| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,377,359 | T→A | 24.0% | I320I (ATA→ATT) | mglA ← | fused methyl‑galactoside transporter subunitsl and ATP‑binding components of ABC superfamily |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,377,359 | 0 | T | A | 24.0% | 217.9 / 67.9 | 133 | I320I (ATA→ATT) | mglA | fused methyl‑galactoside transporter subunitsl and ATP‑binding components of ABC superfamily |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (31/70); new base A (20/12); total (51/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.74e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
AGTGCAAATCCATGGTTTATGGCTTCGTTGGCATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTATGGTGCCAGCCGATTTCTCGCGAATACCAAATAACGTCTCAACAATATCGGTAC > minE/1377294‑1377414 | aGTTCAAATCCATGGTTTATGGCTTCGTTGGCATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTAt < 1:2759059/68‑1 (MQ=255)aGTTCAAATCCATGGTTTATGGCTTCGTTGGCATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGGGCAACGTTAt < 1:696588/68‑1 (MQ=255)aGTGCAAATCCATGGTTTATGGCTTCGTTGGCATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTAt < 1:461173/68‑1 (MQ=255)aGTGCAAATCCATGGTTTATGGCTTCGTTGGCATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTAt < 1:4121/68‑1 (MQ=255) tCCATGGTTTATGGCTTCGTTGGCATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTATGGTGCCAg > 1:1628577/1‑68 (MQ=255) tCCATGGTTTATGGCTTCGTTGGCATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTATGGTGCCAg > 1:212647/1‑68 (MQ=255) tCCATGGTTTATGGCTTCGTTGGCATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTATGGTGCCAg > 1:2387013/1‑68 (MQ=255) tCCATGGTTTATGGCTTCGTTGGCATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTATGGTGCCAg > 1:2473603/1‑68 (MQ=255) tCCATGGTTTATGGCTTCGTTGGCATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTATGGTGCCAg > 1:2475722/1‑68 (MQ=255) tCCATGGTTTATGGCTTCGTTGGCATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTATGGTGCCAg > 1:2681466/1‑68 (MQ=255) tCCATGGTTTATGGCTTCGTTGGCATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTATGGTGCCAg > 1:2909505/1‑68 (MQ=255) tCCATGGTTTATGGCTTCGTTGGCATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTATGGTGCCAg > 1:1639233/1‑68 (MQ=255) tCCATGGTTTATGGCTTCGTTGGCATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTATGGTGCCAg > 1:3209296/1‑68 (MQ=255) tCCATGGTTTATGGCTTCGTTGGCATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTATGGTGCCAg > 1:1599477/1‑68 (MQ=255) tCCATGGTTTATGGCTTCGTTGGCATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTATGGTGCCAg > 1:1213729/1‑68 (MQ=255) tCCATGGTTTATGGCTTCGTTGGCATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTATGGTGCCAg > 1:1482758/1‑68 (MQ=255) tCCATGGTTTATGGCTTCGTTGGCATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTATGGTGCCAg > 1:134290/1‑68 (MQ=255) tCCATGGTTTATGGCTTCGTTGGCATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTATGGTGCCAg > 1:138058/1‑68 (MQ=255) tCCATGATTTATGGCTTCGTTGGCATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTATGGTGCCAg > 1:148559/1‑68 (MQ=255) ccATGGTTTATGGCTTCGTTGGCATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTATGGTGCCAGcc > 1:292618/1‑69 (MQ=255) cATGGTTTATGGCTTCGTTGGCATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTAt < 1:664495/58‑1 (MQ=255) cATGGTTTATGGCTTCGTTGGCATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTAt < 1:2888966/58‑1 (MQ=255) cATGGTTTATGGCTTCGTTGGCATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTAt < 1:2858040/58‑1 (MQ=255) cATGGTTTATGGCTTCGTTGGCATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTAt < 1:2805578/58‑1 (MQ=255) cATGGTTTATGGCTTCGTTGGCATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTAt < 1:564899/58‑1 (MQ=255) cATGGTTTATGGCTTCGTTGGCATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTAt < 1:2686809/58‑1 (MQ=255) cATGGTTTATGGCTTCGTTGGCATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTAt < 1:1206760/58‑1 (MQ=255) cATGGTTTATGGCTTCGTTGGCATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTAt < 1:2648646/58‑1 (MQ=255) cATGGTTTATGGCTTCGTTGGCATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTAt < 1:876418/58‑1 (MQ=255) cATGGTTTATGGCTTCGTTGGCATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTAt < 1:890411/58‑1 (MQ=255) cATGGTTTATGGCTTCGTTGGCATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTAt < 1:3269425/58‑1 (MQ=255) cATGGTTTATGGCTTCGTTGGCATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTAt < 1:2205684/58‑1 (MQ=255) cATGGTTTATGGCTTCGTTGGCATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTAt < 1:2158423/58‑1 (MQ=255) cATGGTTTATGGCTTCGTTGGCATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTAt < 1:916565/58‑1 (MQ=255) cATGGTTTATGGCTTCGTTGGCATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTAt < 1:1358076/58‑1 (MQ=255) cATGGTTTATGGCTTCGTTGGCATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTAt < 1:1993789/58‑1 (MQ=255) cATGGTTTATGGCTTCGTTGGCATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTAt < 1:1977102/58‑1 (MQ=255) cATGGTTTATGGCTTCGTTGGCATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTATGGTGCCAGCCg < 1:1507494/69‑1 (MQ=255) cATGGTTTATGGCTTCGTTGGCATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTATGGTGCCAGCCg < 1:3417160/69‑1 (MQ=255) cATGGTTTATGGCTTCGTTGGCATTATGGTTATTGATCTGATTGCCGTGCAACGTTAt < 1:1579952/58‑1 (MQ=255) gCTTCGTTGGCATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTATGGTGCCAGCCGATTTCTcgcg < 1:2121281/68‑1 (MQ=255) gCTTCGTTGGCATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTATGGTGCCAGCCGATTTCTcgcg < 1:1327914/68‑1 (MQ=255) gCTTCGTTGGCATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTATGGTGCCAGCCGATTTCTcgcg < 1:3120626/68‑1 (MQ=255) gCTTCGTTGGCATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTATGGTGCCAGCCGATTTCTcgcg < 1:706507/68‑1 (MQ=255) gCTTCGTTGGCATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTATGGTGCCAGCCGATTTCTcgcg < 1:312953/68‑1 (MQ=255) gCTTCGTTGGCATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTATGGTGCCAGCCGATTTCTcgcg < 1:1960475/68‑1 (MQ=255) cATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTATGGTGCCAGCCGATTTCTCGCGAATACCAAAt < 1:1667096/68‑1 (MQ=255) cATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTATGGTGCCAGCCGATTTCTCGCGAATACCAAAt < 1:3224260/68‑1 (MQ=255) cATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTATGGTGCCAGCCGATTTCTCGCGAATACCAAAt < 1:1934616/68‑1 (MQ=255) cATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTATGGTGCCAGCCGATTTCTCGCGAATACCAAAt < 1:2515874/68‑1 (MQ=255) cATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTATGGTGCCAGCCGATTTCTCGCGAATACCAAAt < 1:1552452/68‑1 (MQ=255) cATTATGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTATGGTGCCAGCCGATTTCTCGCGAATACCAAAt < 1:2470263/68‑1 (MQ=255) 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ttATGGTTATTGATCTTTTTGCCGTGCAACGTAATGGTGCCAGCCGATTTCTcgcg > 1:207639/1‑56 (MQ=255) ttATGGTTATTGATCTTTTTGCCGTGCAACGTAATGGTGCCAGCCGATTTCTcgcg > 1:1846026/1‑56 (MQ=255) ttATGGTTATTGATCTTTTTGCCGTGCAACGTAATGGTGCCAGCCGATTTCTcgcg > 1:1864271/1‑56 (MQ=255) ttATGGTTATTGATCTTTTTGCCGTGCAACGTAATGGTGCCAGCCGATTTCTcgcg > 1:2759248/1‑56 (MQ=255) ttATGGTTATTGATCTTTTTGCCGTGCAACGTAATGGTGCCAGCCGATTTCCcgcg > 1:252191/1‑56 (MQ=255) aTGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTATGGTGCCAGCCGATTTCTCGCGAATACCAAATAACg > 1:3238979/1‑68 (MQ=255) aTGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTATGGTGCCAGCCGATTTCTCGCGAATACCAAATAACGt > 1:3430784/1‑69 (MQ=255) aTGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTATGGTGCCAGCCGATTTCTCGCGAATACCAAATAACGt > 1:1903944/1‑69 (MQ=255) aTGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTATGGTGCCAGCCGATTTCTCGCGAATACCAAATAACGt > 1:556991/1‑69 (MQ=255) aTGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTATGGTGCCAGCCGATTTCTCGCGAATACCAAATAACGt > 1:1393757/1‑69 (MQ=255) tGGTTATTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTATGGTGCCAGCCGATTTCTCGCGAATACCa > 1:3278004/1‑60 (MQ=255) 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aTTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTATGGTGCCAGCCGATTTCTCGCGAATACCAAATAACGTCTcaac < 1:2308644/69‑1 (MQ=255) aTTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTATGGTGCCAGCCGATTTCTCGCGAATACCAAATAACGTCTcaac < 1:1765130/69‑1 (MQ=255) aTTGATCTGTTTGCCGTGCAACGTTATGGTGCCAGCCGATTTCTCGCGAATACCAAATAACGTCTcaac < 1:2117837/69‑1 (MQ=255) aTTGATCTGATTGCCGTGCAACGTTATGGTGCCAGCCGATTTCTCGCGAATACCAAATAACGTCTcaac < 1:3022169/69‑1 (MQ=255) gATCTGTTTGCCGTGCAACGTTATGGTGCGAGCCGATTTCTCGCGAATACCAAATAACGTCTCAACAat < 1:1672283/69‑1 (MQ=255) gATCTGTTTGCCGTGCAACGTTATGGTGCCAGCCGATTTCTCGCGAATACCAAATAACGTCTCAACAat < 1:2410196/69‑1 (MQ=255) gATCTGTTTGCCGTGCAACGTTATGGTGCCAGCCGATTTCTCGCGAATACCAAATAACGTCTCAACAat < 1:504992/69‑1 (MQ=255) gATCTGTTTGCCGTGCAACGTTATGGTGCCAGCCGATTTCTCGCGAATACCAAATAACGTCTCAACAat < 1:1619681/69‑1 (MQ=255) gATCTGTTTGCCGTGCAACGTTATGGTGCCAGCCGATTTCTCGCGAATACCAAATAACGTCTCAACAat < 1:1450736/69‑1 (MQ=255) cTGTTTGCCGTGCAACGTTATGGTGCCAGCCGATTTCTCGCGAATACCAAATAACGTCTcaac < 1:3016235/63‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |