| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,459,992 | C→A | 50.0% | pseudogene (1963/4605 nt) pseudogene (1963/4104 nt) |
yfaS ← yfaS ← |
ECK2220:JW2222+JW2221:b4500; hypothetical protein ECK2220:JW2222:b2228; hypothetical protein, N‑ter fragment |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,459,992 | 0 | C | A | 50.0% | 4.2 / 83.7 | 74 | pseudogene (1963/4605 nt) pseudogene (1963/4104 nt) | yfaS yfaS | ECK2220:JW2222+JW2221:b4500; hypothetical protein ECK2220:JW2222:b2228; hypothetical protein, N‑ter fragment |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (31/6); new base A (7/30); total (38/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.94e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCTTCGCGGTTTCGCCTGGCTGGTACAGCGTTTTATCCGCCACGATATCTACCGTACCAGTATGCGCCGTGCTGCCCTTACCGCTGACGGCATGACTTAACCCAGCGAGAATTAAGCCGTCTTTA > minE/1459926‑1460050 | tCTTCGCGGTTTCGCCTGGCTGGTACAGCGTTTTATCCGCCACGATATCTACCGTACCAGTATGCGCCg > 1:3264074/1‑69 (MQ=255)tCTTCGCGGTTTCGCCTGGCTGGTACAGCGTTTTATCCGCCACGATATCTACCGTACCAGTATGCGCCg > 1:415876/1‑69 (MQ=255)tCTTCGCGGTTTCGCCTGGCTGGTACAGCGTTTTATCCGCCACGATATCTACCGTACCAGTATGCGCCg > 1:1424560/1‑69 (MQ=255)tCTTCGCGGTTTCGCCTGGCTGGTACAGCGTTTTATCCGCCACGATATCTACCGTACCAGTATGCGCCg > 1:2362596/1‑69 (MQ=255)tCTTCGCGGTTTCGCCTGGCTGGTACAGCGTTTTATCCGCCACGATATCTACCGTACCAGTATGCGCCg > 1:560542/1‑69 (MQ=255) cTTCGCGGTTTCGCCTGGCTGGTCCAGCGTTTTATCCGCCACGATATCTACCGTACCAGTATGCGCCGt < 1:3256238/69‑1 (MQ=255) cTTCGCGGTTTCGCCTGGCTGGTACAGCGTTTTATCCGCCACGATATCTACCGTACCAGTATGCGCCGt < 1:2500822/69‑1 (MQ=255) cTTCGCGGTTTCGCCTGGCTGGTACAGCGTTTTATCCGCCACGATATCTACCGTACCAGTATGCGCCGt < 1:2267850/69‑1 (MQ=255) cTTCGCGGTTTCGCCTGGCTCGTACAGCGTTTTATCCGCCACGATATCTACCGTACCAGTATGCGCCGt < 1:113085/69‑1 (MQ=255) ttCGCGGTTTCGCCTGGCTGGTACAGCGTTTTATCCGCCACGATATCTACCGTACCAGTATGCGCCGtg > 1:1943747/1‑69 (MQ=255) ttCGCGGTTTCGCCTGGCTGGTACAGCGTTTTATCCGCCACGATATCTACCGTACCAGTATGCGCCGtg > 1:3154671/1‑69 (MQ=255) ttCGCGGTTTCGCCTGGCTGGTACAGCGTTTTATCCGCCACGATATCTACCGTACCAGTATGCGCCGtg > 1:35886/1‑69 (MQ=255) ttCGCGGTTTCGCCTGGCTGGTACAGCGTTTTATCCGCCACGATATCTACCGTACCAGTATGCGCCGtg > 1:2201849/1‑69 (MQ=255) ttCGCGGTTTCGCCTGGCTGGTACAGCGTTTTATCCGCCACGATATCTACCGTACCAGTATGCGCCGtg > 1:2348434/1‑69 (MQ=255) ttCGCGGTTTCGCCTGGCTGGTACAGCGTTTTATCCGCCACGATATCTACCGTACCAGTATGCGCCGtg > 1:3342999/1‑69 (MQ=255) ttCGCGGTTTCGCCTGGCTGGTACAGCGTTTTATCCGCCACGATATCTACCGTACCAGTATGCGCCGtg > 1:2425141/1‑69 (MQ=255) ttCGCGGTTTCGCCTGGCTGGTACAGCGTTTTATCCGCCACGATATCTACCGTACCAGTATGCGCCGtg > 1:2512833/1‑69 (MQ=255) ttCGCGGTTTCGCCTGGCTGGTACAGCGTTTTATCCGCCACGATATCTACCGTACCAGTATGCGCCGtg > 1:333699/1‑69 (MQ=255) ttCGCGGTTTCGCCTGGCTGGTACAGCGTTTTATCCGCCACGATATCTACCGTACCAGTATGCGCCGtg > 1:3123219/1‑69 (MQ=255) ttCGCGGTTTCGCCTGGCTGGTACAGCGTTTTATCCGCCACGATATCTACCGTACCAGTATGCGCCGtg > 1:1926329/1‑69 (MQ=255) ttCGCGGTTTCGCCTGGCTGGTACAGCGTTTTATCCGCCACGATATCTACCGTACCAGTATGCGCCGtg > 1:806235/1‑69 (MQ=255) ttCGCGGTTTCGCCTGGCTGGTACAGCGTTTTATCCGCCACGATATCTACCGTACCAGTATGCGCCGtg > 1:127850/1‑69 (MQ=255) ttCGCGGTTTCGCCTGGCTGGTACAGCGTTTTATCCGCCACGATATCTACCGTACCAGTATGCGCCGtg > 1:150518/1‑69 (MQ=255) ttCGCGGTTTCGCCTGGCTGGTACAGCGTTTTATCCGCCACGATATCTACCGTACCAGTATGCGCCGtg > 1:479208/1‑69 (MQ=255) ggctggTACAGCGTTTTATCTGCCACGATATCTACCGTACCAGTATGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTg > 1:149935/1‑69 (MQ=255) ggctggTACAGCGTTTTATCTGCCACGATATCTACCGTACCAGTATGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTg > 1:719839/1‑69 (MQ=255) ggctggTACAGCGTTTTATCTGCCACGATATCTACCGTACCAGTATGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTg > 1:2418449/1‑69 (MQ=255) ggctggTACAGCGTTTTATCTGCCACGATATCTACCGTACCAGTATGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTg > 1:507012/1‑69 (MQ=255) ggctggTACAGCGTTTTATCTGCCACGATATCTACCGTACCAGTATGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTg > 1:1924939/1‑69 (MQ=255) ggctggTACAGCGTTTTATCTGCCACGATATCTACCGTACCAGTATGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTg > 1:2089351/1‑69 (MQ=255) ggctggTACAGCGTTTTATCTGCCACGATATCTACCGTACCAGTATGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTg > 1:2161103/1‑69 (MQ=255) gCGTTTTATCCGACACGATATCTACCGTACCAGTATGCGCCGt < 1:44627/43‑1 (MQ=255) ttATCCGCCACGATATCTACCGTACCAGTATGCGCCGTGCTGCCCTTAc > 1:2845011/1‑49 (MQ=255) ttATCCGCCACGATATCTACCGTACCAGTATGCGCCGTGCTGCCCTTACCGCTGACGGCATGACTTaa > 1:2236243/1‑68 (MQ=255) ttATCCGCCACGATATCTACCGTACCAGTATGCGCCGTGCTGCCCTTACCGCTGACGGCATGACTTaa > 1:305232/1‑68 (MQ=255) ttATCCGCCACGATATCTACCGTACCAGTATGCGCCGTGCTGCCCTTACCGCTGACGGCATGACTTaa > 1:2701713/1‑68 (MQ=255) ttATCCGCCACGATATCTACCGTACCAGTATGCGCCGTGCTGCCCTTACCGCTGACGGCATGACTTaa > 1:2118106/1‑68 (MQ=255) ttATCCGCCACGATATCTACCGTACCAGTATGCGCCGTGCTGCCCTTACCGCTGACGGCATGACTTaa > 1:3276820/1‑68 (MQ=255) ttATCCGCCACGATATCTACCGTACCAGTATGCGCCGTGCTGCCCTTACCGCTGACGGCATGACTTaa > 1:112645/1‑68 (MQ=255) ttATCCGCCACGATATCTACCGTACCAGTATGCGCCGTGCTGCCCTTACCGCTGACGGCATGACTTaa > 1:3171980/1‑68 (MQ=255) ttATCCGCCACGATATCTACCGTACCAGTATGCGCCGTGCTGCCCTTACCGCTGACGGCATGACTTaa > 1:243980/1‑68 (MQ=255) ttATCCGCCACGATATCTACCGTACCAGTATGCGCCGTGCTGCCCTTACCGCTGACGGCATGACTTaa > 1:1939628/1‑68 (MQ=255) ttATCCGCCACGATATCTACCGTACCAGTATGCGCCGTGCTGCCCTTACCGCTGACGGCATGACTTaa > 1:335624/1‑68 (MQ=255) ccAGTATGCGCCGTGCTGCCCTTACCGCTGACGGCATGACTTAACCCAGCGAGAATTAAGCCGTCTTTa < 1:2810589/69‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGTATGGCTTAACCCGGCga < 1:3259548/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:3206858/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:900055/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:321447/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:3299945/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:793947/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:703692/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:631749/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:2192820/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:114989/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:1325341/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:1355892/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:1448815/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:1529220/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:1657846/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:1661481/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:1840962/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:1886870/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:2010692/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:3147632/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:2279895/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:2349944/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:2553588/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:256948/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:2599910/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:2944182/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:3143812/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCAGGCga < 1:2665801/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACACGGCga < 1:2739043/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGATGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:1193636/46‑1 (MQ=255) gcgaCGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:2562398/45‑1 (MQ=255) | TCTTCGCGGTTTCGCCTGGCTGGTACAGCGTTTTATCCGCCACGATATCTACCGTACCAGTATGCGCCGTGCTGCCCTTACCGCTGACGGCATGACTTAACCCAGCGAGAATTAAGCCGTCTTTA > minE/1459926‑1460050 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |