| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,044 | C→T | 42.1% | D236D (GAC→GAT) | thrA → | fused aspartokinase I and homoserine dehydrogenase I |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,044 | 0 | C | T | 42.1% | 22.2 / 45.0 | 64 | D236D (GAC→GAT) | thrA | fused aspartokinase I and homoserine dehydrogenase I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/35); new base T (7/20); total (9/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.91e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.08e-01 | |||||||||||
GTTTACGCGCCGATTGTTGCGAGATTTGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTACCAGGAAGCGATGGAGCTT > minE/986‑1107 | gTTTACGCGCCGATTGTTGCGAGATTTGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAgg < 1:1264738/69‑1 (MQ=255) tttACGCGCCGATTGTTGCGAGATTTGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAgg < 1:2673011/68‑1 (MQ=255) gcgcCGATTGTTGCGAGATTTGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAgg < 1:1865851/63‑1 (MQ=255) gcgcCGATTGTTGCGAGATTTGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGccc < 1:3057350/68‑1 (MQ=255) gCGAGATTTGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGgttg > 1:1388516/1‑68 (MQ=255) gaTTTGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAgg < 1:272703/47‑1 (MQ=255) ttGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCTAGGTTGTTGAAGTc < 1:766483/69‑1 (MQ=255) ttGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTc < 1:530252/69‑1 (MQ=255) ttGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTc < 1:2950484/69‑1 (MQ=255) ttGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTc < 1:1413540/69‑1 (MQ=255) tGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTc < 1:944619/68‑1 (MQ=255) cgTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTa < 1:1422874/69‑1 (MQ=255) cgTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTa < 1:1465456/69‑1 (MQ=255) cgTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTa < 1:2124964/69‑1 (MQ=255) cgTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTa < 1:2409305/69‑1 (MQ=255) cgTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTa < 1:921326/69‑1 (MQ=255) cgTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTa < 1:1643265/69‑1 (MQ=255) cgTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTa < 1:1699689/69‑1 (MQ=255) cgTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAACTCGATGTCCTa < 1:1322884/69‑1 (MQ=255) tGACGGTGTTTATACCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTatg > 1:962046/1‑66 (MQ=255) tGACGGTGTTTATACCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTatc > 1:501252/1‑66 (MQ=255) tGACGGTGTTTATACCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTatc > 1:1626021/1‑66 (MQ=255) tGACGGTGTTTATACCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTatc > 1:896189/1‑66 (MQ=255) tGACGGTGTTTATACCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTatc > 1:1505584/1‑66 (MQ=255) tGACGGTGTTTATACCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTatc > 1:2403019/1‑66 (MQ=255) tGACGGTGTTTATACCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTatc > 1:2603686/1‑66 (MQ=255) gTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCTATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTACCAGGAAGCg > 1:133484/1‑69 (MQ=255) tataCCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTATCAGGAAGCGATg < 1:738989/69‑1 (MQ=255) tataCCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTATCAGGAAGCGATg < 1:3289432/69‑1 (MQ=255) tataCCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTATCAGGAAGCGATg < 1:3040499/69‑1 (MQ=255) tataCCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTATCAGGAAGCGATg < 1:2980159/69‑1 (MQ=255) tataCCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTATCAGGAAGCGATg < 1:899812/69‑1 (MQ=255) tataCCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTATCAGGAAGCGATg < 1:906340/69‑1 (MQ=255) tataCCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTATCAGGAAGCGATg < 1:2453672/69‑1 (MQ=255) tataCCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTATCAGGAAGCGATg < 1:1208407/69‑1 (MQ=255) tataCCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTATCAGGAAGCGATg < 1:1678416/69‑1 (MQ=255) tataCCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTATCAGGAAGCGATg < 1:1560139/69‑1 (MQ=255) tataCCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTATCAGGAAGCGATg < 1:1681588/69‑1 (MQ=255) tataCCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTATCAGGAAGCGATg < 1:1559044/69‑1 (MQ=255) tataCCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTATCAGGAAGCGATg < 1:1807004/69‑1 (MQ=255) tataCCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTATCAGGAAGCGATg < 1:1868696/69‑1 (MQ=255) tataCCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTATCAGGAAGCGATg < 1:1275948/69‑1 (MQ=255) tataCCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTATCAGGAAGCGATg < 1:1224706/69‑1 (MQ=255) tataCCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTATCAGGAAGCGATg < 1:2265044/69‑1 (MQ=255) tataCCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTATCAGGAAGCGATg < 1:1217391/69‑1 (MQ=255) tataCCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTATCAGGAAGCGATg < 1:2333487/69‑1 (MQ=255) tataCCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATCCGAGGTTTTTGAAGTCGATGTCCTATCAGGAAGCGATg < 1:83384/69‑1 (MQ=255) ccTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTcc < 1:1541003/50‑1 (MQ=255) ccTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTcc < 1:870873/50‑1 (MQ=255) ccTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTcc < 1:957293/50‑1 (MQ=255) ccTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTcc < 1:596842/50‑1 (MQ=255) ccTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTcc < 1:647978/50‑1 (MQ=255) ccTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTcc < 1:2513530/50‑1 (MQ=255) ccTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTcc < 1:1683697/50‑1 (MQ=255) ccTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTcc < 1:397998/50‑1 (MQ=255) ccTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTcc < 1:1931815/50‑1 (MQ=255) ccTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTcc < 1:2808503/50‑1 (MQ=255) ccTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTcc < 1:2797586/50‑1 (MQ=255) ccTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTcc < 1:1147635/50‑1 (MQ=255) ccTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTACCAGGAAGCGATGGAg < 1:934871/68‑1 (MQ=255) ccTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTACCAGGAAGCGATGGAGc < 1:2038175/69‑1 (MQ=255) ccTGCGACCCGCGGCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTACCAGGAAGCGATGGAg < 1:2951214/68‑1 (MQ=255) tGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTACCAGGAAGCGATGGAGCtt < 1:3405987/69‑1 (MQ=255) tGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTACCAGGAAGCGATGGAGCt < 1:808058/68‑1 (MQ=255) | GTTTACGCGCCGATTGTTGCGAGATTTGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTACCAGGAAGCGATGGAGCTT > minE/986‑1107 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |