| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,379,837 | G→A | 63.8% | T287T (ACC→ACT) | galS ← | DNA‑binding transcriptional repressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,379,837 | 0 | G | A | 63.8% | 62.0 / 62.7 | 102 | T287T (ACC→ACT) | galS | DNA‑binding transcriptional repressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (20/17); new base A (40/25); total (60/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.47e-01 | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
TTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCGATGATTGAGAG > minE/1379769‑1379899 | ttGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACg > 1:1974673/1‑69 (MQ=255)ttGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACg > 1:1238899/1‑69 (MQ=255)ttGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACg > 1:1943992/1‑69 (MQ=255)ttGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACg > 1:1975283/1‑69 (MQ=255)ttGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACg > 1:1891361/1‑69 (MQ=255)ttGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACg > 1:289562/1‑69 (MQ=255)ttGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACg > 1:1406036/1‑69 (MQ=255)ttGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACg > 1:1548108/1‑69 (MQ=255) gcCCCCTGCAAGGCCATTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTa < 1:2158316/67‑1 (MQ=255) gcCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTaa > 1:1341567/1‑68 (MQ=255) gcCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTaa > 1:2288606/1‑68 (MQ=255) gcCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTa < 1:2195646/67‑1 (MQ=255) gcCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTa < 1:2665639/67‑1 (MQ=255) gcCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAAt > 1:1832278/1‑69 (MQ=255) aaGGCCCGTTCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTc > 1:2531379/1‑68 (MQ=255) aaGGCCAGTTCGGTATCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCg > 1:1535117/1‑69 (MQ=255) aaGGCCAGTTCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTc > 1:1329937/1‑68 (MQ=255) aaGGCCAGTTCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCg > 1:920997/1‑69 (MQ=255) aaGGCCAGTTCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCg > 1:2722864/1‑69 (MQ=255) 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tCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACgg < 1:2386183/69‑1 (MQ=255) tCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACgg < 1:2063039/69‑1 (MQ=255) tCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACgg < 1:2084964/69‑1 (MQ=255) tCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACgg < 1:2100845/69‑1 (MQ=255) tCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACgg < 1:1903119/69‑1 (MQ=255) tCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACgg < 1:2169222/69‑1 (MQ=255) tCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACgg < 1:2194588/69‑1 (MQ=255) tCGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTCCGGGTCGGTGTAACgg < 1:3284638/69‑1 (MQ=255) tCGGTAGCTAATTTAGACATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACgg < 1:1335911/69‑1 (MQ=255) cGGTAGCTAATTTAGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACgg < 1:1903848/68‑1 (MQ=255) 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1:1595096/1‑59 (MQ=255) cATTGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATgg > 1:242694/1‑59 (MQ=255) tGAAGCAATGGGATAACGCACAGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACgg < 1:1860144/49‑1 (MQ=255) gAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGaaa > 1:676210/1‑69 (MQ=255) gAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGaaa > 1:950/1‑69 (MQ=255) gAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGaaa > 1:2733186/1‑69 (MQ=255) gAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGaaa > 1:1458252/1‑69 (MQ=255) gCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAAcc < 1:3334585/68‑1 (MQ=255) gCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAAcc < 1:1450325/68‑1 (MQ=255) aTGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCgatg < 1:371661/69‑1 (MQ=255) aTGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCgatg < 1:2040524/69‑1 (MQ=255) aCGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATgg > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |