Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA minE 1,044 C→T 42.1% D236D (GAC→GAT thrA → fused aspartokinase I and homoserine dehydrogenase I

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE1,0440CT42.1% 22.2 / 45.0 64D236D (GAC→GATthrAfused aspartokinase I and homoserine dehydrogenase I
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (2/35);  new base T (7/20);  total (9/55)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.91e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.08e-01

GTTTACGCGCCGATTGTTGCGAGATTTGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTACCAGGAAGCGATGGAGCTT  >  minE/986‑1107
                                                          |                                                               
gTTTACGCGCCGATTGTTGCGAGATTTGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAgg                                                       <  1:1264738/69‑1 (MQ=255)
 tttACGCGCCGATTGTTGCGAGATTTGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAgg                                                       <  1:2673011/68‑1 (MQ=255)
      gcgcCGATTGTTGCGAGATTTGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAgg                                                       <  1:1865851/63‑1 (MQ=255)
      gcgcCGATTGTTGCGAGATTTGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGccc                                                  <  1:3057350/68‑1 (MQ=255)
                  gCGAGATTTGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGgttg                                      >  1:1388516/1‑68 (MQ=255)
                      gaTTTGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAgg                                                       <  1:272703/47‑1 (MQ=255)
                         ttGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCTAGGTTGTTGAAGTc                              <  1:766483/69‑1 (MQ=255)
                         ttGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTc                              <  1:530252/69‑1 (MQ=255)
                         ttGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTc                              <  1:2950484/69‑1 (MQ=255)
                         ttGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTc                              <  1:1413540/69‑1 (MQ=255)
                          tGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTc                              <  1:944619/68‑1 (MQ=255)
                                  cgTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTa                     <  1:1422874/69‑1 (MQ=255)
                                  cgTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTa                     <  1:1465456/69‑1 (MQ=255)
                                  cgTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTa                     <  1:2124964/69‑1 (MQ=255)
                                  cgTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTa                     <  1:2409305/69‑1 (MQ=255)
                                  cgTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTa                     <  1:921326/69‑1 (MQ=255)
                                  cgTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTa                     <  1:1643265/69‑1 (MQ=255)
                                  cgTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTa                     <  1:1699689/69‑1 (MQ=255)
                                  cgTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAACTCGATGTCCTa                     <  1:1322884/69‑1 (MQ=255)
                                     tGACGGTGTTTATACCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTatg                   >  1:962046/1‑66 (MQ=255)
                                     tGACGGTGTTTATACCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTatc                   >  1:501252/1‑66 (MQ=255)
                                     tGACGGTGTTTATACCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTatc                   >  1:1626021/1‑66 (MQ=255)
                                     tGACGGTGTTTATACCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTatc                   >  1:896189/1‑66 (MQ=255)
                                     tGACGGTGTTTATACCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTatc                   >  1:1505584/1‑66 (MQ=255)
                                     tGACGGTGTTTATACCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTatc                   >  1:2403019/1‑66 (MQ=255)
                                     tGACGGTGTTTATACCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTatc                   >  1:2603686/1‑66 (MQ=255)
                                            gTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCTATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTACCAGGAAGCg           >  1:133484/1‑69 (MQ=255)
                                               tataCCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTATCAGGAAGCGATg        <  1:738989/69‑1 (MQ=255)
                                               tataCCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTATCAGGAAGCGATg        <  1:3289432/69‑1 (MQ=255)
                                               tataCCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTATCAGGAAGCGATg        <  1:3040499/69‑1 (MQ=255)
                                               tataCCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTATCAGGAAGCGATg        <  1:2980159/69‑1 (MQ=255)
                                               tataCCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTATCAGGAAGCGATg        <  1:899812/69‑1 (MQ=255)
                                               tataCCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTATCAGGAAGCGATg        <  1:906340/69‑1 (MQ=255)
                                               tataCCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTATCAGGAAGCGATg        <  1:2453672/69‑1 (MQ=255)
                                               tataCCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTATCAGGAAGCGATg        <  1:1208407/69‑1 (MQ=255)
                                               tataCCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTATCAGGAAGCGATg        <  1:1678416/69‑1 (MQ=255)
                                               tataCCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTATCAGGAAGCGATg        <  1:1560139/69‑1 (MQ=255)
                                               tataCCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTATCAGGAAGCGATg        <  1:1681588/69‑1 (MQ=255)
                                               tataCCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTATCAGGAAGCGATg        <  1:1559044/69‑1 (MQ=255)
                                               tataCCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTATCAGGAAGCGATg        <  1:1807004/69‑1 (MQ=255)
                                               tataCCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTATCAGGAAGCGATg        <  1:1868696/69‑1 (MQ=255)
                                               tataCCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTATCAGGAAGCGATg        <  1:1275948/69‑1 (MQ=255)
                                               tataCCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTATCAGGAAGCGATg        <  1:1224706/69‑1 (MQ=255)
                                               tataCCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTATCAGGAAGCGATg        <  1:2265044/69‑1 (MQ=255)
                                               tataCCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTATCAGGAAGCGATg        <  1:1217391/69‑1 (MQ=255)
                                               tataCCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTATCAGGAAGCGATg        <  1:2333487/69‑1 (MQ=255)
                                               tataCCTGCGATCCGCGTCAGGTGCCCGATCCGAGGTTTTTGAAGTCGATGTCCTATCAGGAAGCGATg        <  1:83384/69‑1 (MQ=255)
                                                   ccTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTcc                       <  1:1541003/50‑1 (MQ=255)
                                                   ccTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTcc                       <  1:870873/50‑1 (MQ=255)
                                                   ccTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTcc                       <  1:957293/50‑1 (MQ=255)
                                                   ccTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTcc                       <  1:596842/50‑1 (MQ=255)
                                                   ccTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTcc                       <  1:647978/50‑1 (MQ=255)
                                                   ccTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTcc                       <  1:2513530/50‑1 (MQ=255)
                                                   ccTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTcc                       <  1:1683697/50‑1 (MQ=255)
                                                   ccTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTcc                       <  1:397998/50‑1 (MQ=255)
                                                   ccTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTcc                       <  1:1931815/50‑1 (MQ=255)
                                                   ccTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTcc                       <  1:2808503/50‑1 (MQ=255)
                                                   ccTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTcc                       <  1:2797586/50‑1 (MQ=255)
                                                   ccTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTcc                       <  1:1147635/50‑1 (MQ=255)
                                                   ccTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTACCAGGAAGCGATGGAg     <  1:934871/68‑1 (MQ=255)
                                                   ccTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTACCAGGAAGCGATGGAGc    <  1:2038175/69‑1 (MQ=255)
                                                   ccTGCGACCCGCGGCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTACCAGGAAGCGATGGAg     <  1:2951214/68‑1 (MQ=255)
                                                     tGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTACCAGGAAGCGATGGAGCtt  <  1:3405987/69‑1 (MQ=255)
                                                     tGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTACCAGGAAGCGATGGAGCt   <  1:808058/68‑1 (MQ=255)
                                                          |                                                               
GTTTACGCGCCGATTGTTGCGAGATTTGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTACCAGGAAGCGATGGAGCTT  >  minE/986‑1107

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: