| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 109,946 | C→G | 44.5% | L730L (CTC→CTG) | aceE → | pyruvate dehydrogenase, decarboxylase component E1, thiamin‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 109,946 | 0 | C | G | 44.5% | 27.1 / 91.7 | 87 | L730L (CTC→CTG) | aceE | pyruvate dehydrogenase, decarboxylase component E1, thiamin‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/24); new base G (22/16); total (46/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
TATCCGTAAAGGTATCTACAAACTCGAAACTATTGAAGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTCGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAAGCAGCTGAGATCCTGGCGAAAGATTACGGCGTAGG > minE/109883‑110014 | tATCCGTAAAGGTATCTACAAACTCGAAACTATTGAAGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTCGGCTc > 1:909042/1‑69 (MQ=255)tATCCGTAAAGGTATCTACAAACTCGAAACTATTGAAGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTCGGCTc > 1:1081401/1‑69 (MQ=255)tATCCGTAAAGGTATCTACAAACTCGAAACTATTGAAGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTCGGCTc > 1:3024864/1‑69 (MQ=255)tATCCGTAAAGGTATCTACAAACTCGAAACTATTGAAGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTCGGCTc > 1:840412/1‑69 (MQ=255)tATCCGTAAAGGTATCTACAAACTCGAAACTATTGAAGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTCGGCTc > 1:1887491/1‑69 (MQ=255)tATCCGTAAAGGTATCTACAAACTCGAAACTATTGAAGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTCGGCTc > 1:3265689/1‑69 (MQ=255) tAAAGGTATCTACAAACTCGAAACTATTGAAGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTCGGCTCCGGTTc < 1:562289/69‑1 (MQ=255) aaGGTATCTACAAACTCGAAACTATTGAAGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTCGGCTCCGGTTCTa < 1:3101106/69‑1 (MQ=255) aaGGTATCTACAAACTCGAAACTATTGAAGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTCGGCTCCGGTTCTa < 1:1404807/69‑1 (MQ=255) aaGGTATCTACAAACTCGAAACCCTTGAAGTTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTGGGCTCCGGTTCTa > 1:3121683/1‑69 (MQ=255) aaGGTATCTACAAACTCGAAACCCTTGAAGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTGGGCTCCGGTTCt > 1:1023948/1‑68 (MQ=255) aaGGTATCTACAAACTCGAAACCCTTGAAGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTGGGCTCCGGTTCTa > 1:158391/1‑69 (MQ=255) aaGGTATCTACAAACTCGAAACCCTTGAAGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTGGGCTCCGGTTCTa > 1:2714489/1‑69 (MQ=255) aaGGTATCTACAAACTCGAAACCCTTGAAGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTGGGCTCCGGTTCTa > 1:733214/1‑69 (MQ=255) aaGGTATCTACAAACTCGAAACCCTTGAAGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTGGGCTCCGGTTCTa > 1:1660377/1‑69 (MQ=255) aaGGTATCTACAAACTCGAAACCCTTGAAGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTGGGCTCCGGTTCTa > 1:2529420/1‑69 (MQ=255) aaGGTATCTACAAACTCGAAACCCTTGAAGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTGGGCTCCGGTTCTa > 1:3353950/1‑69 (MQ=255) aaGGTATCTACAAACTCGAAACCCTTGAAGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTGGGCTCCGGTTCTa > 1:3368974/1‑69 (MQ=255) aaGGTATCTACAAACTCGAAACCCTTGAAGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTGGGCTCCGGTTCTa > 1:2040635/1‑69 (MQ=255) aaGGTATCTACAAACTCGAAACCCTTGAAGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTGGGCTCCGGTTCTa > 1:1494560/1‑69 (MQ=255) aaGGTATCTACAAACTCGAAACCCTTGAAGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTGGGCTCCGGTTCTa > 1:901224/1‑69 (MQ=255) aaGGTATCTACAAACTCGAAACCCTTGAAGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTGGGCTCCGGTTCTa > 1:2755260/1‑69 (MQ=255) aGGTATCTACAAACTCGATACTATTGAAGGTAGCAAATGTAAAGTTCAGCTGCTCGGCTCCGGTTCTa < 1:2758982/68‑1 (MQ=255) tATCTACAAACTCGAAACTATTGAAGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTCGGCTCCGGTTCTATCCt > 1:2203777/1‑69 (MQ=255) tATCTACAAACTCGAAACTATTGAAGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTCGGCTCCGGTTCTATCCt > 1:3184758/1‑69 (MQ=255) tATCTACAAACTCGAAACTATTGAAGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTCGGCTCCGGTTCTATCCt > 1:3091108/1‑69 (MQ=255) tATCTACAAACTCGAAACTATTGAAGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTCGGCTCCGGTTCTATCCt > 1:2736459/1‑69 (MQ=255) aTCTACAAACTCGAAACTATTGAAGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTCGGCTCCGGTTCTATCCTg > 1:846131/1‑69 (MQ=255) aTCTACAAACTCGAAACTATTGAAGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTCGGCTCCGGTTCTATCCTg > 1:2701224/1‑69 (MQ=255) aTCTACAAACTCGAAACTATTGAAGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTCGGCTCCGGTTCTATCCTg > 1:3424635/1‑69 (MQ=255) aTCTACAAACTCGAAACTATTGAAGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTCGGCTCCGGTTCTATCCTg > 1:2793568/1‑69 (MQ=255) tCTACAAACTCGAAACTATTGAAGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTCGGCTCCGGTTCTATCCTGc > 1:1562298/1‑69 (MQ=255) tCTACAAACTCGAAACTATTGAAGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTCGGCTCCGGTTCTATCCTGc > 1:2449746/1‑69 (MQ=255) tCTACAAACTCGAAACTATTGAAGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTCGCCTCCGGTTCTATCCTGc > 1:1620910/1‑69 (MQ=255) tCTACAAACTCGAAACTATAGAAGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTCGGCTCCGGTTCTATCCTGc > 1:2750156/1‑69 (MQ=255) gAAGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTCGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAAGCAGCt < 1:1894153/69‑1 (MQ=255) gAAGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTCGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAAGCAGCt < 1:1965528/69‑1 (MQ=255) gAAGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTCGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAAGCAGCt < 1:3420570/69‑1 (MQ=255) gAAGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTCGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAAGCAGCt < 1:1203931/69‑1 (MQ=255) gAAGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTCGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAAGCAGCt < 1:1351184/69‑1 (MQ=255) gAAGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTCGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAAGCAGCt < 1:515244/69‑1 (MQ=255) gAAGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTCGGCTCCGGTTCTATCATGCGTCACGTCCGTGAAGCAGCt < 1:3202046/69‑1 (MQ=255) aGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTGGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCAGGTCCGTGAagcggca < 1:1460067/67‑2 (MQ=255) aGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTGGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAagcggca < 1:3073889/67‑2 (MQ=255) aGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTGGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAagcggca < 1:1037473/67‑2 (MQ=255) aGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTGGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAagcggca < 1:1068250/67‑2 (MQ=255) aGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTGGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAagcggca < 1:114818/67‑2 (MQ=255) aGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTGGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAagcggca < 1:1304722/67‑2 (MQ=255) aGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTGGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAagcggca < 1:2785288/67‑2 (MQ=255) aGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTGGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAagcggca < 1:2752284/67‑2 (MQ=255) aGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTGGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAagcggca < 1:871145/67‑2 (MQ=255) aGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTGGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAagcggca < 1:1469180/67‑2 (MQ=255) aGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTGGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAagcggca < 1:434719/67‑2 (MQ=255) aGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTGGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAagcggca < 1:3274247/67‑2 (MQ=255) aGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTGGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAagcggca < 1:368898/67‑2 (MQ=255) aGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTGGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAagcggca < 1:2405770/67‑2 (MQ=255) aGGTAGCAAAGGTAAAGGTCAGCTGCTGGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAagcggca < 1:132962/67‑2 (MQ=255) tAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTCGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAAGCAGCTGAGAt < 1:253405/69‑1 (MQ=255) tAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTCGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAAGCAGCTGAGAt < 1:3129423/69‑1 (MQ=255) tAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTCGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAAGCAGCTGAGAt < 1:2475128/69‑1 (MQ=255) tAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTCGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAAGCAGCTGAGAt < 1:305921/69‑1 (MQ=255) tAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTCGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAAGCAGCTGAGAt < 1:2471256/69‑1 (MQ=255) gCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTCGGCTCCGGTTCTa < 1:1316326/36‑1 (MQ=255) gCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTCGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAAGCAGCt < 1:1002843/62‑1 (MQ=255) aGGTAAAGTTCAGCTGCTGGGCTCCGGTTCTATCCTGGGTCACGTCCGTGAAGCGGCAGAGATCCTgg > 1:2627192/1‑68 (MQ=255) aGGTAAAGTTCAGCTGCTGGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAAGCGGCAGAGATCCTgg > 1:1851633/1‑68 (MQ=255) aGGTAAAGTTCAGCTGCTGGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAAGCGGCAGAGATCCTgg > 1:1002992/1‑68 (MQ=255) aGGTAAAGTTCAGCTGCTGGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAAGCGGCAGAGATCCTgg > 1:644056/1‑68 (MQ=255) aGGTAAAGTTCAGCTGCTGGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAAGCGGCAGAGATCCTgg > 1:1777352/1‑68 (MQ=255) aGGTAAAGTTCAGCTGCTGGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAAGCGGCAGAGATCCTgg > 1:1875879/1‑68 (MQ=255) aGGTAAAGTTCAGCTGCTGGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAAGCGGCAGAGATCCTgg > 1:2343731/1‑68 (MQ=255) aGGTAAAGTTCAGCTGCTGGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAAGCGGCAGAGATCCTgg > 1:2936706/1‑68 (MQ=255) aGGTAAAGTTCAGCTGCTGGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAAGCGGCAGAGATCCTgg > 1:3071864/1‑68 (MQ=255) ggTAAAGTTCAGCTGCTCGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAAGCAGCTGAGAt < 1:2321622/62‑1 (MQ=255) tAAAGTTCAGCTGCTCGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAAGCAGCt < 1:1378949/55‑1 (MQ=255) aaaGTTCAGCTGCTCGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAAGCAGCTGAGATCCTGGc > 1:1763634/1‑65 (MQ=255) aaaGTTCAGCTGCTCGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAAGCAGCTGAGATCCTGGc > 1:1759692/1‑65 (MQ=255) aaaGTTCAGCTGCTCGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAAGCAGCTGAGATCCTGGc > 1:3061682/1‑65 (MQ=255) aaGTTCAGCTGCTGGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAagcggca < 1:1450957/53‑2 (MQ=255) aGTTCAGCTGCTCGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAAGCAGCTGAGAt < 1:597777/57‑1 (MQ=255) gTTCAGCTGCTTGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAagcggca < 1:2557301/51‑2 (MQ=255) gTTCAGCTGCTCGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAAGCAGCTGAGATCCTGGCGAAAGAt < 1:1240066/69‑1 (MQ=255) gTTCAGCTGCTCGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAAGCAGCTGAGATCCTGGCGAAAGAt < 1:308377/69‑1 (MQ=255) gTTCAGCTGCTCGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAAGCAGCTGAGATCCTGGCGAAAGAt < 1:1847568/69‑1 (MQ=255) gctCGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCCCGTCCGTGAAGCAGCTGAGATCCTGGCGAAAGATTACGGCGt > 1:3433571/1‑69 (MQ=255) gctCGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAAGCAGCTGAGATCCTGGCGAAAGATTACGGCGt > 1:3238499/1‑69 (MQ=255) gctCGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAAGCAGCTGAGATCCTGGCGAAAGATTACGGCGt > 1:271675/1‑69 (MQ=255) cGGCTCCGGTTCTATCCTGCTTCACGTCCGTGAAGCAGCTGAGATCCTGGCGAAAGATTACGGCGTAgg < 1:1428855/69‑1 (MQ=255) cGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAAGCAGCTGAGATCCTGGCGAAAGATTACGGCGTAgg < 1:2631534/69‑1 (MQ=255) cGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAAGCAGCTGAGATCCTGGCGAAAGATTACGGCGTAgg < 1:1601234/69‑1 (MQ=255) cGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAAGCAGCTGAGATCCTGGCGAAAGATTACGGCGTAgg < 1:2910223/69‑1 (MQ=255) cGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAAGCAGCTGAGATCCTGGCGAAAGATTACGGCGTAgg < 1:3165629/69‑1 (MQ=255) cGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAAGCAGCTGAGATCCTGGCGAAAGATTACGGCGTAgg > 1:255740/1‑69 (MQ=255) | TATCCGTAAAGGTATCTACAAACTCGAAACTATTGAAGGTAGCAAAGGTAAAGTTCAGCTGCTCGGCTCCGGTTCTATCCTGCGTCACGTCCGTGAAGCAGCTGAGATCCTGGCGAAAGATTACGGCGTAGG > minE/109883‑110014 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |