| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,426,028 | A→G | 44.9% | N81N (AAT→AAC) | napB ← | nitrate reductase, small, cytochrome C550 subunit, periplasmic |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,426,028 | 0 | A | G | 44.9% | 10.9 / 63.9 | 78 | N81N (AAT→AAC) | napB | nitrate reductase, small, cytochrome C550 subunit, periplasmic |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (22/21); new base G (21/14); total (43/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TAGGACTGATACGCGGCGCGCCAGTGGTGCGATAGCTTTCGACACCGTGGCACTGCAAGCAGCGATTGGTATTGGTCGTTACCTGATAACCTTCAACGCTATGCGGGATCATTGGCGGCTGATTCACAT > minE/1425964‑1426092 | tAGGACTGATACGCGGCGCGCCAGTGGTGCGATAGCTTTCGACACCGTGGCACTGCAAGCAGCGattgg < 1:2181600/69‑1 (MQ=255)tAGGACTGATACGCGGCGCGCCAGTGGTGCGATAGCTTTCGACACCGTGGCACTGCAAGCAGCGattgg < 1:2457594/69‑1 (MQ=255)tAGGACTGATACGCGGCGCGCCAGTGGTGCGATAGCTTTCGACACCGTGGCACTGCAAGCAGCGattgg < 1:2775826/69‑1 (MQ=255)tAGGACTGATACGCGGCGCGCCAGTGGTGCGATAGCTTTCGACACCGTGGCACTGCAAGCAGCGattgg < 1:128933/69‑1 (MQ=255) ggACTGATACGCGGCGCGCCAGTGGTGCGATAGCTTTCGACACCGTGGCACTGCAAGCAGCGattggt < 1:477959/68‑1 (MQ=255) cgcCAGTGGTGCGATAGCTTTCGACACCGTGGCACTGCAAGCAGCGATTGGTATTGGTCGTTACCTGAt < 1:711229/69‑1 (MQ=255) cgcCAGTGGTGCGATAGCTTTCGACACCGTGGCACTGCAAGCAGCGATTGGTATTGGTCGTTACCTGAt < 1:1592480/69‑1 (MQ=255) cgcCAGTGGTGCGATAGCTTTCGACACCGTGGCACTGCAAGCAGCGATTGGTATTGGTCGTTACCTGAt < 1:1869434/69‑1 (MQ=255) cgcCAGTGGTGCGATAGCTTTCGACACCGTGGCACTGCAAGCAGCGATTGGTATTGGTCGTTACCTGAt < 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(MQ=255) aGCTTTCGACACCGTGGCACTGCAAGCAGCGattggt > 1:2268142/1‑37 (MQ=255) aGCTTTCGACACCGTGGCACTGCAAGCAGCGattggt > 1:2987959/1‑37 (MQ=255) aGCTTTCGACACCGTGGCACTGCAAGCAGCGattggt > 1:836543/1‑37 (MQ=255) aGCTTTCGACACCGTGGCACTGCAAGCAGCGattggt > 1:566633/1‑37 (MQ=255) aGCTTTCGACACCGTGGCACTGCAAGCAGCGattggt > 1:2594297/1‑37 (MQ=255) aGCTTTCGACACCGTGGCACTGCAAGCAGCGattggt > 1:2870956/1‑37 (MQ=255) aGCTTTCGACACCGTGGCACTGCAAGCAGCGattggt > 1:1336811/1‑37 (MQ=255) aGCTTTCGACACCGTGGCACTGCAAGCAGCGattggt > 1:768422/1‑37 (MQ=255) aGCTTTCGACACCGTGGCACTGCAAGCAGCGattgg > 1:1416599/1‑36 (MQ=255) aGCTTTCGACACCGTGGCACTGCAAGCAGCGattg > 1:1420704/1‑35 (MQ=255) acCGTGGCACTGCAAGCAGCGGTTGGTATTGGTCGTTACCTGATaa > 1:1930634/1‑46 (MQ=255) acCGTGGCACTGCAAGCAGCGGTTGGTATTGGTCGTTACCTGATaa > 1:2975175/1‑46 (MQ=255) acCGTGGCACTGCAAGCAGCGGTTGGTATTGGTCGTTACCTGATaa > 1:2219292/1‑46 (MQ=255) acCGTGGCACTGCAAGCAGCGGTTGGTATTGGTCGTTACCTGATaa > 1:3149726/1‑46 (MQ=255) acCGTGGCACTGCAAGCAGCGGTTGGTATTGGTCGTTACCTGATaa > 1:2392169/1‑46 (MQ=255) acCGTGGCACTGCAAGCAGCGGTTGGTATTGGTCGTTACCTGATaa > 1:2561247/1‑46 (MQ=255) acCGTGGCACTGCAAGCAGCGGTTGGTATTGGTCGTTACCTGATaa > 1:310359/1‑46 (MQ=255) acCGTGGCACTGCAAGCAGCGGTTGGTATTGGTCGTTACCTGATaa > 1:2801278/1‑46 (MQ=255) acCGTGGCACTGCAAGCAGCGGTTGGTATTGGTCGTTACCTGATaa > 1:2830758/1‑46 (MQ=255) acCGTGGCACTGCAAGCAGCGGTTGGTATTGGTCGTTACCTGATaa > 1:2969656/1‑46 (MQ=255) acCGTGGCACTGCAAGCAGCGGTTGGTATTGGTCGTTACCTGATaa > 1:1918371/1‑46 (MQ=255) acCGTGGCACTGCAAGCAGCGGTTGGTATTGGTCGTTACCTGATaa > 1:895026/1‑46 (MQ=255) acCGTGGCACTGCAAGCAGCGGTTGGTATTGGTCGTTACCTGATaa > 1:1215417/1‑46 (MQ=255) acCGTGGCACTGCAAGCAGCGGTTGGTATTGGTCGTTACCTGATaa > 1:1227272/1‑46 (MQ=255) acCGTGGCACTGCAAGCAGCGGTTGGTATTGGTCGTTACCTGATaa > 1:737840/1‑46 (MQ=255) acCGTGGCACTGCAAGCAGCGGTTGGTATTGGTCGTTACCTGATaa > 1:1338457/1‑46 (MQ=255) acCGTGGCACTGCAAGCAGCGGTTGGTATTGGTCGTTACCTGATaa > 1:1389937/1‑46 (MQ=255) acCGTGGCACTGCAAGCAGCGGTTGGTATTGGTCGTTACCTGATaa > 1:593872/1‑46 (MQ=255) acCGTGGCACTGCAAGCAGCGGTTGGTATTGGTCGTTACCTGATaa > 1:1471863/1‑46 (MQ=255) acCGTGGCACTGCAAGCAGCGGTTGGTATTGGTCGTTACCTGATaa > 1:1632213/1‑46 (MQ=255) acCGTGGCACTGCAAGAAGCGGTTGGTATTCGTCGTTACCTGATaa > 1:599878/1‑46 (MQ=38) ggCACTGCAAGCAGCGGTTGGTATTGGTCGTTACCTGATAACCTTCAACGCTATGCGGGATCATTggcg < 1:232061/69‑1 (MQ=255) ggCACTGCAAGCAGCGGTTGGTATTGGTCGTTACCTGATAACCTTCAACGCTATGCGGGATCATTggcg < 1:902124/69‑1 (MQ=255) ggCACTGCAAGCAGCGGTTGGTATTGGTCGTTACCTGATAACCTTCAACGCTATGCGGGATCATTggcg < 1:1918566/69‑1 (MQ=255) ggCACTGCAAGCAGCGGTTGGTATTGGTCGTTACCTGATAACCTTCAACGCTATGCGGGATCATTggcg < 1:1209182/69‑1 (MQ=255) ggCACTGCAAGCAGCGGTTGGTATTGGTCGTTACCTGATAACCTTCAACGCTATGCGGGATCATTggcg < 1:2116772/69‑1 (MQ=255) ggCACTGCAAGCAGCGGTTGGTATTGGTCGTTACCTGATAACCTTCAACGCTATGCGGGATCATTggcg < 1:3249421/69‑1 (MQ=255) ggCACTGCAAGCAGCGGTTGGTATTGGTCGTTACCTGATAACCTTCAACGCTATGCGGGATCATTggcg < 1:1871301/69‑1 (MQ=255) ggCACTGCAAGCAGCGGTTGGTATTGGTCGTTACCTGATAACCTTCAACGCTATGCGGGATCATTggcg < 1:3095091/69‑1 (MQ=255) ggCACTGCAAGCAGCGGTTGGTATTGGTCGTTACCTGATAACCTTCAACGCTATGCGGGATCATTggcg < 1:1702231/69‑1 (MQ=255) ggCACTGCAAGCAGCGGTTGGTATTGGTCGTTACCTGATAACCTTCAACGCTATGCGGGATCATTggcg < 1:659156/69‑1 (MQ=255) ggCACTGCAAGCAGCGGTTGGTATTGGTCGTTACCTGATAACCTTCAACGCTATGCGGGATCATTggcg < 1:532737/69‑1 (MQ=255) ggCACTGCAAGCAGCGGTTGGTATTGGTCGTTACCTGATAACCTTCAACGCTATGCGGGATCATTggcg < 1:312500/69‑1 (MQ=255) ggCACTGCAAGCAGCGGTTGGTATTGGTCGTTACCTGATAACCTTCAACGCTATGCGGGATCATTggcg < 1:1668762/69‑1 (MQ=255) gCACTGCAAGCAGCGGTTGGTATTGGTCGTTACCTGATAACCTTCAACGCTATGCGGGATCATTggcg < 1:1816646/68‑1 (MQ=255) tGCAAGCAGCGATTGGTATTGGTCGTTACCTGATAACCTTCAACGCTATGCGGGATCATTGGCGGCTGa < 1:3121255/69‑1 (MQ=255) tGCAAGCAGCGATTGGTATTGGTCGTTACCTGATAACCTTCAACGCTATGCGGGATCATTGGCGGCTGa < 1:549397/69‑1 (MQ=255) tGCAAGCAGCGATTGGTATTGGTCGTTACCTGATAACCTTCAACGCTATGCGGGATCATTGGCGGCTGa < 1:1076665/69‑1 (MQ=255) tGCAAGCAGCGATTGGTATTGGTCGTTACCTGATAACCTTCAACGCTATGCGGGATCATTGGCGGCTGa < 1:1856989/69‑1 (MQ=255) tGCAAGCAGCGATTGGTATTGGTCGTTACCTGATAACCTTCAACGCTATGCGGGATCATTGGCGGCTGa < 1:211948/69‑1 (MQ=255) gCAAGCGGCGATTGGTATTGGTCGTTACCTGATAACCTTCAACGCTATGCGGGATCATTGGCGGCTGa > 1:145927/1‑68 (MQ=255) gCAAGCAGCGATTGGTATTGGTCGTTACCTGATAACCTTCAACGCTATGCgg > 1:1139431/1‑52 (MQ=255) gCAAGCAGCGATTGGTATTGGTCGTTACCTGATAACCTTCAACGCTATGCGGGATCATTGGCGGCTGa > 1:1680582/1‑68 (MQ=255) gCAAGCAGCGATTGGTATTGGTCGTTACCTGATAACCTTCAACGCTATGCGGGATCATTGGCGGCTGa > 1:972848/1‑68 (MQ=255) gCAAGCAGCGATTGGTATTGGTCGTTACCTGATAACCTTCAACGCTATGCGGGATCATTGGCGGCTGa > 1:102912/1‑68 (MQ=255) gCAAGCAGCGATTGGTATTGGTCGTTACCTGATAACCTTCAACGCTATGCGGGATCATTGGCGGCTGa > 1:1539192/1‑68 (MQ=255) gCAAGCAGCGATTGGTATTGGTCGTTACCTGATAACCTTCAACGCTATGCGGGATCATTGGCGGCTGa > 1:2157245/1‑68 (MQ=255) gCAAGCAGCGATTGGTATTGGTCGTTACCTGATAACCTTCAACGCTATGCGGGATCATTGGCGGCTGa > 1:2341429/1‑68 (MQ=255) gCAAGCAGCGATTGGTATTGGTCGTTACCTGATAACCTTCAACGCTATGCGGGATCATTGGCGGCTGa > 1:2428796/1‑68 (MQ=255) gCAAGCAGCGAATGGTATTGGTCGTTACCTGATAACCTTCAACGCTATGCGGGATCATTGGCGGCTGa > 1:122524/1‑68 (MQ=255) agcGATTGGTATTGGTCGTTACCTGATAACCTTCAACGCTATGCGGGATCATTGGCGGCTGATTcaca < 1:1691050/68‑1 (MQ=255) agcGATTGGTATTGGTCGTTACCTGATAACCTTCAACGCTATGCGGGATCATTGGCGGCTGATTcaca < 1:113159/68‑1 (MQ=255) agcGATTGGTATTGGTCGTTACCTGATAACCTTCAACGCTATGCGGGATCATTGGCGGCTGATTcaca < 1:1387691/68‑1 (MQ=255) agcGATTGGTATTGGTCGTTACCTGATAACCTTCAACGCTATGCGGGATCATTGGCGGCTGATTca > 1:1394304/1‑66 (MQ=255) agcGATTGGTATTGGTCGTTACCTGATAACCTTCAACGCTATGCGGGATCATTGGCGGCTGATTca > 1:2743750/1‑66 (MQ=255) agcGATTGGTATTGGTCGTTACCTGATAACCTTCAACGCTATGCGGGATCATTGGCGGCTGATTca > 1:2616784/1‑66 (MQ=255) agcGATTGGTATTGGTCGTTACCTGATAACCTTCAACGCTATGCGGGATCATTGGCGGCTGATTca > 1:1125264/1‑66 (MQ=255) agcGATTGGTATTGGTCGTTACCTGATAACCTTCAACGCTATGCGGGATCATTGGCGGCTGATTca > 1:1246035/1‑66 (MQ=255) agcGATTGGTATTGGTCGTTACCTGATAACCTTCAACGCTATGCGGGATCATTGGCGGCTGATTca > 1:678290/1‑66 (MQ=255) agcGATTGGTATTGGTCGTTACCTGATAACCTTCAACGCTATGCGGGATCATTGGCGGCTGATTca > 1:3218619/1‑66 (MQ=255) agcGATTGGTATTGGTCGTTACCTGATAACCTTCAACGCTATGCGGGATCATTGGCGGCTGATTca > 1:1423113/1‑66 (MQ=255) agcGATTGGTATTGGTCGTTACCTGATAACCTTCAACGCTATGCGGGATCATTGGCGGCTGATTca > 1:28996/1‑66 (MQ=255) agcGATTGGTATTGGTCGTTACCTGATAACCTTCAACGCTATGCGGGATCATTGGCGGCTGATTca > 1:1697220/1‑66 (MQ=255) agcGATTGGTATTGGTCGTTACCTGATAACCTTCAACGCTATGCGGGATCATTGGCGGCTGATTca > 1:1954618/1‑66 (MQ=255) agcGATTGGTATTGGTCGTTACCTGATAACCTTCAACGCTATGCGGGATCATTGGCGGCTGATTCACAt > 1:2554113/1‑69 (MQ=255) | TAGGACTGATACGCGGCGCGCCAGTGGTGCGATAGCTTTCGACACCGTGGCACTGCAAGCAGCGATTGGTATTGGTCGTTACCTGATAACCTTCAACGCTATGCGGGATCATTGGCGGCTGATTCACAT > minE/1425964‑1426092 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |