| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,363,050 | C→T | 46.1% | G180G (GGC→GGT) | metG → | methionyl‑tRNA synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,363,050 | 0 | C | T | 46.1% | 18.7 / 85.0 | 104 | G180G (GGC→GGT) | metG | methionyl‑tRNA synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (13/43); new base T (16/32); total (29/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
ACTGCGAAGTCTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGTAATGCGTGATTCTGAACACTTCTTCTTTGATCTGCCCTCTTTCAGCGAAAT > minE/1362983‑1363112 | aCTGCGAAGTCTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGgc > 1:2448787/1‑68 (MQ=255)aCTGCGAAGTCTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGgc > 1:2035590/1‑68 (MQ=255)aCTGCGAAGTCTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGgc > 1:3137350/1‑68 (MQ=255)aCTGCGAAGTCTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGgc > 1:2106225/1‑68 (MQ=255)aCTGCGAAGTCTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGgc > 1:386761/1‑68 (MQ=255) gCGAAGTCTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCt > 1:3174188/1‑68 (MQ=255) gCGAAGTCTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTa > 1:2222583/1‑69 (MQ=255) gCGAAGTCTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTa > 1:2437999/1‑69 (MQ=255) gCGAAGTCTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTa > 1:2706889/1‑69 (MQ=255) gCGAAGTCTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTa > 1:2957143/1‑69 (MQ=255) gCGAAGTCTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTa > 1:2975309/1‑69 (MQ=255) gCGAAGTCTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTa > 1:2401006/1‑69 (MQ=255) gCGAAGTCTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTa > 1:728201/1‑69 (MQ=255) gCGAAGTCTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTa > 1:771808/1‑69 (MQ=255) gCGAAGTCTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTa > 1:1014338/1‑69 (MQ=255) aaGTCTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTAccc < 1:1371720/69‑3 (MQ=255) aaGTCTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTAccc < 1:583462/69‑3 (MQ=255) aaGTCTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTAccc < 1:703773/69‑3 (MQ=255) aaGTCTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTAccc < 1:733119/69‑3 (MQ=255) aaGTCTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTAccc < 1:1895859/69‑3 (MQ=255) cTGCGGCGCGACCTACAGGCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:1239841/69‑1 (MQ=255) cTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGTTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:2105692/69‑1 (MQ=255) cTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:2200670/69‑1 (MQ=255) cTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:2260426/69‑1 (MQ=255) cTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:2475219/69‑1 (MQ=255) cTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:2420250/69‑1 (MQ=255) cTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:1000471/69‑1 (MQ=255) cTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:2574603/69‑1 (MQ=255) cTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:2744965/69‑1 (MQ=255) cTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:300636/69‑1 (MQ=255) cTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:3013620/69‑1 (MQ=255) cTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:3279622/69‑1 (MQ=255) cTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:3337403/69‑1 (MQ=255) cTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:365730/69‑1 (MQ=255) cTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:426631/69‑1 (MQ=255) cTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:477754/69‑1 (MQ=255) cTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:1796054/69‑1 (MQ=255) cTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:1700008/69‑1 (MQ=255) cTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:1845061/69‑1 (MQ=255) cTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:1097194/69‑1 (MQ=255) cTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:1923409/69‑1 (MQ=255) cTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:1255912/69‑1 (MQ=255) cTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:1632170/69‑1 (MQ=255) tGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:1097352/68‑1 (MQ=255) cggcgCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:770810/66‑1 (MQ=255) ggcgCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:3380526/65‑1 (MQ=255) gcgACCTACATCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGTAATGCGt < 1:2595265/69‑1 (MQ=255) gcgACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGTAATGCGt < 1:1917503/69‑1 (MQ=255) gcgACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGTAATGCGt < 1:359786/69‑1 (MQ=255) gcgACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGTAATGCGt < 1:1423475/69‑1 (MQ=255) gcgACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGTAATGCGt < 1:2599212/69‑1 (MQ=255) gcgACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGTAATGCGt < 1:2951292/69‑1 (MQ=255) gcgACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGTAATGCGt < 1:2103363/69‑1 (MQ=255) cAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt > 1:2081037/1‑54 (MQ=255) aacttaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGATTCTGAACActtcttct > 1:452043/1‑69 (MQ=255) aactgaTTGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGATTCTGAACActtcttct > 1:1381956/1‑69 (MQ=255) aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGAtt < 1:3158675/54‑1 (MQ=255) aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGAtt < 1:425711/54‑1 (MQ=255) aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGAtt < 1:2162823/54‑1 (MQ=255) aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGAtt < 1:3243471/54‑1 (MQ=255) aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGAtt < 1:1505004/54‑1 (MQ=255) aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGAtt < 1:3007219/54‑1 (MQ=255) aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGAtt < 1:1321128/54‑1 (MQ=255) aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGAtt < 1:1133250/54‑1 (MQ=255) aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGAtt < 1:783064/54‑1 (MQ=255) aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGAtt < 1:837966/54‑1 (MQ=255) aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGAtt < 1:923956/54‑1 (MQ=255) aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGAtt < 1:2180444/54‑1 (MQ=255) aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGAtt < 1:2154145/54‑1 (MQ=255) aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGAtt < 1:2349182/54‑1 (MQ=255) aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGAtt < 1:2972525/54‑1 (MQ=255) aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGAtt < 1:186479/54‑1 (MQ=255) aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGAtt < 1:2689065/54‑1 (MQ=255) aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGAtt < 1:2731908/54‑1 (MQ=255) aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGAtt < 1:1827512/54‑1 (MQ=255) aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGAtt < 1:2740907/54‑1 (MQ=255) aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGATTCTGAACActtcttct > 1:2531096/1‑69 (MQ=255) aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGATTCTGAACActtcttct > 1:2246760/1‑69 (MQ=255) aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGATTCTGAACActtcttct > 1:776221/1‑69 (MQ=255) aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGATTCTGAACActtcttct > 1:1980258/1‑69 (MQ=255) aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGATTCTGAACActtcttct > 1:2904074/1‑69 (MQ=255) aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGATTCTGAACActtcttct > 1:3119221/1‑69 (MQ=255) aactgaTCGAGCAGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGATTCTGAACActtcttct > 1:2777959/1‑69 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |