| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,370,805 | C→T | 33.0% | intergenic (+62/‑68) | yohK → / → cdd | predicted inner membrane protein/cytidine/deoxycytidine deaminase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,370,805 | 0 | C | T | 33.0% | 131.0 / 80.5 | 151 | intergenic (+62/‑68) | yohK/cdd | predicted inner membrane protein/cytidine/deoxycytidine deaminase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (59/42); new base T (22/28); total (81/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.44e-01 | |||||||||||
Only 100 of 151 total aligned reads displayed.
GGCTAAAATTTGCGATGCGTCGCGCATTTTTGATGTATGTTTCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTCAGATCACATATAAAGCCACAACGGGTTCGTAAACTGTTATCCCATTACATGATTATGAGGCAACGC > minE/1370738‑1370871 | ggCTAAAATTTGCGATGCGTCGCGCATTTTTGATGTATGTTTCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTCa < 1:2454767/69‑1 (MQ=255) cTAAAATTTGCGATGCGTCGCGCATTTTTGATGTATGTTTCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTCAg < 1:852566/68‑1 (MQ=255) cTAAAATTTGCGATGCGTCGCGCATTTTTGATGTATGTTTCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTCAg < 1:2825570/68‑1 (MQ=255) tAAAATTTGCGATGCGTCGCGCATTTTTGATGTATGTTTCACGCGTTTCATAATTAATGAGATTCAGAt < 1:244738/69‑1 (MQ=255) tAAAATTTGCGATGCGTCGCGCATTTTTGATGTATGTTTCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTCAGAt < 1:1421863/69‑1 (MQ=255) tAAAATTTGCGATGCGTCGCGCATTTTTGATGTATGTTTCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTCAGAt < 1:1566982/69‑1 (MQ=255) tAAAATTTGCGATGCGTCGCGCATTTTTGATGTATGTTTCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTCAGAt < 1:1455489/69‑1 (MQ=255) aTTTGCGATGCGTCGCGCATTTTTGATGTATGTTTCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTCAGATca < 1:2163202/67‑1 (MQ=255) aTTTGCGATGCGTCGCGCATTTTTGATGTATGTTTCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTCAGATca < 1:747293/67‑1 (MQ=255) aTTTGCGATGCGTCGCGCATTTTTGATGTATGTTTCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTCAGATca < 1:2868960/67‑1 (MQ=255) cGATGCGTCGCGCATTTTTGATGTATGTTTCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTCAGATCACAtata < 1:1073417/68‑1 (MQ=255) cGATGCGTCGCGCATTTTTGATGTATGTTTCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTCAGATCACAtata < 1:2442400/68‑1 (MQ=255) cGTCGCGCATTTTTGATGTATGTTTCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTCAGATCACATATAAAGcc < 1:3431629/68‑1 (MQ=255) cGTCGCGCATTTTTGATGTATGTTTCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTCAGATCACATATAAAGcc < 1:2315361/68‑1 (MQ=255) cGTCGCGCATTTTTGATGTATGTTTCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTCAGATCACATATAAAGcc < 1:463674/68‑1 (MQ=255) cGTCGCGCATTTTTGATGTATGTTTCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTCAGATCACATATAAAGcc < 1:2462798/68‑1 (MQ=255) ttttGATGTAAGTTTCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTTAGATCACATATAAAGCCATAACGGGtt > 1:3429019/1‑68 (MQ=255) ttttGATGTAAGTTTCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTTAGATCACATATAAAGCCATAACGGGtt > 1:2389352/1‑68 (MQ=255) ttttGATGTAAGTTTCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTTAGATCACATATAAAGCCATAACGGGtt > 1:1178725/1‑68 (MQ=255) 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1:1586402/60‑1 (MQ=255) gtTTCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTTAGATCACATATAAAGCCATAACGGGTTCGt < 1:2528455/60‑1 (MQ=255) gtTTCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTTAGATCACATATAAAGCCATAACGGGTTCGt < 1:1176714/60‑1 (MQ=255) gtTTCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTTAGATCACATATAAAGCCATAACGGGTTCGt < 1:1792096/60‑1 (MQ=255) gtTTCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTTAGATCACATATAAAGCCATAACGGGTTCGt < 1:724132/60‑1 (MQ=255) gtTTCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTTAGATCACATATAAAGCCATAACGGGTTCGt < 1:1812654/60‑1 (MQ=255) gtTTCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTTAGATCACATATAAAGCCATAACGGGTTCGt < 1:2800249/60‑1 (MQ=255) gtTTCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTTAGATCACATATAAAGCCATAACGGGTTCGt < 1:227857/60‑1 (MQ=255) gtTTCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTTAGATCACATATAAAGCCATAACGGGTTCGt < 1:1902818/60‑1 (MQ=255) gtTTCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTTAGATCACATATAAAGCCATAACGGGTTCGt < 1:2651202/60‑1 (MQ=255) gtTTCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTTAGATCACATATAAAGCCATAACGGGTTCGt < 1:695698/60‑1 (MQ=255) gtTTCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTTAGATCACATATAAAGCCATAACGGGTTCGt < 1:1175100/60‑1 (MQ=255) gtTTCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTTAGATCACATATAAAGCCATAACGGGTTCGt < 1:2555005/60‑1 (MQ=255) tttCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTTAGATCACATATAAAGCCATAACGGGTTCGt < 1:873215/59‑1 (MQ=255) tttCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTCAGATCACATATAAAGCCACAACGGGTTCGTAAACTGTTAt > 1:2396878/1‑69 (MQ=255) tttCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTCAGATCACATATAAAGCCACAACGGGTTCGTAAACTGTTAt > 1:1511335/1‑69 (MQ=255) tttCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTCAGATCACATATAAAGCCACAACGGGTTCGTAAACTGTTAt > 1:3248277/1‑69 (MQ=255) tttCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTCAGATCACATATAAAGCCACAACGGGTTCGTAAACTGTTAt > 1:3206310/1‑69 (MQ=255) tttCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTCAGATCACATATAAAGCCACAACGGGTTCGTAAACTGTTAt > 1:381339/1‑69 (MQ=255) tttCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTCAGATCACATATAAAGCCACAACGGGTTCGTAAACTGTTAt > 1:2053549/1‑69 (MQ=255) tttCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTCAGATCACATATAAAGCCACAACGGGTTCGTAAACTGTTAt > 1:1818321/1‑69 (MQ=255) tttCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTCAGATCACATATAAAGCCACAACGGGTTCGTAAACTGTTAt > 1:1948506/1‑69 (MQ=255) gcgTTGCATAATTAATGAGATTCAGATCACATATAAAGCCACaa > 1:444228/1‑44 (MQ=255) gcgTTGCATAATTAATGAGATTCAGATCACATATAAAGCCACAACGGGTTCGTAAACTGTTATCCCAt > 1:2312747/1‑68 (MQ=255) gcgTTGCATAATTAATGAGATTCAGATCACATATAAAGCCACAACGGGTTCGTAAACTGTTATCCCAt > 1:2163041/1‑68 (MQ=255) gcgTTGCATAATTAATGAGATTCAGATCACATATAAAGCCACAACGGGTTCGTAAACTGTTATCCCAt > 1:779426/1‑68 (MQ=255) gcgTTGCATAATTAATGAGATTCAGATCACATATAAAGCCACAACGGGTTCGTAAACTGTTATCCCAt > 1:780743/1‑68 (MQ=255) gcgTTGCATAATTAATGAGATTCAGATCACATATAAAGCCACAACGGGTTCGTAAACTGTTATCCCAt > 1:2792805/1‑68 (MQ=255) gcgTTGCATAATTAATGAGATTCAGATCACATATAAAGCCACAACGGGTTCGTAAACTGTTATCCCAt > 1:2633029/1‑68 (MQ=255) gcgTTGCATAATTAATGAGATTCAGATCACATATAAAGCCACAACGGGTTCGTAAACTGTTATCCCAt > 1:1345906/1‑68 (MQ=255) gcgTTGCATAATTAATGAGATTCAGATCACATATAAAGCCACAACGGGTTCGTAAACTGTTATCCCAt > 1:426750/1‑68 (MQ=255) gcgTTGCATAATTAATGAGATTCAGATCACATATAAAGCCACAACGGGTTCGTAAACTGTTATCACAt > 1:844568/1‑68 (MQ=255) gCATAATTAATGAGATTCAGATCACATATAAAGCCACAACGGGTTCGTAAACTGTTATCCCATTACATg > 1:2340138/1‑69 (MQ=255) gCATAATTAATGAGATTCAGATCACATATAAAGCCACAACGGGTTCGTAAACTGTTATCCCATTACATg > 1:1555568/1‑69 (MQ=255) attaatGAGATTCAGATCACATATAAAGCCACAACGGGTTCGTAAACTGt > 1:2982313/1‑50 (MQ=255) attaatGAGATTCAGATCACATATAAAGCCACAACGGGTTCGTAAACTGt > 1:462090/1‑50 (MQ=255) attaatGAGATTCAGATCACATATAAAGCCACAACGGGTTCGTAAACTGt < 1:348621/50‑1 (MQ=255) attaatGAGATTCAGATCACATATAAAGCCACAACGGGTTCGTAAACTGt > 1:1636589/1‑50 (MQ=255) attaatGAGATTCAGATCACATATAAAGCCACAACGGGTTCGTAAACTGt < 1:1649647/50‑1 (MQ=255) attaatGAGATTCAGATCACATATAAAGCCACAACGGGTTCGTAAACTGt > 1:2665537/1‑50 (MQ=255) attaatGAGATTCAGATCACATATAAAGCCACAACGGGTTCGTAAACTGTTATCCCATTACATGAtt > 1:1430739/1‑67 (MQ=255) attaatGAGATTCAGATCACATATAAAGCCACAACGGGTTCGTAAACTGTTATCCCATTACATGAtt > 1:1394948/1‑67 (MQ=255) attaatGAGATTCAGATCACATATAAAGCCACAACGGGTTCGTAAACTGTTATCCCATTACATGAtt > 1:1442551/1‑67 (MQ=255) attaatGAGATTCAGATCACATATAAAGCCACAACGGGTTCGTAAACTGTTATCCCATTACATGAtt > 1:2896737/1‑67 (MQ=255) attaatGAGATTCAGATCACATATAAAGCCACAACGGGTTCGTAAACTGTTATCCCATTACATGAtt > 1:2853463/1‑67 (MQ=255) attaatGAGATTCAGATCACATATAAAGCCACAACGGGTTCGTAAACTGTTATCCCATTACATGAtt > 1:2743122/1‑67 (MQ=255) attaatGAGATTCAGATAACATATAAAGCCACAACGGGttg > 1:2230846/1‑40 (MQ=39) tGAGATTCAGATCACATATAAAGCCACAACGGGTTCGTAAACTGTTATCCCATTACATGATTATGAGGc > 1:60293/1‑69 (MQ=255) aTTCAGATCACATATAAAGCCACAACGGGTTCGTAAACTGTTATCCCATTACATGATTATGAGGCAAc > 1:1968277/1‑68 (MQ=255) ttCAGATCACATATAAAGCCACAACGGGTTCGTAAACTGTTATCCCATTACATGATTATGAGGCAACGc < 1:2623834/69‑1 (MQ=255) tCAGATCACATATAAAGCCACAACGGGTTCGTAAACTGTTATCCCATTACATGATTATGAGGCAACGc < 1:3280372/68‑1 (MQ=255) | GGCTAAAATTTGCGATGCGTCGCGCATTTTTGATGTATGTTTCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTCAGATCACATATAAAGCCACAACGGGTTCGTAAACTGTTATCCCATTACATGATTATGAGGCAACGC > minE/1370738‑1370871 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |