| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 113,602 | A→G | 24.9% | Q317Q (CAA→CAG) | lpd → | lipoamide dehydrogenase, E3 component is part of three enzyme complexes |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 113,602 | 0 | A | G | 24.9% | 85.5 / 26.5 | 76 | Q317Q (CAA→CAG) | lpd | lipoamide dehydrogenase, E3 component is part of three enzyme complexes |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (36/21); new base G (7/12); total (43/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.21e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.27e-01 | |||||||||||
CCGCGTTGACAAACAGCTGCGTACCAACGTACCGCACATCTTTGCTATCGGCGATATCGTCGGTCAACCGATGCTGGCACACAAAGGTGTTCACGAAGGTCACGTTGCCGCTGAAGTTATCGCCGGTAAGAAA > minE/113536‑113668 | ccGCGTTGACAAACAGCTGCGTACCAACGTACCGCACATCTTTGCTATCGGCGATATCGTCGGTCAAcc < 1:206881/69‑1 (MQ=255)ccGCGTTGACAAACAGCTGCGTACCAACGTACCGCACATCTTTGCTATCGGCGATATCGTCGGTCAAcc < 1:779533/69‑1 (MQ=255)ccGCGTTGACAAACAGCTGCGTACCAACGTACCGCACATCTTTGCTATCGGCGATATCGTCGGTCAAcc < 1:2945959/69‑1 (MQ=255)ccGCGTTGACAAACAGCTGCGTACCAACGTACCGCACATCTTTGCTATCGGCGATATCGTCGGTCAAcc < 1:2985927/69‑1 (MQ=255)ccGCGTTGACAAACAGCTGCGTACCAACGTACCGCACATCTTTGCTATCGGCGATATCGTCGGTCAAcc < 1:523945/69‑1 (MQ=255) cgcgTTGACAAACAGCTGCGTACCAACGTACCGCACATCTTTGCTATCGGCGATATCGTCGGTCAAcc < 1:2208393/68‑1 (MQ=255) cgcgTTGACAAACAGCTGCGTACCAACGTACCGCACATCTTTGCTATCGGCGATATCGTCGGTCAAcc < 1:2257499/68‑1 (MQ=255) cgcgTTGACAAACAGCTGCGTACCAACGTACCGCACATCTTTGCTATCGGCGATATCGTCGGTCAAcc < 1:2020401/68‑1 (MQ=255) cgcgTTGACAAACAGCTGCGTACCAACGTACCGCACATCTTTGCTATCGGCGATATCGTCGGTCAAcc < 1:2713817/68‑1 (MQ=255) cgcgTTGACAAACAGCTGCGTACCAACGTACCGCACATCTTTGCTATCGGCGATATCGTCGGTCAAcc < 1:1664574/68‑1 (MQ=255) cgcgTTGACAAACAGCTGCGTACCAACGTACCGCACATCTTTGCTATCGGCGATATCGTCGGTCAAcc < 1:427423/68‑1 (MQ=255) cgcgTTGACAAACAGCTGCGTACCAACGTACCGCACATCTTTGCTATCGGCGATATCGTCGGTCAAcc < 1:1078598/68‑1 (MQ=255) cgcgTTGACAAACAGCTGCGTACCAACGTACCGCACATCTTTGCTATCGGCGATATCGTCGGTCAAcc < 1:902129/68‑1 (MQ=255) cgcgTTGACAAACAGCTGCGTACCAACGTACCGCACATCTTTGCTATCGGCGATATCGTCGGTCAAcc < 1:571877/68‑1 (MQ=255) cgcgTTGACAAACAGCTGCGTACCAACGTACCGCACATCTTTGCTATCGGCGATATCGTCGGTCAAcc < 1:575896/68‑1 (MQ=255) cgcgTTGACAAACAGCTGCGTACCAACGTACCGCACATCTTTGCTATCGGCGATATCGTCGGTCAACCg > 1:1000020/1‑69 (MQ=255) gACAAACAGCTGCGTACCAACGTACCGCACATCTTTGCTATCGGCGATATCGTCGGTCAACCGATGCt > 1:1238134/1‑68 (MQ=255) gACAAACAGCTGCGTACCAACGTACCGCACATCTTTGCTATCGGCGATATCGTCGGTCAACCGATGCt > 1:1750355/1‑68 (MQ=255) aaCGTACCGCACATCTTTGCTATCGGCGATATCGTCGGTCAACCGATGCTGGCACACAAAGGTGTTCa > 1:1877065/1‑68 (MQ=255) tACCGCACATCTTTGCTATCGGCGATATCGTCGGTCAACCGATGCTGGCACACAAAGGTGTTCACGAAg > 1:299256/1‑69 (MQ=255) ccGCACATCTTTGCTATCGGCGATATCGTCGGTCAACCGATGCTGGCACACAAAGGTGTTCACGAAGGt > 1:428560/1‑69 (MQ=255) ccGCACATCTTTGCTATCGGCGATATCGTCGGTCAACCGATGCTGGCACACAAAGGTGTTCACGAAGGt > 1:2710843/1‑69 (MQ=255) ccGCACATCTTTGCTATCGGCGATATCGTCGGTCAACCGATGCTGGCACACAAAGGTGTTCACGAAGGt < 1:2821847/69‑1 (MQ=255) ccGCACATCTTTGCTATCGGCGATATCGTCGGTCAACCGATGCTGGCACACAAAGGTGTTCACGAAGGt < 1:2904925/69‑1 (MQ=255) ccGCACATCTTTGCTATCGGCGATATCGTCGGTCAACCGATGCTGGCACACAAAGGTGTTCACGAAGGt > 1:1201435/1‑69 (MQ=255) ccGCACATCTTTGCTATCGGCGATATCGTCGGTCAACCGATGCTGGCACACAAAGGTGTTCACGAAGGt < 1:504879/69‑1 (MQ=255) caTCTTTGCTATCGGCGATATCGTCGGTCAACCGATGCTGGCACACGAAGGTGTTCACGAAGGTCACGt > 1:478891/1‑69 (MQ=255) caTCTTTGCTATCGGCGATATCGTCGGTCAACCGATGCTGGCACACAAAGgt > 1:3363045/1‑52 (MQ=255) caTCTTTGCTATCGGCGATATCGTCGGTCAACCGATGCTGGCACACAAAGGTGTTCACGAAGGTCACg > 1:1703148/1‑68 (MQ=255) 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1:1133392/1‑68 (MQ=255) tGCTATCGGCGATATCGTCGGTCAGCCGATGCTGGCACACAAAGGTGTTCACGAAGGTCACGTTGCCg > 1:1080644/1‑68 (MQ=255) tatCGTCGGTCAGCCGATGCTGGCACACAAAGGTGTTCACGAAGGTCACGTTGCCGCTGa < 1:1333765/60‑1 (MQ=255) tatCGTCGGTCAGCCGATGCTGGCACACAAAGGTGTTCACGAAGGTCACGTTGCCGCTGa < 1:661176/60‑1 (MQ=255) tatCGTCGGTCAGCCGATGCTGGCACACAAAGGTGTTCACGAAGGTCACGTTGCCGCTGa < 1:1614920/60‑1 (MQ=255) tatCGTCGGTCAGCCGATGCTGGCACACAAAGGTGTTCACGAAGGTCACGTTGCCGCTGa < 1:3295770/60‑1 (MQ=255) tatCGTCGGTCAGCCGATGCTGGCACACAAAGGTGTTCACGAAGGTCACGTTGCCGCTGa < 1:1649797/60‑1 (MQ=255) tatCGTCGGTCAGCCGATGCTGGCACACAAAGGTGTTCACGAAGGTCACGTTGCCGCTGa < 1:3219654/60‑1 (MQ=255) tatCGTCGGTCAGCCGATGCTGGCACACAAAGGTGTTCACGAAGGTCACGTTGCCGCTGa < 1:1750368/60‑1 (MQ=255) tatCGTCGGTCAGCCGATGCTGGCACACAAAGGTGTTCACGAAGGTCACGTTGCCGCTGa < 1:2121598/60‑1 (MQ=255) tatCGTCGGTCAGCCGATGCTGGCACACAAAGGTGTTCACGAAGGTCACGTTGCCGCTGa < 1:2367025/60‑1 (MQ=255) tatCGTCGGTCAGCCGATGCTGGCACACAAAGGTGTTCACGAAGGTCACGTTGCCGCTGa < 1:3219649/60‑1 (MQ=255) 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1:1954776/1‑57 (MQ=255) cgGTCAACCGATGCTGGCACACAAAGGTGTTCACGAAGGTCACGTTGCCGCTGAAGt > 1:1508741/1‑57 (MQ=255) cgGTCAACCGATGCTGGCACACAAAGGTGTTCACGAAGGTCACGTTGCCGCTGAAGt > 1:708547/1‑57 (MQ=255) cAACCGATGCTGGCACACAAAGGTGTTCACGAAGGTCACGTTGCCGCTGAAGTTATCGCCGGTAAGaaa < 1:341295/69‑1 (MQ=255) cAACCGATGCTGGCACACAAAGGTGTTCACGAAGGTCACGTTGCCGCTGAAGTTATCGCCGGTAAGaaa < 1:1167069/69‑1 (MQ=255) | CCGCGTTGACAAACAGCTGCGTACCAACGTACCGCACATCTTTGCTATCGGCGATATCGTCGGTCAACCGATGCTGGCACACAAAGGTGTTCACGAAGGTCACGTTGCCGCTGAAGTTATCGCCGGTAAGAAA > minE/113536‑113668 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |