| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,460,029 | A→G | 55.4% | pseudogene (1926/4605 nt) pseudogene (1926/4104 nt) |
yfaS ← yfaS ← |
ECK2220:JW2222+JW2221:b4500; hypothetical protein ECK2220:JW2222:b2228; hypothetical protein, N‑ter fragment |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,460,029 | 0 | A | G | 55.4% | 22.8 / 73.7 | 94 | pseudogene (1926/4605 nt) pseudogene (1926/4104 nt) | yfaS yfaS | ECK2220:JW2222+JW2221:b4500; hypothetical protein ECK2220:JW2222:b2228; hypothetical protein, N‑ter fragment |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/17); new base G (21/31); total (46/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.65e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCAGTATGCGCCGTGCTGCCCTTACCGCTGACGGCATGACTTAACCCAGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTGTAGTTGCCAGGTTTAG > minE/1459982‑1460084 | ccAGTATGCGCCGTGCTGCCCTTACCGCTGACGGCATGACTTAACCCAGCGAGAATTAAGCCGTCTTTa < 1:2810589/69‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGTATGGCTTAACCCGGCga < 1:3259548/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:2599910/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:2010692/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:2944182/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:1886870/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:1840962/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:3143812/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:3147632/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:1661481/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:1657846/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:1529220/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:3206858/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:321447/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:1448815/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:631749/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:2553588/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:900055/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:114989/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:2349944/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:793947/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:703692/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:3299945/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:1325341/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:2279895/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:256948/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:1355892/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:2192820/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCAGGCga < 1:2665801/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACACGGCga < 1:2739043/46‑1 (MQ=255) tGCGACGTGATGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:1193636/46‑1 (MQ=255) gcgaCGTGCTGCCCTTACCGCTGACTGCATGGCTTAACCCGGCga < 1:2562398/45‑1 (MQ=255) cTTACCGCTGACGGCATGACTTAACCCAGCGAGAATTAAGCCg > 1:1499454/1‑43 (MQ=255) cTTACCGCTGACGGCATGACTTAACCCAGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTGt > 1:2462301/1‑68 (MQ=255) cTTACCGCTGACGGCATGACTTAACCCAGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTGTa > 1:2914145/1‑69 (MQ=255) cTTACCGCTGACGGCATGACTTAACCCAGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTGTa > 1:2983425/1‑69 (MQ=255) cTTACCGCTGACGGCATGACTTAACCCAGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTGTa > 1:2984024/1‑69 (MQ=255) cTTACCGCTGACGGCATGACTTAACCCAGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTGTa > 1:1470302/1‑69 (MQ=255) cTTACCGCTGACGGCATGACTTAACCCAGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTGTa > 1:1439225/1‑69 (MQ=255) cTTACCGCTGACGGCATGACTTAACCCAGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTGTa > 1:1348898/1‑69 (MQ=255) cTTACCGCTGACGGCATGACTTAACCCAGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTGTa > 1:1331077/1‑69 (MQ=255) cTTACCGCTGACGGCATGACTTAACCCAGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTGTa > 1:769582/1‑69 (MQ=255) cTTACCGCTGACGGCATGACTTAACCCAGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTGTa > 1:1179648/1‑69 (MQ=255) cTTACCGCTGACGGCATGACTTAACCCAGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTGTa > 1:1093081/1‑69 (MQ=255) cTTACCGCTGACGGCATGACTTAACCCAGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTGTa > 1:2445241/1‑69 (MQ=255) aCCGCTGACGGCATGACTTAACCCAGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTg < 1:3211723/64‑1 (MQ=255) aCCGCTGACGGCATGACTTAACCCAGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTg < 1:2592197/64‑1 (MQ=255) aCCGCTGACGGCATGACTTAACCCAGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTg < 1:2550745/64‑1 (MQ=255) aCCGCTGACGGCATGACTTAACCCAGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTg < 1:1127564/64‑1 (MQ=255) aCCGCTGACGGCATGACTTAACCCAGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTg < 1:1281290/64‑1 (MQ=255) aCCGCTGACGGCATGACTTAACCCAGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTg < 1:1285479/64‑1 (MQ=255) aCCGCTGACGGCATGACTTAACCCAGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTg < 1:1492116/64‑1 (MQ=255) aCCGCTGACGGCATGACTTAACCCAGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTGTAGtt > 1:2444630/1‑69 (MQ=255) aCCGCTGACGGCATGACTTAACCCAGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTGTAGtt > 1:2381489/1‑69 (MQ=255) cATGGCTTAACCCGGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTGTAGTTg > 1:3383866/1‑59 (MQ=255) cATGGCTTAACCCGGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTGTAGTTg > 1:2021847/1‑59 (MQ=255) cATGGCTTAACCCGGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTGTAGTTg > 1:1861776/1‑59 (MQ=255) cATGGCTTAACCCGGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTGTAGTTg > 1:3007934/1‑59 (MQ=255) cATGGCTTAACCCGGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTGTAGTTg > 1:304369/1‑59 (MQ=255) cATGGCTTAACCCGGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTGTAGTTg > 1:1521307/1‑59 (MQ=255) cATGGCTTAACCCGGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTGTAGTTg > 1:3225335/1‑59 (MQ=255) cATGGCTTAACCCGGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTGTAGTTg > 1:1448296/1‑59 (MQ=255) cATGGCTTAACCCGGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTGTAGTTg > 1:1815869/1‑59 (MQ=255) cATGGCTTAACCCGGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTGTAGTTg > 1:583559/1‑59 (MQ=255) cATGGCTTAACCCGGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTGTAGTTg > 1:692816/1‑59 (MQ=255) cATGGCTTAACCCGGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTGTAGTTg > 1:1142532/1‑59 (MQ=255) cATGGCTTAACCCGGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTGTAGTTg > 1:95260/1‑59 (MQ=255) cATGGCTTAACCCGGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTGTAGTTg > 1:2221122/1‑59 (MQ=255) cATGGCTTAACCCGGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTGTAGTTg > 1:2590067/1‑59 (MQ=255) cATGGCTTAACCCGGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTGTAGTTg > 1:203999/1‑59 (MQ=255) cATGGCTTAACCCGGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTGTAGTTg > 1:2895370/1‑59 (MQ=255) cATGGCTTAACCCGGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTGTAGTTg > 1:2141117/1‑59 (MQ=255) cATGGCTTAACCCGGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTGTAGTTg > 1:2702626/1‑59 (MQ=255) cATGGCTTAACCCGGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATAGCGTAATGTCAGATTGTAGTTg > 1:1670742/1‑59 (MQ=255) cATGGCTTAACCCGGCGAGAATTAAGCAGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTGTAGTTg > 1:2161612/1‑59 (MQ=255) aTGACTTAACCCAGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAAt < 1:234134/43‑1 (MQ=255) aTGACTTAACCCAGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAAt < 1:2646419/43‑1 (MQ=255) aTGACTTAACCCAGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAAt < 1:1756684/43‑1 (MQ=255) aTGACTTAACCCAGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAAt < 1:1259253/43‑1 (MQ=255) aTGACTTAACCCAGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAAt < 1:1222872/43‑1 (MQ=255) aTGACTTAACCCAGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAAt < 1:195256/43‑1 (MQ=255) aTGACTTAACCCAGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAAt < 1:2454705/43‑1 (MQ=255) aTGACTTAACCCAGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTGTAGTTGCCAGGTTTAg > 1:1472554/1‑68 (MQ=255) aTGACTTAACCCAGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTGTAGTTGCCAGGTTTAg > 1:2256983/1‑68 (MQ=255) aTGACTTAACCCAGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTGTAGTTGCCAGGTTTAg > 1:2489775/1‑68 (MQ=255) aTGACTTAACCCAGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTGTAGTTGCCAGGTTTAg > 1:556711/1‑68 (MQ=255) aTGACTTAACCCAGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTGTAGTTGCCAGGTTTAg > 1:544649/1‑68 (MQ=255) aTGACTTAACCCAGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTGTAGTTGCCAGGTTTAg > 1:2624823/1‑68 (MQ=255) aTGACTTAACCCAGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTGTAGTTGCCAGGTTTAg > 1:1529189/1‑68 (MQ=255) aTGACTTAACCCAGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTGTAGTTGCCAGGTTTAg > 1:272885/1‑68 (MQ=255) aTGACTTAACCCAGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTGTAGTTGCCAGGTTTAg > 1:2073351/1‑68 (MQ=255) aTGACTTAACCCAGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTGTAGTTGCCAGGTTTAg > 1:2828706/1‑68 (MQ=255) aTGACTTAACCCAGAGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAAt < 1:2460721/43‑1 (MQ=255) tGACTTAACCCAGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAAt < 1:478124/42‑1 (MQ=255) | CCAGTATGCGCCGTGCTGCCCTTACCGCTGACGGCATGACTTAACCCAGCGAGAATTAAGCCGTCTTTATCGCGTAATGTCAGATTGTAGTTGCCAGGTTTAG > minE/1459982‑1460084 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |