| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,369,934 | C→T | 30.1% | G94G (GGC→GGT) | yohJ → | conserved inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,369,934 | 0 | C | T | 30.1% | 49.5 / 21.6 | 53 | G94G (GGC→GGT) | yohJ | conserved inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/12); new base T (9/7); total (34/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.65e-01 | |||||||||||
TTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAAC > minE/1369872‑1370001 | ttgtttgtGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTTATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTa > 1:3285263/1‑69 (MQ=255)ttgtttgtGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTa > 1:992008/1‑69 (MQ=255)ttgtttgtGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTa > 1:306100/1‑69 (MQ=255)ttgtttgtGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTa > 1:2799604/1‑69 (MQ=255)ttgtttgtGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTa > 1:2799339/1‑69 (MQ=255)ttgtttgtGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTa > 1:2756964/1‑69 (MQ=255)ttgtttgtGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTa > 1:3127113/1‑69 (MQ=255)ttgtttgtGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTa > 1:339330/1‑69 (MQ=255)ttgtttgtGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTa > 1:2412825/1‑69 (MQ=255)ttgtttgtGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTa > 1:767690/1‑69 (MQ=255)ttgtttgtGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTa > 1:14529/1‑69 (MQ=255)ttgtttgtGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGATCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTa > 1:2240904/1‑69 (MQ=255) ccGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTcc < 1:774540/69‑1 (MQ=255) ccGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTcc < 1:2836157/69‑1 (MQ=255) ccGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTcc < 1:1153797/69‑1 (MQ=255) ccGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTcc < 1:2107446/69‑1 (MQ=255) ccGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTc < 1:1465128/68‑1 (MQ=255) ccGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTc < 1:468669/68‑1 (MQ=255) cGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTcc < 1:2869884/68‑1 (MQ=255) ttGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCtgtg < 1:2630927/69‑1 (MQ=255) ttGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCtgtg < 1:1202899/69‑1 (MQ=255) gTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGTGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACg > 1:2243736/1‑69 (MQ=255) gTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGTGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACg > 1:2573387/1‑69 (MQ=255) gTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGTGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACg > 1:1348267/1‑69 (MQ=255) gTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGTGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACg > 1:1032026/1‑69 (MQ=255) cAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCtgtg < 1:1317520/52‑1 (MQ=255) cAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCtgtg < 1:1962795/52‑1 (MQ=255) cAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCtgtg < 1:1709597/52‑1 (MQ=255) cAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCtggtg > 1:1208628/1‑69 (MQ=255) atTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCtgg > 1:1445780/1‑63 (MQ=255) atTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGttt > 1:2657918/1‑69 (MQ=255) atTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGttt > 1:2287594/1‑69 (MQ=255) atTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGttt > 1:2280286/1‑69 (MQ=255) atTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGttt > 1:1808298/1‑69 (MQ=255) atTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGtt > 1:1048365/1‑68 (MQ=255) atTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGtt > 1:1902462/1‑68 (MQ=255) atTATGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTAc > 1:2055218/1‑58 (MQ=255) ttGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGTCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTc > 1:54904/1‑69 (MQ=255) ttGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGTCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTc > 1:58935/1‑69 (MQ=255) ttGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGTCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTc > 1:2445284/1‑69 (MQ=255) ttGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGTCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTc > 1:2658560/1‑69 (MQ=255) ttGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGTCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTc > 1:2486230/1‑69 (MQ=255) ttGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGTCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTc > 1:2287267/1‑69 (MQ=255) ttGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGTCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTc > 1:2268693/1‑69 (MQ=255) ttGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGTCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTc > 1:222413/1‑69 (MQ=255) ttGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGTCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTc > 1:2088432/1‑69 (MQ=255) aTTTGCTCCGCGCACAGTTTGGTCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCtg < 1:2568432/68‑1 (MQ=255) aTTTGCTCCGCGCACAGTTTGGTCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCtg < 1:512667/68‑1 (MQ=255) aTTTGCTCCGCGCACAGTTTGGTCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCtg < 1:5523/68‑1 (MQ=255) aTTTGCTCCGCGCACAGTTTGGTCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCtg < 1:638179/68‑1 (MQ=255) aTTTGCTCCGCGCACAGTTTGGTCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCtg < 1:853706/68‑1 (MQ=255) aTTTGCTCCGCGCACAGTTTGGTCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCtg < 1:1046334/68‑1 (MQ=255) caGTTTGGTCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCtg < 1:1786745/54‑1 (MQ=255) cccGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAAc < 1:3098930/68‑1 (MQ=255) | TTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAAC > minE/1369872‑1370001 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |