACGCGCCCCCTATTTTTCCAGTCTGTTGATTGGCTTAGTCGGTGTGTATATGGGCGTACATg < 1:1527148/67‑1 (MQ=255) gCTAAACGCGCCCCCTATTTTTCCAGTCTGTTGATTGGCTTAGTCGGTGTGTATATGGGCGTACATg < 1:379462/67‑1 (MQ=255) gCTAAACGCGCCCCCTATTTTTCCAGTCTGTTGATTGGCTTAGTCGGTGTGTATATGGGCGTACATg < 1:3390625/67‑1 (MQ=255) gCTAAACGCGCCCCCTATTTTTCCAGTCTGTTGATTGGCTTAGTCGGTGTGTATATGGGCGTACATg < 1:1254582/67‑1 (MQ=255) gCTAAACGCGCCCCCTATTTTTCCAGTCTGTTGATTGGCTTAGTCGGTGTGTATATGGGCGTACATg < 1:3164371/67‑1 (MQ=255) gCTAAACGCGCCCCCTATTTTTCCAGTCTGTTGATTGGCTTAGTCGGTGTGTATATGGGCGTACATg < 1:3149980/67‑1 (MQ=255) gCTAAACGCGCCCCCTATTTTTCCAGTCTGTTGATTGGCTTAGTCGGTGTGTATATGGGCGTACATg < 1:1227356/67‑1 (MQ=255) gCTAAACGCGCCCCCTATTTTTCCAGTCTGTTGATTGGCTTAGTCGGTGTGTATATGGGCGTACATg < 1:3131230/67‑1 (MQ=255) gCTAAACGCGCCCCCTATTTTTCCAGTCTGTTGATTGGCTTAGTCGGTGTGTATATGGGCGTACATg < 1:293241/67‑1 (MQ=255) cTAAACGCGCCCCCTATTTTTCCAGTCTGTTGATTGGCTTAGTCGGTGTGTATATGGGCGTACATg < 1:670617/66‑1 (MQ=255) tAAACGCGCTCCCTATTTTTCCAGTCTGTTGATTGGCTTAGTTGGTGTGTATATGGGCGTACATGGCt < 1:2065090/68‑1 (MQ=255) tAAACGCGCTCCCTATTTTTCCAGTCTGTTGATTGGCTTAGTTGGTGTGTATATGGGCGTACATGGCt < 1:1889134/68‑1 (MQ=255) tAAACGCGCTCCCTATTTTTCCAGTCTGTTGATTGGCTTAGTTGGTGTGTATATGGGCGTACATGGCt < 1:897169/68‑1 (MQ=255) tAAACGCGCTCCCTATTTTTCCAGTCTGTTGATTGGCTTAGTTGGTGTGTATATGGGCGTACATGGCt < 1:887415/68‑1 (MQ=255) tAAACGCGCTCCCTATTTTTCCAGTCTGTTGATTGGCTTAGTTGGTGTGTATATGGGCGTACATGGCt < 1:1632582/68‑1 (MQ=255) tAAACGCGCTCCCTATTTTTCCAGTCTGTTGATTGGCTTAGTTGGTGTGTATATGGGCGTACATGGCt < 1:619398/68‑1 (MQ=255) tAAACGCGCTCCCTATTTTTCCAGTCTGTTGATTGGCTTAGTTGGTGTGTATATGGGCGTACATGGCt < 1:2079619/68‑1 (MQ=255) tAAACGCGCTCCCTATTTTTCCAGTCTGTTGATTGGCTTAGTTGGTGTGTATATGGGCGTACATGGCt < 1:2392796/68‑1 (MQ=255) tAAACGCGCTCCCTATTTTTCCAGTCTGTTGATTGGCTTAGTTGGTGTGTATATGGGCGTACATGGCt < 1:2980177/68‑1 (MQ=255) tAAACGCGCTCCCTATTTTTCCAGTCTGTTGATTGGCTTAGTTGGTGTGTATATGGGCGTACATGGCt < 1:1078301/68‑1 (MQ=255) tAAACGCGCTCCCTATTTTTCCAGTCTGTTGATTGGCTTAGTTGGTGTGTATATGGGCGTACATGGCt < 1:3385593/68‑1 (MQ=255) tAAACGCGCTCCCTATTTTTCCAGTCTGTTGATTGGCTTAGTTGGTGTGTATATGGGCGTACATGGCt < 1:3131414/68‑1 (MQ=255) tAAACGCGCTCCCTATTTTTCCAGTCTGTTGATTGGCTTAGTTGGTGTGTATATGGGCGTACATGGCt < 1:2400555/68‑1 (MQ=255) tAAACGCGCTCCCTATTTTTCCAGTCTGTTGATTGGCTTAGTTGGTGTGTATATGGGCGTACATGGCt < 1:2516145/68‑1 (MQ=255) gcCCCCTATTTTTCCAGTCTGTTGATTGGCTTAGTCGGTGTGtatt < 1:2342409/46‑2 (MQ=255) | GGCGCAGCAATCAGCGTTCAGCAGGTCGCAAAACGCTGGAGCGGATTTAACACTCTCGCTAAACGCGCCCCCTATTTTTCCAGTCTGTTGATTGGCTTAGTCGGTGTGTATATGGGCGTACATGGCT > minE/1354806‑1354932 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |