| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,370,006 | A→G | 54.9% | V118V (GTA→GTG) | yohJ → | conserved inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,370,006 | 0 | A | G | 54.9% | 27.1 / 101.5 | 125 | V118V (GTA→GTG) | yohJ | conserved inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (17/39); new base G (45/23); total (63/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.30e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
GTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGT > minE/1369938‑1370069 | gTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTa < 1:2136376/69‑1 (MQ=255)gTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTa < 1:3087438/69‑1 (MQ=255) gTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTacac < 1:2896638/69‑1 (MQ=255) gTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTacac < 1:2141637/69‑1 (MQ=255) cTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCACAACTGGTGCACGGTGa < 1:3297864/66‑1 (MQ=255) cTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCACAACTGGTGCACGGTGa < 1:177681/66‑1 (MQ=255) cTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCACAACTGGTGCACGGTGa < 1:1609247/66‑1 (MQ=255) cTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCACAACTGGTGCACGGTGa < 1:2066405/66‑1 (MQ=255) cTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCACAACTGGTGCACGGTGa < 1:257795/66‑1 (MQ=255) cTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCACAACTGGTGCACGGTGa < 1:138818/66‑1 (MQ=255) cTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCACAACTGGTGCACGGTGa < 1:1253273/66‑1 (MQ=255) cTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCACAACTGGTGCACGGTGa < 1:45723/66‑1 (MQ=255) cTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCACAACTGGTGCACGGTGa < 1:3160189/66‑1 (MQ=255) cTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCACAACTGGTGCACGGTGa < 1:2223321/66‑1 (MQ=255) tgtgCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCACAACTGGTGCACGGTGa < 1:2943720/65‑1 (MQ=255) cagtACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCg > 1:347763/1‑68 (MQ=255) cagtACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGt > 1:1252767/1‑69 (MQ=255) cagtACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGt > 1:3272586/1‑69 (MQ=255) cagtACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGt > 1:527654/1‑69 (MQ=255) cGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAg > 1:1132851/1‑66 (MQ=255) cGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAg > 1:2149945/1‑66 (MQ=255) cTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAg < 1:1492862/69‑1 (MQ=255) cTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAg < 1:1871368/69‑1 (MQ=255) tggtTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTacac < 1:666855/41‑1 (MQ=255) ggtTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAgg < 1:1584729/69‑1 (MQ=255) ggtTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAgg < 1:3287551/69‑1 (MQ=255) ggtTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCACAACTGGTGCACGGTGa < 1:486580/45‑1 (MQ=38) ggtTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCACAACTGGTGCACGGTGa < 1:485352/45‑1 (MQ=38) ggtTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCACAACTGGTGCACGGTGa < 1:89552/45‑1 (MQ=38) ggtTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCACAACTGGTGCACGGTGa < 1:2141533/45‑1 (MQ=38) ggtTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCACAACTGGTGCACGGTGa < 1:1026856/45‑1 (MQ=38) ggtTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCACAACTGGTGCACGGTGa < 1:665922/45‑1 (MQ=38) ggtTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCACAACTGGTGCACGGTGAACGTaa > 1:2810772/1‑51 (MQ=39) ggtTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCACAACTGGTGCACGGTGAACGTaa > 1:2683452/1‑51 (MQ=39) ggtTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCACAACTGGTGCACGGTGAACGTaa > 1:2375835/1‑51 (MQ=39) ggtTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCACAACTGGTGCACGGTGAACGTaa > 1:2991254/1‑51 (MQ=39) ggtTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCACAACTGGTGCACGGTGAACGTaa > 1:3018500/1‑51 (MQ=39) ggtTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCACAACTGGTGCACGGTGAACGTaa > 1:2364335/1‑51 (MQ=39) ggtTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCACAACTGGTGCACGGTGAACGTaa > 1:907923/1‑51 (MQ=39) ggtTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCACAACTGGTGCACGGTGAACGTaa > 1:1475260/1‑51 (MQ=39) ggtTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCACAACTGGTGCACGGTGAACGTaa > 1:2040690/1‑51 (MQ=39) ggtTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCACAACTGGTGCACGGTGAACGTaa > 1:840582/1‑51 (MQ=39) gtTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTaca < 1:1243353/38‑1 (MQ=255) gtTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTaca < 1:507822/38‑1 (MQ=255) tttCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCACAACTGGTGCACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATc > 1:3147802/1‑68 (MQ=255) tttCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCACAACTGGTGCACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATc > 1:3123470/1‑68 (MQ=255) tttCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCACAACTGGTGCACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATc > 1:919561/1‑68 (MQ=255) tttCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCACAACTGGTGCACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATc > 1:2984133/1‑68 (MQ=255) tttCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCACAACTGGTGCACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATc > 1:3173036/1‑68 (MQ=255) tttCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCACAACTGGTGCACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATc > 1:1602888/1‑68 (MQ=255) tttCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCACAACTGGTGCACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATc > 1:1613635/1‑68 (MQ=255) tttCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCACAACTGGTGCACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATc > 1:770222/1‑68 (MQ=255) tttCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCACAACTGGTGCACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATc > 1:1839338/1‑68 (MQ=255) tttCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCACAACTGGTGCACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATc > 1:279916/1‑68 (MQ=255) tttCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCACAACTGGTGCACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATc > 1:3324994/1‑68 (MQ=255) tttCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCACAACTGGTGCACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATc > 1:184611/1‑68 (MQ=255) tttCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCACAACTGGTGCACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATc > 1:1134004/1‑68 (MQ=255) tttCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCACAACTGGTGCACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATc > 1:2756228/1‑68 (MQ=255) tttCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCACAACTGGTGCACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATc > 1:2690831/1‑68 (MQ=255) tttCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCACAACTGGTGCACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATc > 1:1058376/1‑68 (MQ=255) tttCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCACAACTGGTGCACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATc > 1:2493303/1‑68 (MQ=255) tttCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCACAACTGGTGCACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATc > 1:2469479/1‑68 (MQ=255) tttCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCACAACTGGTGCACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATc > 1:2292687/1‑68 (MQ=255) tttCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCACAACTGGTGCACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATc > 1:2419747/1‑68 (MQ=255) tttCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCACAACTGGTCCACGGTGAACGTAAATTCGTAGGTc > 1:2102733/1‑58 (MQ=255) cTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCaga < 1:2919795/68‑1 (MQ=255) cTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCaga < 1:2396221/68‑1 (MQ=255) gAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAatgatg < 1:1036224/69‑1 (MQ=255) gAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAatgatg < 1:1171345/69‑1 (MQ=255) gAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAatgatg < 1:2948726/69‑1 (MQ=255) gAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAatgatg < 1:27846/69‑1 (MQ=255) gAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAatgatg < 1:2637450/69‑1 (MQ=255) aGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAatgatg > 1:56853/1‑68 (MQ=255) cTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCg < 1:426322/69‑1 (MQ=255) cTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCg < 1:961374/69‑1 (MQ=255) cTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCg < 1:992505/69‑1 (MQ=255) cTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCg < 1:317570/69‑1 (MQ=255) cTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCg < 1:1744752/69‑1 (MQ=255) tGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCg < 1:3237478/68‑1 (MQ=255) tGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGa < 1:1340443/69‑1 (MQ=255) tGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGa < 1:2900044/69‑1 (MQ=255) tGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGa < 1:713266/69‑1 (MQ=255) tGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGa < 1:1919796/69‑1 (MQ=255) ggAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGa < 1:2886564/68‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |