| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,367,573 | G→A | 42.3% | intergenic (‑133/+5) | yohG ← / ← yohH | predicted outer membrane protein/conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,367,573 | 0 | G | A | 42.3% | 32.3 / 59.7 | 85 | intergenic (‑133/+5) | yohG/yohH | predicted outer membrane protein/conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (12/37); new base A (28/8); total (40/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.15e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTGGCCAACCATTTTC > minE/1367517‑1367641 | gctagctGAATGCGCTGTTCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAGTTAAGGa < 1:2799777/68‑1 (MQ=255)gctagctGAATGCGCTGTTCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGa < 1:300014/68‑1 (MQ=255)gctagctGAATGCGCTGTTCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGa < 1:3351915/68‑1 (MQ=255) gAATGCGCTGTTCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGtt < 1:3336705/69‑1 (MQ=255) tGCGCTGTTCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGAt < 1:1004557/69‑1 (MQ=255) gcgcTGTTCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGAt < 1:1401624/68‑1 (MQ=255) gTTCAGCCACCTTCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGt < 1:2717799/69‑1 (MQ=255) gTTCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGt < 1:1176162/69‑1 (MQ=255) gTTCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGt < 1:3338859/69‑1 (MQ=255) gTTCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGt < 1:1188623/69‑1 (MQ=255) gTTCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGt < 1:470875/69‑1 (MQ=255) gTTCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGt < 1:309718/69‑1 (MQ=255) gTTCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGt < 1:1929912/69‑1 (MQ=255) gTTCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGt < 1:1864879/69‑1 (MQ=255) gTTCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGt < 1:2983645/69‑1 (MQ=255) gTTCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGt < 1:702874/69‑1 (MQ=255) ttCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGa < 1:2737816/51‑1 (MQ=255) ttCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGt < 1:2159093/68‑1 (MQ=255) ttCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGt < 1:2245916/68‑1 (MQ=255) ttCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGt < 1:1845878/68‑1 (MQ=255) ttCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGt < 1:645779/68‑1 (MQ=255) ttCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGt < 1:3189914/68‑1 (MQ=255) ttCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGt < 1:3337390/68‑1 (MQ=255) cAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGa < 1:175701/68‑1 (MQ=255) aGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGa < 1:2833372/67‑1 (MQ=255) gCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATa < 1:942081/68‑1 (MQ=255) gCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATa < 1:2456415/68‑1 (MQ=255) gCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATa < 1:1772361/68‑1 (MQ=255) gCCACCTGCATATCCGGTGCGCTCTGTATTGCGTTAtt < 1:1311512/38‑1 (MQ=25) gCCACCTGCATATCCGGTGCGCTCTGTAGTGCGTTAtt < 1:2137761/38‑1 (MQ=37) gCCACCTGCATATCCGGTGCGCTCTGTAGTGCGTTAtt < 1:892023/38‑1 (MQ=37) gCCACCTGCATATCCGGTGCGCTCTGTAGTGCGTTAtt < 1:133789/38‑1 (MQ=37) gCCACCTGCATATCCGGTGCGCTCTGTAGTGCGTTAtt < 1:1384692/38‑1 (MQ=37) gCCACCTGCATATCCGGTGCGCTCTGTAGTGCGTTAtt < 1:2830453/38‑1 (MQ=37) gCCACCTGCATATCCGGTGCGCTCTGTAGTGCGTTAtt < 1:2750656/38‑1 (MQ=37) gCCACCTGCATATCCGGTGCGCTCTGTAGTGCGTTAtt < 1:2410329/38‑1 (MQ=37) ccACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGt < 1:130088/63‑1 (MQ=255) tGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGc > 1:1110139/1‑69 (MQ=255) tCCGGTTCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCAt > 1:442378/1‑69 (MQ=255) tCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGt > 1:1842696/1‑52 (MQ=255) tCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGt > 1:2775771/1‑52 (MQ=255) tCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGt > 1:1846674/1‑52 (MQ=255) tCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCAt > 1:2770609/1‑69 (MQ=255) tCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCAt > 1:2105977/1‑69 (MQ=255) tCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCAt > 1:3159440/1‑69 (MQ=255) tCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCAt > 1:2198889/1‑69 (MQ=255) tGCGTTCTGTTGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGccac < 1:2286885/61‑1 (MQ=255) tGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGATTTGATTATCGTGATACTCCAGccac < 1:1302162/61‑1 (MQ=255) tGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGccac < 1:1129023/61‑1 (MQ=255) tGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGccac < 1:39195/61‑1 (MQ=255) tGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGccac < 1:2705071/61‑1 (MQ=255) tGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGccac < 1:905268/61‑1 (MQ=255) tGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGccac < 1:289218/61‑1 (MQ=255) tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTc > 1:1647930/1‑49 (MQ=255) tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGccacca > 1:2366850/1‑58 (MQ=255) tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTc > 1:2733518/1‑67 (MQ=255) tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCt > 1:2866681/1‑68 (MQ=255) tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTg > 1:432090/1‑69 (MQ=255) tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTg > 1:1238378/1‑69 (MQ=255) tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTg > 1:463912/1‑69 (MQ=255) tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTg > 1:689512/1‑69 (MQ=255) tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTg > 1:1074312/1‑69 (MQ=255) tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTg > 1:2191514/1‑69 (MQ=255) tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTg > 1:808989/1‑69 (MQ=255) tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTg > 1:2311854/1‑69 (MQ=255) tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTg > 1:2116884/1‑69 (MQ=255) tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTg > 1:2405528/1‑69 (MQ=255) tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTg > 1:1931356/1‑69 (MQ=255) tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTg > 1:2866947/1‑69 (MQ=255) tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTg > 1:2852913/1‑69 (MQ=255) tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTg > 1:1829137/1‑69 (MQ=255) tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTg > 1:2833362/1‑69 (MQ=255) tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTg > 1:2259649/1‑69 (MQ=255) tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTg > 1:2380962/1‑69 (MQ=255) tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTg > 1:1835357/1‑69 (MQ=255) tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTg > 1:2712109/1‑69 (MQ=255) tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTg > 1:2506057/1‑69 (MQ=255) tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTg > 1:246734/1‑69 (MQ=255) tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTg > 1:957772/1‑69 (MQ=255) tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTg > 1:2380193/1‑69 (MQ=255) tCTGTAGTGCGTTATTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTAGCTGTCTg > 1:2800232/1‑69 (MQ=255) cTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGccacc > 1:2346016/1‑56 (MQ=255) cTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGccacc > 1:2916304/1‑56 (MQ=255) cTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGccacc > 1:161987/1‑56 (MQ=255) gTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTGGCCAAc < 1:2293914/69‑1 (MQ=255) gTTAATTAAGGAAGTTAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTGGCCAACCAtttt > 1:1060160/1‑68 (MQ=255) gTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTGGCCAACCAtttt > 1:2456933/1‑68 (MQ=255) gTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTGGCCAACCATTTTc > 1:405149/1‑69 (MQ=255) gTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTGGCCAACCATTTTc > 1:2909908/1‑69 (MQ=255) | GCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGTGAGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTGGCCAACCATTTTC > minE/1367517‑1367641 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |