| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,393,956 | A→G | 14.2% | G324G (GGT→GGC) | fruB ← | fused fructose‑specific PTS enzyme IIA component and HPr component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,393,956 | 0 | A | G | 14.2% | 195.4 / 16.9 | 111 | G324G (GGT→GGC) | fruB | fused fructose‑specific PTS enzyme IIA component and HPr component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/68); new base G (9/7); total (36/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.18e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.21e-01 | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
ACCTTTCTTAACGCCAAGTGCCACAACTTTCATCAGACTACGTCCGTTTGCCGGTTTGCCGGTACCATCAAGGTTTGTCACGGTAATATCACTGTTAAATTGTTTAATGGTATTGACCAGCATGGT > minE/1393893‑1394018 | aCCTTTCTTAACGCCAAGTGCCACAACTTTCATCAGACTACGTCCGTTTGCCGGTTTGCCGGTGCCATc < 1:2173976/69‑1 (MQ=255)aCCTTTCTTAACGCCAAGTGCCACAACTTTCATCAGACTACGTCCGTTTGCCGGTTTGCCGGTGCCATc < 1:2150981/69‑1 (MQ=255)aCCTTTCTTAACGCCAAGTGCCACAACTTTCATCAGACTACGTCCGTTTGCCGGTTTGCCGGTGCCATc < 1:1099189/69‑1 (MQ=255)aCCTTTCTTAACGCCAAGTGCCACAACTTTCATCAGACTACGTCCGTTTGCCGGTTTGCCGGTGCCATc < 1:3293314/69‑1 (MQ=255)aCCTTTCTTAACGCCAAGTGCCACAACTTTCATCAGACTACGTCCGTTTGCCGGTTTGCCGGTGCCATc < 1:1008495/69‑1 (MQ=255)aCCTTTCTTAACGCCAAGTGCCACAACTTTCATCAGACTACGTCCGTTTGCCGGTTTGCCGGTACCa > 1:2856045/1‑67 (MQ=255)aCCTTTCTTAACGCCAAGTGCCACAACTTTCATCAGACTACGTCCGTTTGCCGGTTTGCCGGTACCa > 1:232483/1‑67 (MQ=255)aCCTTTCTTAACGCCAAGTGCCACAACTTTCATCAGACTACGTCCGTTTGCCGGTTTGCCGGTACCa > 1:2616389/1‑67 (MQ=255)aCCTTTCTTAACGCCAAGTGCCACAACTTTCATCAGACTACGTCCGTTTGCCGGTTTGCCGGTACCa > 1:2007292/1‑67 (MQ=255)aCCTTTCTTAACGCCAAGTGCCACAACTTTCATCAGACTACGTCCGTTTGCCGGTTTGCCGGTACCa > 1:391655/1‑67 (MQ=255)aCCTTTCTTAACGCCAAGTGCCACAACTTTCATCAGACTACGTCCGTTTGCCGGTTTGCCGGTACCa > 1:87138/1‑67 (MQ=255)aCCTTTCTTAACGCCAAGTGCCACAACTTTCATCAGACTACGTCCGTTTGCCGGTTTGCCGGTACCa > 1:2930128/1‑67 (MQ=255)aCCTTTCTTAACGCCAAGTGCCACAACTTTCATCAGACTACGTCCGTTTGCCGGTTTGCCGGTACCa > 1:1265400/1‑67 (MQ=255)aCCTTTCTTAACGCCAAGTGCCACAACTTTCATCAGACTACGTCCGTTTGCCGGTTTGCCGGTACCa > 1:3114738/1‑67 (MQ=255)aCCTTTCTTAACGCCAAGTGCCACAACTTTCATCAGACTACGTCCGTTTGCCGGTTTGCCGGTACCa > 1:1187653/1‑67 (MQ=255) ccTTTCTTAACGCCAAGTGCCACAACTTTCATCAGACTACGTCCGTTTGCCGGTTTGCCGGTGCCATc < 1:1364979/68‑1 (MQ=255) tGCCACAACTTTCATCAGACTACGTCCGTTTGCCGGTTTGCCGGTGCCATCAAGGTTTGTCACGGTaa > 1:3146331/1‑68 (MQ=255) tGCCACAACTTTCATCAGACTACGTCCGTTTGCCGGTTTGCCGGTGCCATCAAGGTTTGTCACGGTaa > 1:1698639/1‑68 (MQ=255) tGCCACAACTTTCATCAGACTACGTCCGTTTGCCGGTTTGCCGGTGCCATCAAGGTTTGTCACGGTa > 1:3213773/1‑67 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |