| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,360,119 | A→T | 58.1% | G105G (GGT→GGA) | yehD ← | predicted fimbrial‑like adhesin protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,360,119 | 0 | A | T | 58.1% | 32.5 / 74.6 | 74 | G105G (GGT→GGA) | yehD | predicted fimbrial‑like adhesin protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (11/20); new base T (9/34); total (20/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCGCTGTTATCACCTAAATAGAGATAGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCGGGCAGCTAATTT > minE/1360051‑1360186 | tCGCTGTTATCACCTAAATAGAGATAGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTa > 1:919604/1‑69 (MQ=255)tCGCTGTTATCACCTAAATAGAGATAGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTa > 1:210407/1‑69 (MQ=255)tCGCTGTTATCACCTAAATAGAGATAGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTa > 1:2747872/1‑69 (MQ=255)tCGCTGTTATCACCTAAATAGAGATAGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTa > 1:1935529/1‑69 (MQ=255)tCGCTGTTATCACCTAAATAGAGATAGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTa > 1:2861135/1‑69 (MQ=255)tCGCTGTTATCACCTAAATAGAGATAGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTa > 1:1800354/1‑69 (MQ=255)tCGCTGTTATCACCTAAATAGAGATAGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTa > 1:17780/1‑69 (MQ=255)tCGCTGTTATCACCTAAATAGAGATAGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTa > 1:212303/1‑69 (MQ=255)tCGCTGTTATCACCTAAATAGAGATAGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTa > 1:213441/1‑69 (MQ=255)tCGCTGTTATCACCTAAATAGAGATAGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTa > 1:3371020/1‑69 (MQ=255)tCGCTGTTATCACCTAAATAGAGATAGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTa > 1:1307822/1‑69 (MQ=255)tCGCTGTTATCACCTAAATAGAGATAGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTa > 1:1002931/1‑69 (MQ=255)tCGCTGTTATCACCTAAATAGAGATAGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTa > 1:2263748/1‑69 (MQ=255)tCGCTGTTATCACCTAAATAGAGATAGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTa > 1:75982/1‑69 (MQ=255)tCGCTGTTATCACCTAAATAGAGATAGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTa > 1:79881/1‑69 (MQ=255) gagaTAGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGt < 1:283755/69‑1 (MQ=255) gagaTAGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGt < 1:3038334/69‑1 (MQ=255) gagaTAGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGt < 1:1741971/69‑1 (MQ=255) aTAGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGTaa > 1:904030/1‑68 (MQ=255) aTAGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGTaa > 1:392189/1‑68 (MQ=255) aTAGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGTaa > 1:1144322/1‑68 (MQ=255) aGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATc > 1:3163063/1‑68 (MQ=255) aGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATc > 1:3142946/1‑68 (MQ=255) aGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATc > 1:1554329/1‑68 (MQ=255) aGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCa > 1:617754/1‑69 (MQ=255) aGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCa > 1:1552997/1‑69 (MQ=255) aGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCa > 1:1437220/1‑69 (MQ=255) aGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCa > 1:108617/1‑69 (MQ=255) aGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTAATTTTATCGTTGGTAATCa > 1:430453/1‑69 (MQ=255) tATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACC‑GTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTac < 1:1329781/69‑1 (MQ=255) aTCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGagag < 1:228901/63‑1 (MQ=255) aTCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGagag < 1:253234/63‑1 (MQ=255) aTCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGagag < 1:2251588/63‑1 (MQ=255) aTCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGagag < 1:219804/63‑1 (MQ=255) aTCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGagag < 1:3259519/63‑1 (MQ=255) aTCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGagag < 1:3091066/63‑1 (MQ=255) aTCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGagag < 1:3373021/63‑1 (MQ=255) aTCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGagag < 1:521677/63‑1 (MQ=255) aTCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGagag < 1:744608/63‑1 (MQ=255) aTCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGagag < 1:1172838/63‑1 (MQ=255) aTCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGagag < 1:884720/63‑1 (MQ=255) aTCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGagag < 1:1061674/63‑1 (MQ=255) aTCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTac < 1:2519549/69‑1 (MQ=255) aTCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTac < 1:2281174/69‑1 (MQ=255) aTCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTac < 1:1062283/69‑1 (MQ=255) tGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTTCCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCa < 1:717508/68‑1 (MQ=255) tGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTTCCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCa < 1:1636215/68‑1 (MQ=255) tGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTTCCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCa < 1:1421523/68‑1 (MQ=255) tGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTTCCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCa < 1:1396569/68‑1 (MQ=255) tGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTTCCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCa < 1:1337403/68‑1 (MQ=255) tGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTTCCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCa < 1:3088607/68‑1 (MQ=255) tGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTTCCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCa < 1:1265107/68‑1 (MQ=255) tGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTTCCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCa < 1:1912493/68‑1 (MQ=255) tGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTTCCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCa < 1:2914371/68‑1 (MQ=255) tGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTTCCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCa < 1:290455/68‑1 (MQ=255) tGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTTCCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCa < 1:1188782/68‑1 (MQ=255) tGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTTCCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCa < 1:1236323/68‑1 (MQ=255) tGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTTCCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCa < 1:906/68‑1 (MQ=255) tGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTTCCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCa < 1:2788826/68‑1 (MQ=255) tGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTTCCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCa < 1:2702795/68‑1 (MQ=255) tGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTTCCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCa < 1:1054131/68‑1 (MQ=255) tGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTTCCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCa < 1:2234871/68‑1 (MQ=255) gCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTTCCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCa < 1:3020412/67‑1 (MQ=255) gCCTTATCGTTTCCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCa > 1:63000/1‑57 (MQ=255) gCCTTATCGTTTCCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCg < 1:103004/67‑1 (MQ=255) gCCTTATCGTTTCCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCg > 1:1446635/1‑67 (MQ=255) gCCTTATCGTTTCCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCg < 1:3395531/67‑1 (MQ=255) gCCTTATCGTTTCCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCg > 1:1398877/1‑67 (MQ=255) gCCTTATCGTTTCCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCg < 1:872043/67‑1 (MQ=255) gCCTTATCGTTTCCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCg < 1:648069/67‑1 (MQ=255) gCCTTATCGTTTCCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCg > 1:1682206/1‑67 (MQ=255) gCCTTATCGTTTCCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCg < 1:802679/67‑1 (MQ=255) gCCTTATCGTTTCCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCg < 1:2971473/67‑1 (MQ=255) gCCTTATCGTTTCCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCg < 1:2242707/67‑1 (MQ=255) gCCTTATCGTTTCCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCg < 1:2305780/67‑1 (MQ=255) gCCTTATCGTTTCCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCg < 1:2168027/67‑1 (MQ=255) gCCTTATCGTTTCCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCg < 1:2083742/67‑1 (MQ=255) gCCTTATCGTTTCCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCg > 1:1916966/1‑67 (MQ=255) gCCTTATCGTTTCCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCg < 1:2900479/67‑1 (MQ=255) gCCTTATCGTTTCCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCg < 1:2962568/67‑1 (MQ=255) gCCTTATCGTTTCCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCg > 1:32470/1‑67 (MQ=255) gCCTTATCGTTTCCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCg > 1:2974857/1‑67 (MQ=255) gCCTTATCGTTTCCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCg < 1:17488/67‑1 (MQ=255) gCCTTATCGTTTCCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCg > 1:1688091/1‑67 (MQ=255) gCCTTATCGTTTCCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCg > 1:2276946/1‑67 (MQ=255) gCCTTATCGTTTCCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCg < 1:3219991/67‑1 (MQ=255) ccTTATCGTTTCCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCg < 1:3290021/66‑1 (MQ=255) aTCGTTTCCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCg < 1:519598/62‑1 (MQ=255) tttACCTGTTATTTTATCGTTGGTAATCAAagagag < 1:1190178/35‑1 (MQ=37) aCCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCGGGCAGCTAAttt > 1:3072225/1‑68 (MQ=255) aCCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCGGGCAGCTAAttt > 1:729957/1‑68 (MQ=255) aCCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCGGGCAGCTAAttt > 1:3107441/1‑68 (MQ=255) aCCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCGGGCAGCTAAttt > 1:1967241/1‑68 (MQ=255) aCCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCGGGCAGCTAAttt > 1:3147989/1‑68 (MQ=255) aCCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCGGGCAGCTAAttt > 1:260495/1‑68 (MQ=255) | TCGCTGTTATCACCTAAATAGAGATAGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCGGGCAGCTAATTT > minE/1360051‑1360186 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |