| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,370,824 | C→T | 36.9% | intergenic (+81/‑49) | yohK → / → cdd | predicted inner membrane protein/cytidine/deoxycytidine deaminase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,370,824 | 0 | C | T | 36.9% | 89.9 / 82.8 | 135 | intergenic (+81/‑49) | yohK/cdd | predicted inner membrane protein/cytidine/deoxycytidine deaminase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (65/20); new base T (22/28); total (87/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.92e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
TTTTGATGTATGTTTCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTCAGATCACATATAAAGCCACAACGGGTTCGTAAACTGTTATCCCATTACATGATTATGAGGCAACGCCATGCATCCACGTTTTCA > minE/1370765‑1370889 | ttttGATGTAAGTTTCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTTAGATCACATATAAAGCCATAACGGGtt > 1:732606/1‑68 (MQ=255)ttttGATGTAAGTTTCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTTAGATCACATATAAAGCCATAACGGGtt > 1:3281149/1‑68 (MQ=255)ttttGATGTAAGTTTCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTTAGATCACATATAAAGCCATAACGGGtt > 1:3198090/1‑68 (MQ=255)ttttGATGTAAGTTTCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTTAGATCACATATAAAGCCATAACGGGtt > 1:3368058/1‑68 (MQ=255)ttttGATGTAAGTTTCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTTAGATCACATATAAAGCCATAACGGGtt > 1:307231/1‑68 (MQ=255)ttttGATGTAAGTTTCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTTAGATCACATATAAAGCCATAACGGGtt > 1:534698/1‑68 (MQ=255)ttttGATGTAAGTTTCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTTAGATCACATATAAAGCCATAACGGGtt > 1:620941/1‑68 (MQ=255)ttttGATGTAAGTTTCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTTAGATCACATATAAAGCCATAACGGGtt > 1:2884906/1‑68 (MQ=255)ttttGATGTAAGTTTCACGCGTTGCATAATTAATGAGATTTAGATCACATATAAAGCCATAACGGGtt > 1:2739555/1‑68 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |