| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,453,736 | G→A | 48.1% | A26T (GCC→ACC) | atoB → | acetyl‑CoA acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,453,736 | 0 | G | A | 48.1% | 2.9 / 69.1 | 79 | A26T (GCC→ACC) | atoB | acetyl‑CoA acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (10/31); new base A (19/19); total (29/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.15e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.10e-01 | |||||||||||
TCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTCACAACACGTT > minE/1453674‑1453804 | tCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCg < 1:540528/69‑1 (MQ=255)tCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCg < 1:2385778/69‑1 (MQ=255)tCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCg < 1:2328845/69‑1 (MQ=255)tCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCg < 1:207029/69‑1 (MQ=255)tCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCg < 1:1915505/69‑1 (MQ=255)tCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCg < 1:1369550/69‑1 (MQ=255)tCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCg < 1:1574807/69‑1 (MQ=255)tCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCg < 1:1651451/69‑1 (MQ=255) cATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCg < 1:933173/68‑1 (MQ=255) aTCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGa < 1:998177/68‑1 (MQ=255) aTCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGa < 1:3358119/68‑1 (MQ=255) aTCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGa < 1:2806829/68‑1 (MQ=255) aTCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGa < 1:2206573/68‑1 (MQ=255) aTCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGa < 1:192572/68‑1 (MQ=255) aTCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGa < 1:1692350/68‑1 (MQ=255) aTCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGa < 1:1261652/68‑1 (MQ=255) tacgtacTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGa < 1:1929720/55‑1 (MQ=255) acgtacTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAg > 1:3386548/1‑68 (MQ=255) acgtacTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGt > 1:1282760/1‑69 (MQ=255) acgtacTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGt > 1:317665/1‑69 (MQ=255) acgtacTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGt > 1:250672/1‑69 (MQ=255) acgtacTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGt > 1:2751340/1‑69 (MQ=255) gCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTaaa < 1:2931074/69‑1 (MQ=255) gCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTaaa < 1:1171459/69‑1 (MQ=255) cTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAg > 1:674410/1‑69 (MQ=255) aTCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCACCATCGACCTTGGGGCGACAGTAATTAAAgcc > 1:2277014/1‑69 (MQ=255) aTCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAgcc > 1:3199284/1‑69 (MQ=255) aTCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAgcc > 1:961004/1‑69 (MQ=255) aTCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAgcc > 1:2136351/1‑69 (MQ=255) 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accaGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTcac < 1:2670079/67‑1 (MQ=255) accaGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTca < 1:850700/66‑1 (MQ=255) accaGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTca < 1:92682/66‑1 (MQ=255) accaGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTca < 1:1633249/66‑1 (MQ=255) accaGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTca < 1:453899/66‑1 (MQ=255) accaGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTca < 1:1795214/66‑1 (MQ=255) accaGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTca < 1:389182/66‑1 (MQ=255) accaGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTca < 1:1154747/66‑1 (MQ=255) accaGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTca < 1:2006890/66‑1 (MQ=255) accaGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTca < 1:2093782/66‑1 (MQ=255) accaGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTca < 1:2516917/66‑1 (MQ=255) accaGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTca < 1:2679366/66‑1 (MQ=255) accaGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTca < 1:1190383/66‑1 (MQ=255) accaGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTca < 1:2386775/66‑1 (MQ=255) accaGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTca < 1:303903/66‑1 (MQ=255) accaGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTca < 1:3121672/66‑1 (MQ=255) accaGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTca < 1:3127751/66‑1 (MQ=255) accaGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTca < 1:2107054/66‑1 (MQ=255) accaGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTca < 1:3190464/66‑1 (MQ=255) ccaGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTca < 1:1300054/65‑1 (MQ=255) gcCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTCACAACACGtt < 1:2147327/69‑1 (MQ=255) gcCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTCACAACACGtt < 1:1158497/69‑1 (MQ=255) gcCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTCACAACACGtt < 1:1906070/69‑1 (MQ=255) gcCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTCACAACACGtt < 1:1610143/69‑1 (MQ=255) gcCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTCACAACACGtt < 1:2802320/69‑1 (MQ=255) gcCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTCACAACACGtt < 1:2770206/69‑1 (MQ=255) gcCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTCACAACACGtt < 1:2419492/69‑1 (MQ=255) gcCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTCACAACACGtt < 1:3279935/69‑1 (MQ=255) | TCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTCACAACACGTT > minE/1453674‑1453804 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |