| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,379,801 | G→A | 43.8% | A299A (GCC→GCT) | galS ← | DNA‑binding transcriptional repressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,379,801 | 0 | G | A | 43.8% | 27.9 / 75.2 | 98 | A299A (GCC→GCT) | galS | DNA‑binding transcriptional repressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (34/21); new base A (19/24); total (53/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 | |||||||||||
GGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGG > minE/1379736‑1379864 | ggCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCt > 1:166649/1‑69 (MQ=255)ggCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCt > 1:1564010/1‑69 (MQ=255)ggCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCt > 1:331633/1‑69 (MQ=255) aTAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAAt > 1:1070802/1‑69 (MQ=255) aTAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAAt > 1:1967803/1‑69 (MQ=255) gTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCa > 1:1033389/1‑68 (MQ=255) ggcACGAGGATCAATATTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGc < 1:2566701/69‑1 (MQ=255) ggcACGAGGATCAATATTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGc < 1:1812043/69‑1 (MQ=255) aCGAGGATCAATATTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCa < 1:1193733/67‑1 (MQ=255) aCGAGGATCAATATTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCa < 1:3188584/67‑1 (MQ=255) aCGAGGATCAATATTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCa < 1:1460703/67‑1 (MQ=255) aCGAGGATCAATATTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCa < 1:3436447/67‑1 (MQ=255) aCGAGGATCAATATTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCa < 1:3342504/67‑1 (MQ=255) cAATATTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGc < 1:632578/49‑1 (MQ=255) cAATATTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGc < 1:1391320/49‑1 (MQ=255) cAATATTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGc < 1:612583/49‑1 (MQ=255) cAATATTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGc < 1:19570/49‑1 (MQ=255) cAATATTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGc < 1:1282555/49‑1 (MQ=255) cAATATTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGc < 1:1757992/49‑1 (MQ=255) cAATATTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGc < 1:1686482/49‑1 (MQ=255) cAATATTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATac > 1:1765112/1‑67 (MQ=255) cAATATTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATaa > 1:1644552/1‑68 (MQ=255) cAATATTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATaa > 1:2398700/1‑68 (MQ=255) cAATATTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATaa > 1:2444158/1‑68 (MQ=255) cAATATTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATaa > 1:746194/1‑68 (MQ=255) cAATATTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATaa > 1:147943/1‑68 (MQ=255) cAATATTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATaa > 1:2953001/1‑68 (MQ=255) cAATATTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATaa > 1:2949061/1‑68 (MQ=255) tatTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGc < 1:1348189/68‑1 (MQ=255) atTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGc < 1:1670665/54‑1 (MQ=255) ttGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTaa > 1:3198059/1‑38 (MQ=255) ttGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCAc > 1:575411/1‑68 (MQ=255) ttGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCAc > 1:3165783/1‑68 (MQ=255) ttGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACg > 1:1943992/1‑69 (MQ=255) ttGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACg > 1:1975283/1‑69 (MQ=255) ttGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACg > 1:1974673/1‑69 (MQ=255) ttGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACg > 1:289562/1‑69 (MQ=255) ttGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACg > 1:1406036/1‑69 (MQ=255) ttGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACg > 1:1891361/1‑69 (MQ=255) ttGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACg > 1:1548108/1‑69 (MQ=255) ttGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACg > 1:760125/1‑69 (MQ=255) ttGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACg > 1:1238899/1‑69 (MQ=255) ttGCCTGCTGACCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCAc > 1:201172/1‑68 (MQ=255) gcCCCCTGCAAGGCCATTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTa < 1:2158316/67‑1 (MQ=255) gcCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTaa > 1:1341567/1‑68 (MQ=255) gcCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTaa > 1:2288606/1‑68 (MQ=255) gcCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTa < 1:2665639/67‑1 (MQ=255) gcCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTa < 1:2195646/67‑1 (MQ=255) gcCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAAt > 1:1393299/1‑69 (MQ=255) gcCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAAt > 1:1832278/1‑69 (MQ=255) aaGGCCCGTTCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTc > 1:2531379/1‑68 (MQ=255) aaGGCCAGTTCGGTATCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCg > 1:1535117/1‑69 (MQ=255) aaGGCCAGTTCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTc > 1:1329937/1‑68 (MQ=255) aaGGCCAGTTCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCg > 1:920997/1‑69 (MQ=255) aaGGCCAGTTCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCg > 1:82464/1‑69 (MQ=255) aaGGCCAGTTCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCg > 1:780353/1‑69 (MQ=255) aaGGCCAGTTCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCg > 1:703671/1‑69 (MQ=255) aaGGCCAGTTCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCg > 1:615038/1‑69 (MQ=255) aaGGCCAGTTCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCg > 1:363843/1‑69 (MQ=255) aaGGCCAGTTCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCg > 1:3270262/1‑69 (MQ=255) aaGGCCAGTTCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCg > 1:1832616/1‑69 (MQ=255) aaGGCCAGTTCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCg > 1:3026678/1‑69 (MQ=255) aaGGCCAGTTCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCg > 1:2848737/1‑69 (MQ=255) aaGGCCAGTTCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCg > 1:2835510/1‑69 (MQ=255) aaGGCCAGTTCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCg > 1:2751359/1‑69 (MQ=255) aaGGCCAGTTCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCg > 1:2722864/1‑69 (MQ=255) aaGGCCAGTTCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCg > 1:2123461/1‑69 (MQ=255) aaGGCCAGTTCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCg > 1:2455011/1‑69 (MQ=255) aaGGCCAGTTCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCg > 1:2368005/1‑69 (MQ=255) aGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCgg > 1:795381/1‑69 (MQ=255) aGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCgg > 1:1538196/1‑69 (MQ=255) ggCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGgt < 1:1966254/69‑1 (MQ=255) ggCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGgt < 1:2203590/69‑1 (MQ=255) tCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACgg > 1:2403552/1‑69 (MQ=255) tCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAActg < 1:45921/69‑3 (MQ=255) tCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACgg < 1:1452384/69‑1 (MQ=255) tCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACgg < 1:2194588/69‑1 (MQ=255) tCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACgg < 1:2100845/69‑1 (MQ=255) tCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACgg < 1:2386183/69‑1 (MQ=255) tCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACgg < 1:64614/69‑1 (MQ=255) tCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACgg < 1:712995/69‑1 (MQ=255) tCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACgg < 1:1275493/69‑1 (MQ=255) tCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACgg < 1:2169222/69‑1 (MQ=255) tCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACgg < 1:825950/69‑1 (MQ=255) tCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACgg < 1:53083/69‑1 (MQ=255) tCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACgg < 1:464665/69‑1 (MQ=255) tCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACgg < 1:1532323/69‑1 (MQ=255) tCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACgg < 1:2084964/69‑1 (MQ=255) tCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACgg < 1:1604227/69‑1 (MQ=255) tCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACgg < 1:2462481/69‑1 (MQ=255) tCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACgg < 1:2066930/69‑1 (MQ=255) tCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACgg < 1:2063039/69‑1 (MQ=255) tCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACgg < 1:1903119/69‑1 (MQ=255) tCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACgg < 1:2865939/69‑1 (MQ=255) tCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACgg < 1:2742354/69‑1 (MQ=255) tCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTCCGGGTCGGTGTAACgg < 1:3284638/69‑1 (MQ=255) tCGGTAGCTAATTTAGACATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACgg < 1:1335911/69‑1 (MQ=255) cGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACgg < 1:1903848/68‑1 (MQ=255) | GGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGG > minE/1379736‑1379864 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |