| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,408,544 | T→C | 43.5% | P271P (CCT→CCC) | yejF → | fused predicted oligopeptide transporter subunits and ATP‑binding components of ABC superfamily |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,408,544 | 0 | T | C | 43.5% | 15.3 / 53.1 | 69 | P271P (CCT→CCC) | yejF | fused predicted oligopeptide transporter subunits and ATP‑binding components of ABC superfamily |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (12/27); new base C (14/16); total (26/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.79e-01 | |||||||||||
CTTACACACAAAAGCTACTCAACAGTGAACCGTCAGGCGATCCAGTGCCGTTGCCAGAACCTGCCTCAACGTTGCTGGATGTTGAACAGCTTCAGGTTGCCTTCCCCATTCGCAAAGGGAT > minE/1408483‑1408603 | cTTACACACAAAAGCTACTCAACAGTGAACCGTCAGGCGATCCAGTGCCGTTGCCAGAACCTGCCTCaa > 1:2867504/1‑69 (MQ=255)cTTACACACAAAAGCTACTCAACAGTGAACCGTCAGGCGATCCAGTGCCGTTGCCAGAACCTGCCTCaa > 1:686253/1‑69 (MQ=255)cTTACACACAAAAGCTACTCAACAGTGAACCGTCAGGCGATCCAGTGCCGTTGCCAGAACCTGCCTCaa > 1:682365/1‑69 (MQ=255)cTTACACACAAAAGCTACTCAACAGTGAACCGTCAGGCGATCCAGTGCCGTTGCCAGAACCTGCCTCaa > 1:3338646/1‑69 (MQ=255)cTTACACACAAAAGCTACTCAACAGTGAACCGTCAGGCGATCCAGTGCCGTTGCCAGAACCTGCCTCaa > 1:170363/1‑69 (MQ=255)cTTACACACAAAAGCTACTCAACAGTGAACCGTCAGGCGATCCAGTGCCGTTGCCAGAACCTGCCTCaa > 1:1769735/1‑69 (MQ=255) tACTCAACAGTGAACCGTCAGGCGATCCAGTGCCGTTGCCAGAACCTGCCTTAACGTTGCTGGATGTTg < 1:3023576/69‑1 (MQ=255) tACTCAACAGTGAACCGTCAGGCGATCCAGTGCCGTTGCCAGAACCTGCCTCAACGTTGCTGGATGTTg < 1:2791023/69‑1 (MQ=255) tACTCAACAGTGAACCGTCAGGCGATCCAGTGCCGTTGCCAGAACCTGCCTCAACGTTGCTGGATGTTg < 1:2933077/69‑1 (MQ=255) tACTCAACAGTGAACCGTCAGGCGATCCAGTGCCGTTGCCAGAACCTGCCTCAACGTTGCTGGATGTTg < 1:3130351/69‑1 (MQ=255) tACTCAACAGTGAACCGTCAGGCGATCCAGTGCCGTTGCCAGAACCTGCCTCAACGTTGCTGGATGTTg < 1:3207870/69‑1 (MQ=255) tACTCAACAGTGAACCGTCAGGCGATCCAGTGCCGTTGCCAGAACCTGCCTCAACGTTGCTGGATGTTg < 1:2110158/69‑1 (MQ=255) tACTCAACAGTGAACCGTCAGGCGATCCAGTGCCGTTGCCAGAACCTGCCTCAACGTTGCTGGATGTTg < 1:1893609/69‑1 (MQ=255) tACTCAACAGTGAACCGTCAGGCGATCCAGTGCCGTTGCCAGAACCTGCCTCAACGTTGCTGGATGTTg < 1:1739016/69‑1 (MQ=255) tACTCAACAGTGAACCGTCAGGCGATCCAGTGCCGTTGCCAGAACCTGCCTCAACGTTGCTGGATGTTg < 1:1720089/69‑1 (MQ=255) tACTCAACAGTGAACCGTCAGGCGATCCAGTGCCGTTGCCAGAACCTGCCTCAACGTTGCTGGATGTTg < 1:152035/69‑1 (MQ=255) tACTCAACAGTGAACCGTCAGGCGATCCAGTGCCGTTGCCAGAACCTGCCTCAACGTTGCTGGATGTTg < 1:1308846/69‑1 (MQ=255) tACTCAACAGTGAACCGTCAGGCGATCCAGTGCCGTTGCCAGAACCTGCCTCAACGTTGCTGGATGTTg < 1:519928/69‑1 (MQ=255) tACTCAACAGTGAACCGTCAGGCGATCCAGTGCCGTTGCCAGAACCTGCCTCAACGTTGCTGGATGTTg < 1:1249627/69‑1 (MQ=255) aCTCAACAGTGAACCATCTGGCGACCCGGTGCCATTGCCAGAACCCGCCTCAACGTTGCTAGATGTTGa < 1:3405314/69‑1 (MQ=255) aCTCAACAGTGAACCATCTGGCGACCCGGTGCCATTGCCAGAACCCGCCTCAACGTTGCTAGATGTTGa < 1:335550/69‑1 (MQ=255) aCTCAACAGTGAACCATCTGGCGACCCGGTGCCATTGCCAGAACCCGCCTCAACGTTGCTAGATGTTGa < 1:3350410/69‑1 (MQ=255) aCTCAACAGTGAACCATCTGGCGACCCGGTGCCATTGCCAGAACCCGCCTCAACGTTGCTAGATGTTGa < 1:3348959/69‑1 (MQ=255) aCTCAACAGTGAACCATCTGGCGACCCGGTGCCATTGCCAGAACCCGCCTCAACGTTGCTAGATGTTGa < 1:395955/69‑1 (MQ=255) aCTCAACAGTGAACCATCTGGCGACCCGGTGCCATTGCCAGAACCCGCCTCAACGTTGCTAGATGTTGa < 1:3293252/69‑1 (MQ=255) aCTCAACAGTGAACCATCTGGCGACCCGGTGCCATTGCCAGAACCCGCCTCAACGTTGCTAGATGTTGa < 1:460882/69‑1 (MQ=255) aCTCAACAGTGAACCATCTGGCGACCCGGTGCCATTGCCAGAACCCGCCTCAACGTTGCTAGATGTTGa < 1:3140664/69‑1 (MQ=255) aCTCAACAGTGAACCATCTGGCGACCCGGTGCCATTGCCAGAACCCGCCTCAACGTTGCTAGATGTTGa < 1:918743/69‑1 (MQ=255) aCTCAACAGTGAACCATCTGGCGACCCGGTGCCATTGCCAGAACCCGCCTCAACGTTGCTAGATGTTGa < 1:2731508/69‑1 (MQ=255) aCTCAACAGTGAACCATCTGGCGACCCGGTGCCATTGCCAGAACCCGCCTCAACGTTGCTAGATGTTGa < 1:1378990/69‑1 (MQ=255) aCTCAACAGTGAACCATCTGGCGACCCGGTGCCATTGCCAGAACCCGCCTCAACGTTGCTAGATGTTGa < 1:2491926/69‑1 (MQ=255) cTCAACAGTGAACCATCTGGCGACCCGGTGCCATTGCCAGAACCCGCCTCAACGTTGCTAGATGTTGa < 1:494897/68‑1 (MQ=255) cTCAACAGTGAACCATCTGGCGACCCGGTGCCATTGCCAGAACCCGCCTCAACGTTGCTAGATGTTGa < 1:2800901/68‑1 (MQ=255) cTCAACAGTGAACCATCTGGCGACCCGGTGCCATTGCCAGAACCCGCCTCAACGTTGCTAGATGTTGa < 1:1872699/68‑1 (MQ=255) cTCAACAGTGAACCATCTGGCGACCCGGTGCCATTGCCAGAACCCGCCTCAACGTTGCTAGATGTTGa < 1:2955465/68‑1 (MQ=255) cAGTGAACCATCTGGCGACCCGGTGCCATTGCCAGAACCCGCCTCAACGTTGCTAGATTTTGAACAGc > 1:2548203/1‑68 (MQ=255) cAGTGAACCATCTGGCGACCCGGTGCCATTGCCAGAACCCGCCTCAACGTTGCTAGATGTTGAACAGc > 1:2577156/1‑68 (MQ=255) cAGTGAACCATCTGGCGACCCGGTGCCATTGCCAGAACCCGCCTCAACGTTGCTAGATGTTGAACAGc > 1:1088672/1‑68 (MQ=255) cAGTGAACCATCTGGCGACCCGGTGCCATTGCCAGAACCCGCCTCAACGTTGCTAGATGTTGAACAGc > 1:833307/1‑68 (MQ=255) cAGTGAACCATCTGGCGACCCGGTGCCATTGCCAGAACCCGCCTCAACGTTGCTAGATGTTGAACAGc > 1:535454/1‑68 (MQ=255) cAGTGAACCATCTGGCGACCCGGTGCCATTGCCAGAACCCGCCTCAACGTTGCTAGATGTTGAACAGc > 1:446865/1‑68 (MQ=255) cAGTGAACCATCTGGCGACCCGGTGCCATTGCCAGAACCCGCCTCAACGTTGCTAGATGTTGAACAGc > 1:3148283/1‑68 (MQ=255) cAGTGAACCATCTGGCGACCCGGTGCCATTGCCAGAACCCGCCTCAACGTTGCTAGATGTTGAACAGc > 1:2226866/1‑68 (MQ=255) cAGTGAACCATCTGGCGACCCGGTGCCATTGCCAGAACCCGCCTCAACGTTGCTAGATGTTGAACAGc > 1:3126153/1‑68 (MQ=255) cAGTGAACCATCTGGCGACCCGGTGCCATTGCCAGAACCCGCCTCAACGTTGCTAGATGTTGAACAGc > 1:3034219/1‑68 (MQ=255) cAGTGAACCATCTGGCGACCCGGTGCCATTGCCAGAACCCGCCTCAACGTTGCTAGATGTTGAACAGc > 1:2305741/1‑68 (MQ=255) cAGTGAACCATCTGGCGACCCGGTGCCATTGCCAGAACCCGCCTCAACGTTGCTAGATGTTGAACAGc > 1:2906270/1‑68 (MQ=255) cAGTGAACCATCTGGCGACCCGGTGCCATTGCCAGAACCCGCCTCAACGTTGCTAGATGTTGAACAGc > 1:2759635/1‑68 (MQ=255) cAGTGAACCATCTGGCGACCCGGTGCCATTGCCAGAACCCGCCTCAACGTTGCCAGATGTTGAACAGc > 1:1125806/1‑68 (MQ=255) aGTGAACCGTCAGGCGATCCAGTGCCGTTGCCAGAACCTGCCTCAACGTTGCTGGATGTTGAACAGc > 1:1671635/1‑67 (MQ=255) gAACCGTCAGGCGATCCAGTGCCGTTGCCAGAACCTGCCTCAACGTTGCTGGATGTTGAACAGCTTCAg > 1:3171000/1‑69 (MQ=255) ccAGTGCCGTTGGCAGAACCTGCCTCAACGTTGCTGGATGTTGAACAGCTTCAGGTTGCCTTCCCCAtt < 1:2125586/69‑1 (MQ=255) ccAGTGCCGTTGCCAGAACCTGCCTCAACGTTGCTGGATGTTGAACAGCTTCAGGTTGCCTTCCCCAtt < 1:2290675/69‑1 (MQ=255) ccAGTGCCGTTGCCAGAACCTGCCTCAACGTTGCTGGATGTTGAACAGCTTCAGGTTGCCTTCCCCAtt < 1:2630966/69‑1 (MQ=255) ccAGTGCCGTTGCCAGAACCTGCCTCAACGTTGCTGGATGTTGAACAGCTTCAGGTTGCCTTCCCCAtt < 1:1208985/69‑1 (MQ=255) ccAGTGCCGTTGCCAGAACCTGCCTCAACGTTGCTGGATGTTGAACAGCTTCAGGTTGCCTTCCCCAtt < 1:1002156/69‑1 (MQ=255) ccAGTGCCGTTGCCAGAACCTGCCTCAACGTTGCTGGATGTTGAACAGCTTCAGGTTGCCTTCCCCAtt < 1:1729434/69‑1 (MQ=255) ccAGTGCCGTTGCCAGAACCTGCCTCAACGTTGCTGGATGTTGAACAGCTTCAGGTTGCCTTCCCCAtt < 1:1915034/69‑1 (MQ=255) ccAGTGCCGTTGCCAGAACCTGCCTCAACGTTGCTGGATGTTGAACAGCTTCAGGTTGCCTTCCCCAtt < 1:1992007/69‑1 (MQ=255) ccAGTGCCGTTGCCAGAACCTGCCTCAACGTTGCTGGATGTTGAACAGCTTCAGGTTGCCTTCCCCAtt < 1:2372658/69‑1 (MQ=255) ccAGTGCCGGTGCCAGAACCTGCCTCAACGTTGCTGGATGTTGAACAGCTTCAGGTTGCCTTCCCCAtt < 1:443479/69‑1 (MQ=255) tGCCAGAACCTGCCTCAACGTTGCTGGATGTTGATCAGCTTCAGGTTGCCTTCCCCATTCGCAAAGGGa < 1:1846895/69‑1 (MQ=255) tGCCAGAACCTGCCTCAACGTTGCTGGATGTTGAACAGCTTCAGGTTGCCTTCCCCATTCGCAAAGGGa < 1:2658829/69‑1 (MQ=255) gCCAGAACCTGCCTCAACGTTGCTGGATGTTGAACAGCTTCAGGTTGCCTTCCCCATTCGCAAAGGGa < 1:1820800/68‑1 (MQ=255) gCCAGAACCTGCCTCAACGTTGCTGGATGTTGAACAGCTTCAGGTTGCCTTCCCCATTCGCAAAGGGAt > 1:2379189/1‑69 (MQ=255) gCCAGAACCTGCCTCAACGTTGCTGGATGTTGAACAGCTTCAGGTTGCCTTCCCCATTCGCAAAGGGAt > 1:1259380/1‑69 (MQ=255) gCCAGAACCTGCCTCAACGTTGCTGGATGTTGAACAGCTTCAGGTTGCCTTCCCCATTCGCAAAGGGAt > 1:667270/1‑69 (MQ=255) gCCAGAACCTGCCTCAACGTTGCTGGATGTTGAACAGCTTCAGGTTGCCTTCCCCATTCGCAAAGGGAt > 1:2577722/1‑69 (MQ=255) aGAACCTGCCTCAACGTTGCTGGATGTTGAACAGCTTCAGGTTGCCTTCCCCAtt < 1:84778/55‑1 (MQ=255) | CTTACACACAAAAGCTACTCAACAGTGAACCGTCAGGCGATCCAGTGCCGTTGCCAGAACCTGCCTCAACGTTGCTGGATGTTGAACAGCTTCAGGTTGCCTTCCCCATTCGCAAAGGGAT > minE/1408483‑1408603 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |