| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,439,903 | A→G | 44.1% | G133G (GGT→GGC) | ompC ← | outer membrane porin protein C |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,439,903 | 0 | A | G | 44.1% | 23.0 / 88.8 | 110 | G133G (GGT→GGC) | ompC | outer membrane porin protein C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (19/42); new base G (15/33); total (34/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.18e-01 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
ACGGTAGGTCGCGAAGCCGTTACCACGCTGCTGCATGAAGTTGTCAGAACCGTAGGTGTCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTCGGTCCAGGAAGTTACGTCATAAACAACGCCGTAGTTACGAC > minE/1439843‑1439967 | aCGGTAGGTCGCGAAGCCGTTACCACGCTGCTGCATGAAGTTGTCAGAACCGTAGGTGTCACCACCGaa > 1:260936/1‑69 (MQ=255) ggTAGGTCGCGAAGCCGTTACCACGCTGCTGCATGAAGTTGTCAGAACCGTAGGTGTCGCCACCGAAt < 1:1011607/68‑1 (MQ=255) ggTAGGTCGCGAAGCCGTTACCACGCTGCTGCATGAAGTTGTCAGAACCGTAGGTGTCGCCACCGAAt < 1:3197187/68‑1 (MQ=255) ggTAGGTCGCGAAGCCGTTACCACGCTGCTGCATGAAGTTGTCAGAACCGTAGGTGTCGCCACCGAAt < 1:2209812/68‑1 (MQ=255) ggTAGGTCGCGAAGCCGTTACCACGCTGCTGCATGAAGTTGTCAGAACCGTAGGTGTCGCCACCGAAt < 1:220235/68‑1 (MQ=255) ggTAGGTCGCGAAGCCGTTACCACGCTGCTGCATGAAGTTGTCAGAACCGTAGGTGTCGCCACCGAAt < 1:3289322/68‑1 (MQ=255) ggTAGGTCGCGAAGCCGTTACCACGCTGCTGCATGAAGTTGTCAGAACCGTAGGTGTCGCCACCGAAt < 1:3294248/68‑1 (MQ=255) ggTAGGTCGCGAAGCCGTTACCACGCTGCTGCATGAAGTTGTCAGAACCGTAGGTGTCGCCACCGAAt < 1:2447520/68‑1 (MQ=255) ggTAGGTCGCGAAGCCGTTACCACGCTGCTGCATGAAGTTGTCAGAACCGTAGGTGTCGCCACCGAAt < 1:1826839/68‑1 (MQ=255) ggTAGGTCGCGAAGCCGTTACCACGCTGCTGCATGAAGTTGTCAGAACCGTAGGTGTCGCCACCGAAt < 1:2476696/68‑1 (MQ=255) ggTAGGTCGCGAAGCCGTTACCACGCTGCTGCATGAAGTTGTCAGAACCGTAGGTGTCGCCACCGAAt < 1:1755959/68‑1 (MQ=255) ggTAGGTCGCGAAGCCGTTACCACGCTGCTGCATGAAGTTGTCAGAACCGTAGGTGTCGCCACCGAAt < 1:2484647/68‑1 (MQ=255) ggTAGGTCGCGAAGCCGTTACCACGCTGCTGCATGAAGTTGTCAGAACCGTAGGTGTCGCCACCGAAt < 1:1671118/68‑1 (MQ=255) ggTAGGTCGCGAAGCCGTTACCACGCTGCTGCATGAAGTTGTCAGAACCGTAGGTGTCGCCACCGAAt < 1:2561601/68‑1 (MQ=255) ggTAGGTCGCGAAGCCGTTACCACGCTGCTGCATGAAGTTGTCAGAACCGTAGGTGTCGCCACCGAAt < 1:1587172/68‑1 (MQ=255) ggTAGGTCGCGAAGCCGTTACCACGCTGCTGCATGAAGTTGTCAGAACCGTAGGTGTCGCCACCGAAt < 1:1585749/68‑1 (MQ=255) ggTAGGTCGCGAAGCCGTTACCACGCTGCTGCATGAAGTTGTCAGAACCGTAGGTGTCGCCACCGAAt < 1:2993673/68‑1 (MQ=255) ggTAGGTCGCGAAGCCGTTACCACGCTGCTGCATGAAGTTGTCAGAACCGTAGGTGTCGCCACCGAAt < 1:1409833/68‑1 (MQ=255) ggTAGGTCGCGAAGCCGTTACCACGCTGCTGCATGAAGTTGTCAGAACCGTAGGTGTCGCCACCGAAt < 1:683602/68‑1 (MQ=255) 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aCCACGCTGCTGCATGAAGTTGTCAGAACCGTAGGTGTCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTCGGTcc > 1:2378036/1‑68 (MQ=255) aCCACGCTGCTGCATGAAGTTGTCAGAACCGTAGGTGTCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTCGGTcc > 1:2097347/1‑68 (MQ=255) aCCACGCTGCTGCATGAAGTTGTCAGAACCGTAGGTGTCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTCGGTcc > 1:2076195/1‑68 (MQ=255) aCCACGCTGCTGCATGAAGTTGTCAGAACCGTAGGTGTCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTCGGTcc > 1:1722157/1‑68 (MQ=255) aCCACGCTGCTGCATGAAGTTGTCAGAACCGTAGGTGTCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTCGGTcc > 1:2648221/1‑68 (MQ=255) aCCACGCTGCTGCATGAAGTTGTCAGAACCGTAGGTGTCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTCGGTcc > 1:3010280/1‑68 (MQ=255) aCCACGCTGCTGCATGAAGTTGTCAGAACCGTAGGTGTCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTCGGTcc > 1:2574733/1‑68 (MQ=255) cACGCTGCTGCATGAAGTTGTCAGAACCGTAGGTGTCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTCGGTCCa > 1:3410325/1‑67 (MQ=255) aCGCTGCTGCATGAAGTTGTCAGAACCGTAGGTGTCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTCGGTCCAGGa < 1:2475427/69‑1 (MQ=255) aCGCTGCTGCATGAAGTTGTCAGAACCGTAGGTGTCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTCGGTCCAGGa < 1:1449367/69‑1 (MQ=255) ctgctgCATGAAGTTGTCAGAACCGTAGGTGTCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTCGGTCCAGGAAGt < 1:2794932/69‑1 (MQ=255) ctgctgCATGAAGTTGTCAGAACCGTAGGTGTCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTCGGTCCAGGAAGt < 1:3316601/69‑1 (MQ=255) ctgctgCATGAAGTTGTCAGAACCGTAGGTGTCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTCGGTCCAGGAAGt < 1:2447518/69‑1 (MQ=255) ctgctgCATGAAGTTGTCAGAACCGTAGGTGTCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTCGGTCCAGGAAGt < 1:959264/69‑1 (MQ=255) ctgctgCATGAAGTTGTCAGAACCGTAGGTGTCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTCGGTCCAGGAAGt < 1:82967/69‑1 (MQ=255) ctgctgCATGAAGTTGTCAGAACCGTAGGTGTCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTCGGTCCAGGAAGt < 1:655863/69‑1 (MQ=255) ctgctgCATGAAGTTGTCAGAACCGTAGGTGTCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTCGGTCCAGGAAGt > 1:678585/1‑69 (MQ=255) ctgctgCATGAAGTTGTCAGAACCGTAGGTGTCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTCGGTCCAGGAAGt < 1:1301817/69‑1 (MQ=255) ctgctgCATGAAGTTGTCAGAACCGTAGGTGTCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTCGGTCCAGGAAGt < 1:777515/69‑1 (MQ=255) gctgcATGAAGTTGTCAGAACCGTAGGTGTCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTc < 1:1796822/55‑1 (MQ=255) gctgcATGAAGTTGTCAGAACCGTAGGTGTCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTc < 1:697955/55‑1 (MQ=255) tGTCAGAACCGTAGGTGTCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTCGGTCCAGGAAGTTACGTCATAaacaa < 1:1691144/69‑1 (MQ=255) tGTCAGAACCGTAGGTGTCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTCGGTCCAGGAAGTTACGTCATAaacaa < 1:472826/69‑1 (MQ=255) tGTCAGAACCGTAGGTGTCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTCGGTCCAGGAAGTTACGTCATAaacaa < 1:560652/69‑1 (MQ=255) tGTCAGAACCGTAGGTGTCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTAGGTCCAGGAAGTTACGTCATAaacaa < 1:1100958/69‑1 (MQ=255) gTCAGAACCGTAGGTGTCGCCACCGAATTCTGGCAGAACGTCGGTGCAGGAAGTTACGTCGTAaacaac > 1:304269/1‑69 (MQ=255) gTCAGAACCGTAGGTGTCGCCACCGAATTCTGGCAGAACGTCGGTCCAGGAAGTTACGTCGTAaacaac > 1:2885244/1‑69 (MQ=255) gTCAGAACCGTAGGTGTCGCCACCGAATTCTGGCAGAACGTCGGTCCAGGAAGTTACGTCGTAaacaac > 1:3145309/1‑69 (MQ=255) gTCAGAACCGTAGGTGTCGCCACCGAATTCTGGCAGAACGTCGGTCCAGGAAGTTACGTCGTAaacaac > 1:3000921/1‑69 (MQ=255) gTCAGAACCGTAGGTGTCGCCACCGAATTCTGGCAGAACGTCGGTCCAGGAAGTTACGTCGTAaacaac > 1:56525/1‑69 (MQ=255) gTCAGAACCGTAGGTGTCGCCACCGAATTCTGGCAGAACGTCGGTCCAGGAAGTTACGTCGTAaacaac > 1:345716/1‑69 (MQ=255) gTCAGAACCGTAGGTGTCGCCACCGAATTCTGGCAGAACGTCGGTCCAGGAAGTTACGTCGTAaacaac > 1:3394620/1‑69 (MQ=255) gTCAGAACCGTAGGTGTCGCCACCGAATTCTGGCAGAACGTCGGTCCAGGAAGTTACGTCGTAaacaac > 1:964365/1‑69 (MQ=255) gTCAGAACCGTAGGTGTCGCCACCGAATTCTGGCAGAACGTCGGTCCAGGAAGTTACGTCGTAaacaac > 1:1013044/1‑69 (MQ=255) gTCAGAACCGTAGGTGTCGCCACCGAATTCTGGCAGAACGTCGGTCCAGGAAGTTACGTCGTAaacaac > 1:1396106/1‑69 (MQ=255) gTCAGAACCGTAGGTGTCGCCACCGAATTCTGGCAGAACGTCGGTCCAGGAAGTTACGTCGTAaacaac > 1:143431/1‑69 (MQ=255) gTCAGAACCGTAGGTGTCGCCACCGAATTCTGGCAGAACGTCGGTCCAGGAAGTTACGTCGTAaacaac > 1:1603776/1‑69 (MQ=255) gTCAGAACCGTAGGTGTCGCCACCGAATTCTGGCAGAACGTCGGTCCAGGAAGTTACGTCGTAaacaac > 1:2194065/1‑69 (MQ=255) gTCAGAACCGTAGGTGTCGCCACCGAATTCTGGCAGAACGTCGGTCCAGGAAGTTACGTCGTAaacaac > 1:2179016/1‑69 (MQ=255) gTAGGTGTCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTCGGTCCAGGAAGTTACGTCATAAACAACGCCGTAGtt < 1:1680587/69‑1 (MQ=255) gTAGGTGTCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTCGGTCCAGGAAGTTACGTCATAAACAACGCCGTAGtt < 1:721913/69‑1 (MQ=255) gTAGGTGTCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTCGGTCCAGGAAGTTACGTCATAAACAACGCCGTAGtt < 1:1334626/69‑1 (MQ=255) gTAGGTGTCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTCGGTCCAGGAAGTTACGTCATAAACAACGCCGTAGtt < 1:61716/69‑1 (MQ=255) gTAGGTGTCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTCGGTCCAGGAAGTTACGTCATAAACAACGCCGTAGtt < 1:1523625/69‑1 (MQ=255) gTAGGTGTCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTCGGTCCAGGAAGTTACGTCATAAACAACGCCGTAGtt < 1:3422317/69‑1 (MQ=255) gTAGGTGTCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTCGGTCCAGGAAGTTACGTCATAAACAACGCCGTAGtt < 1:1846977/69‑1 (MQ=255) gTAGGTGTCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTCGGTCCAGGAAGTTACGTCATAAACAACGCCGTAGtt < 1:2823547/69‑1 (MQ=255) gTAGGTGTCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTCGGTCCAGGAAGTTACGTCATAAACAACGCCGTAGtt < 1:2638204/69‑1 (MQ=255) gTAGGTGTCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTCGGTCCAGGAAGTTACGTCATAAACAACGCCGTAGtt < 1:2462564/69‑1 (MQ=255) gTAGGTGTCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTCGGTCCAGGAAGTTACGTCATAAACAACGCCGTAGtt < 1:2344821/69‑1 (MQ=255) gTAGGTGTCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTCGGTCCAGGAAGTTACGTCATAAACAACGCAGTAGtt < 1:438752/69‑1 (MQ=255) gTAGGTGTCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTCGGTCCAGGAAGTTACCTCATAAACAACGCCGTAGtt < 1:2846719/69‑1 (MQ=255) tAGGTGTCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTCGGTCCAGGAAGTTACGTCATAAACAACGCCGTAGtt < 1:2815835/68‑1 (MQ=255) tAGGTGTCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTCGGTCCAGGAAGTTACGTCATAAACAACGCCGTAGTTa < 1:2419796/69‑1 (MQ=255) tAGGTGTCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTCGGTCCAGGAAGTTACGTCATAAACAACGCCGTAGTTa < 1:807086/69‑1 (MQ=255) tAGGTGTCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTCGGTCCAGGAAGTTACGTCATAAACAACGCCGTAGTTa < 1:1429798/69‑1 (MQ=255) tAGGTGTCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTCGGTCCAGGAAGTTACGTCATAAACAACGCCGTAGTTa < 1:1860413/69‑1 (MQ=255) tAGGTGTCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTCGGTCCAGGAAGTTACGTCATAAACAACGCCGTAGTTa < 1:2328414/69‑1 (MQ=255) tAGGTGTCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTCGGTCCAGGAAGTTACGTCATAAACAACGCCGTAGTTa < 1:3435732/69‑1 (MQ=255) tAGGTGTCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTCGGTCCAGGAAGTTACGTCATAAACAACGCCGTAGTTa < 1:3403702/69‑1 (MQ=255) aGGTGTCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTCGGTCCAGGAAGTTACGTCATAAACAACGCCGTAGTTa < 1:2113976/68‑1 (MQ=255) tgtCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTCGGTCCAGGAAGTTACGTCATAAACAACGCCGTAGTTACGa > 1:1490696/1‑68 (MQ=255) tgtCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTCGGTCCAGGAAGTTACGTCATAAACAACGCCGTAGTTACGAc > 1:2870617/1‑69 (MQ=255) tgtCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTCGGTCCAGGAAGTTACGTCATAAACAACGCCGTAGTTACGAc > 1:1689036/1‑69 (MQ=255) tgtCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTCGGTCCAGGAAGTTACGTCATAAACAACGCCGTAGTTACGAc > 1:1046166/1‑69 (MQ=255) accaccGAATTCTGGCAGTACGTCGGTCCAGGAAGTTACGTCATAAACAACGCCGTAGTTACg > 1:546601/1‑63 (MQ=255) accaccGAATTCTGGCAGTACGTCGGTCCAGGAAGTTACGTCATAAACAACGCCGTAGTTACg > 1:35685/1‑63 (MQ=255) accaccGAATTCTGGCAGTACGTCGGTCCAGGAAGTTACGTCATAAACAACGCCGTAGTTACg > 1:1371633/1‑63 (MQ=255) accaccGAATTCTGGCAGTACGTCGGTCCAGGAAGTTACGTCATAAACAACGCCGTAGTTACg > 1:1193248/1‑63 (MQ=255) accaccGAATTCTGGCAGTACGTCGGTCCAGGAAGTTACGTCATAAACAACGCCGTAGTTACg > 1:1085646/1‑63 (MQ=255) | ACGGTAGGTCGCGAAGCCGTTACCACGCTGCTGCATGAAGTTGTCAGAACCGTAGGTGTCACCACCGAATTCTGGCAGTACGTCGGTCCAGGAAGTTACGTCATAAACAACGCCGTAGTTACGAC > minE/1439843‑1439967 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |