| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,365,129 | C→T | 47.5% | R100R (CGC→CGT) | yohD → | conserved inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,365,129 | 0 | C | T | 47.5% | 10.5 / 86.8 | 101 | R100R (CGC→CGT) | yohD | conserved inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/28); new base T (25/23); total (50/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
AAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTGGTGCCAGCCAGCTGCCGCCGAAAATCTT > minE/1365067‑1365197 | aaaaTTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTtatg < 1:2377670/69‑1 (MQ=255) gcAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGt < 1:2030051/69‑1 (MQ=255) gcAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGt < 1:1786399/69‑1 (MQ=255) gcAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGt < 1:920433/69‑1 (MQ=255) gcAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGt < 1:2050894/69‑1 (MQ=255) gcAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGt < 1:2056237/69‑1 (MQ=255) gcAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGt < 1:2090646/69‑1 (MQ=255) gcAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGt < 1:2189624/69‑1 (MQ=255) cAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGt < 1:1496454/68‑1 (MQ=255) aGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGTGa < 1:1516148/69‑1 (MQ=255) ccATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTtatg > 1:2318618/1‑37 (MQ=255) ccATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTtatg > 1:654433/1‑37 (MQ=255) ccATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTta > 1:2001289/1‑35 (MQ=255) ccATCAGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTtatg > 1:1639443/1‑37 (MQ=255) cGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGTg < 1:2956080/47‑1 (MQ=255) cGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGTg < 1:3001887/47‑1 (MQ=255) cGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGTg < 1:2204983/47‑1 (MQ=255) cGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGTg < 1:1009787/47‑1 (MQ=255) cGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGTg < 1:3269707/47‑1 (MQ=255) cGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGTg < 1:1037074/47‑1 (MQ=255) cGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGTg < 1:834500/47‑1 (MQ=255) cGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGTg < 1:715699/47‑1 (MQ=255) cGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGTg < 1:3344280/47‑1 (MQ=255) cGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGTg < 1:569226/47‑1 (MQ=255) cGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGTg < 1:2799994/47‑1 (MQ=255) cGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGTg < 1:2172644/47‑1 (MQ=255) cGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGTg < 1:2268086/47‑1 (MQ=255) cGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTgat > 1:919545/1‑66 (MQ=255) cGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTGGt > 1:2196801/1‑68 (MQ=255) cGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTGGt > 1:1358789/1‑68 (MQ=255) tATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGTg < 1:1992816/45‑1 (MQ=255) cTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTGGTgcca > 1:3050789/1‑67 (MQ=255) cTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTGGTgcca > 1:2997873/1‑67 (MQ=255) cTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTGGTgcca > 1:1752264/1‑67 (MQ=255) cTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTGGTgcca > 1:2757660/1‑67 (MQ=255) tCATTGGTACGCGTTTTATGTATGGCTTTCGGGTGAtt > 1:2993587/1‑38 (MQ=255) tCATTGGTACGCGTTTTATGTATGGCTTTCGGGTGAtt > 1:1838170/1‑38 (MQ=255) tCATTGGTACGCGTTTTATGTATGGCTTTCGGGTGAtt > 1:507353/1‑38 (MQ=255) tCATTGGTACGCGTTTTATGTATGGCTTTCGGGTGAtt > 1:562318/1‑38 (MQ=255) tCATTGGTACGCGTTTTATGTATGGCTTTCGGGTGAtt > 1:930583/1‑38 (MQ=255) acATTGGTACGCGTTTTATGTATGGCTTTCGGGTGAtt > 1:1272768/2‑38 (MQ=38) cATTGGTACGCGTTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTGGTGCCAGCCATCTgcc > 1:1846250/1‑69 (MQ=255) cATTGGTACGCGTTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTGGTGCCAGCCAGCTgcc > 1:2445695/1‑69 (MQ=255) cATTGGTACGCGTTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTGGTGCCAGCCAGCTgcc > 1:2912019/1‑69 (MQ=255) cATTGGTACGCGTTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTGGTGCCAGCCAGCTgcc > 1:249795/1‑69 (MQ=255) cATTGGTACGCGTTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTGGTGCCAGCCAGCTgcc > 1:2667047/1‑69 (MQ=255) cATTGGTACGCGTTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTGGTGCCAGCCAGCTgcc > 1:271809/1‑69 (MQ=255) cATTGGTACGCGTTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTGGTGCCAGCCAGCTgcc > 1:3165726/1‑69 (MQ=255) cATTGGTACGCGTTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTGGTGCCAGCCAGCTgcc > 1:2182199/1‑69 (MQ=255) cATTGGTACGCGTTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTGGTGCCAGCCAGCTgcc > 1:2174586/1‑69 (MQ=255) cATTGGTACGCGTTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTGGTGCCAGCCAGCTgcc > 1:2137535/1‑69 (MQ=255) cATTGGTACGCGTTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTGGTGCCAGCCAGCTgcc > 1:2049637/1‑69 (MQ=255) cATTGGTACGCGTTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTGGTGCCAGCCAGCTgcc > 1:1382116/1‑69 (MQ=255) cATTGGTACGCGTTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTGGTGCCAGCCAGCTgcc > 1:1745684/1‑69 (MQ=255) cATTGGTACGCGTTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTGGTGCCAGCCAGCTgcc > 1:1723140/1‑69 (MQ=255) cATTGGTACGCGTTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTGGTGCCAGCCAGCTgcc > 1:1702631/1‑69 (MQ=255) cATTGGTACGCGTTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTGGTGCCAGCCAGCTgcc > 1:3312948/1‑69 (MQ=255) cATTGGTACGCGTTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTGGTGCCAGCCAGCTgcc > 1:1469952/1‑69 (MQ=255) cATTGGTACGCGTTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTGGTGCCAGCCAGCTgcc > 1:3426752/1‑69 (MQ=255) cATTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTGGTGCCAGCCAGCTgc < 1:3120905/68‑1 (MQ=255) cATTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTGGTGCCAGCCAGCTgc < 1:468046/68‑1 (MQ=255) cATTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTGGTGCCAGCCAGCTgc < 1:2518573/68‑1 (MQ=255) cATTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTGGTGCCAGCCAGCTgc < 1:2518478/68‑1 (MQ=255) aTTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTg > 1:3348824/1‑48 (MQ=255) aTTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTg > 1:3197772/1‑48 (MQ=255) aTTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTg > 1:538966/1‑48 (MQ=255) aTTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTg > 1:938377/1‑48 (MQ=255) aTTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTg > 1:2776674/1‑48 (MQ=255) aTTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTg > 1:1292435/1‑48 (MQ=255) aTTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTg > 1:1140428/1‑48 (MQ=255) aTTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTg > 1:1136162/1‑48 (MQ=255) aTTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTg > 1:2351061/1‑48 (MQ=255) aTTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTg > 1:2460446/1‑48 (MQ=255) aTTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTGGTGCCAGCCAGCTgccg > 1:2235655/1‑69 (MQ=255) aTTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTGGTGCCAGCCAGCTgccg > 1:168874/1‑69 (MQ=255) aTTGGTACGCGCTTTATATATGGCTTTCGGGTGATTGGc > 1:614929/1‑39 (MQ=255) cgcgTTTTATTTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTg < 1:3159303/45‑1 (MQ=38) cgcgTTTTATTTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTg < 1:616329/45‑1 (MQ=38) cgcgTTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGAttt < 1:2249543/45‑2 (MQ=255) cgcgTTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTg < 1:2854850/45‑1 (MQ=255) cgcgTTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTg < 1:1005001/45‑1 (MQ=255) cgcgTTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTg < 1:1178868/45‑1 (MQ=255) cgcgTTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTg < 1:1164881/45‑1 (MQ=255) cgcgTTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTg < 1:700147/45‑1 (MQ=255) cgcgTTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTg < 1:1090964/45‑1 (MQ=255) cgcgTTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTg < 1:1087059/45‑1 (MQ=255) cgcgTTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTg < 1:106377/45‑1 (MQ=255) cgcgTTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTg < 1:1009438/45‑1 (MQ=255) cgcgTTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTg < 1:1400591/45‑1 (MQ=255) cgcgTTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTg < 1:1494991/45‑1 (MQ=255) cgcgTTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTg < 1:37874/45‑1 (MQ=255) cgcgTTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTg < 1:1510799/45‑1 (MQ=255) cgcgTTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTg < 1:1556668/45‑1 (MQ=255) cgcgTTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTg < 1:1800404/45‑1 (MQ=255) cgcgTTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTg < 1:3247009/45‑1 (MQ=255) cgcgTTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTg < 1:1884841/45‑1 (MQ=255) cgcgTTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTg < 1:2291620/45‑1 (MQ=255) cgcgTTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTg < 1:2371496/45‑1 (MQ=255) cTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTGGTGCCAGCCAGCTGCCGCCGAAAATCtt < 1:461844/69‑1 (MQ=255) cTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTGGTGCCAGCCAGCTGCCGCCGAAAATCtt < 1:1698668/69‑1 (MQ=255) | AAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTGGTGCCAGCCAGCTGCCGCCGAAAATCTT > minE/1365067‑1365197 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |