| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,472,815 | C→G | 24.6% | T133T (ACC→ACG) | nrdA → | ribonucleoside diphosphate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,472,815 | 0 | C | G | 24.6% | 160.5 / 48.3 | 101 | T133T (ACC→ACG) | nrdA | ribonucleoside diphosphate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/52); new base G (6/19); total (30/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
TACGATAATCATCTGCTGGAAGACTACACGGAAGAAGAGTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTCTCTTATGCTGCCGTTAAGCAGCTGGAAGGCAAATA > minE/1472759‑1472880 | tACGATAATCATCTGCTGGAAGACTACACGGAAGAAGAGTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCAc > 1:2570055/1‑69 (MQ=255)tACGATAATCATCTGCTGGAAGACTACACGGAAGAAGAGTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCAc > 1:107659/1‑69 (MQ=255) atcatcTGCTGGAAGACTACACGGAAGAAGAGTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTg < 1:1853616/69‑1 (MQ=255) atcatcTGCTGGAAGACTACACGGAAGAAGAGTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTg < 1:3273624/69‑1 (MQ=255) catcTGCTGGAAGACTACACGGAAGAAGAGTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTGa < 1:1537703/68‑1 (MQ=255) atcTGCTGGAAGACTACACGGAAGAAGAGTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACg > 1:2805346/1‑60 (MQ=255) atcTGCTGGAAGACTACACGGAAGAAGAGTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTGat > 1:1016462/1‑68 (MQ=255) atcTGCTGGAAGACTACACGGAAGAAGAGTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTGat > 1:2129097/1‑68 (MQ=255) atcTGCTGGAAGACTACACGGAAGAAGAGTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTGat > 1:2058816/1‑68 (MQ=255) atcTGCTGGAAGACTACACGGAAGAAGAGTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTGat > 1:2820015/1‑68 (MQ=255) atcTGCTGGAAGACTACACGGAAGAAGAGTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTGat > 1:2842300/1‑68 (MQ=255) atcTGCTGGAAGACTACACGGAAGAAGAGTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTGat > 1:2917597/1‑68 (MQ=255) atcTGCTGGAAGACTACACGGAAGAAGAGTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTGat > 1:3105639/1‑68 (MQ=255) atcTGCTGGAAGACTACACGGAAGAAGAGTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTGat > 1:348339/1‑68 (MQ=255) atcTGCTGGAAGACTACACGGAAGAAGAGTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTGat > 1:853779/1‑68 (MQ=255) atcTGCTGGAAGACTACACGGAAGAAGAGTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCCATCACGACCGTGat > 1:1999722/1‑68 (MQ=255) ggAAGACTACACGGAAGAAGAGTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTGa < 1:906596/60‑1 (MQ=255) ggAAGACTACACGGAAGAAGAGTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTGa < 1:1066799/60‑1 (MQ=255) ggAAGACTACACGGAAGAAGAGTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCt < 1:2254720/68‑1 (MQ=255) ggAAGACTACACGGAAGAAGAGTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACAGTGa < 1:3367672/60‑1 (MQ=255) gAAGACTACACGGAAGAAGAGTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTGa < 1:346478/59‑1 (MQ=255) gACTACACGGAAGAAGAGTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTctct < 1:1970152/69‑1 (MQ=255) gACTACACGGAAGAAGAGTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTctct < 1:3216341/69‑1 (MQ=255) gACTACACGGAAGAAGAGTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTctct < 1:2836205/69‑1 (MQ=255) aCTACACGGAAGAAGAGTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTGa < 1:2178525/55‑1 (MQ=255) aCTACACGGAAGAAGAGTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCt < 1:2915776/63‑1 (MQ=255) aCTACACGGAAGAAGAGTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTctct < 1:2403132/68‑1 (MQ=255) aCTACACGGAAGAAGAGTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTctct < 1:293091/68‑1 (MQ=255) aCTACACGGAAGAAGAGTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTctct < 1:64164/68‑1 (MQ=255) aCTACACGGAAGAAGAGTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTctct < 1:3332969/68‑1 (MQ=255) aCTACACGGAAGAAGAGTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTctct < 1:131312/68‑1 (MQ=255) aCTACACGGAAGAAGAGTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTctct < 1:2112962/68‑1 (MQ=255) aCTACACGGAAGAAGAGTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTctct < 1:2484345/68‑1 (MQ=255) tACACGGAAGAAGAGTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTCTCTTAt > 1:756975/1‑69 (MQ=255) cacGGAAGAAGAGTTCAAGCAGATGGACACGTTTATCGATCACGACCGTGATATGa > 1:2235005/1‑56 (MQ=255) cacGGAAGAAGAGTTCAAGCAGATGGACACGTTTATCGATCACGACCGTGATATGa > 1:1034554/1‑56 (MQ=255) cacGGAAGAAGAGTTCAAGCAGATGGACACGTTTATCGATCACGACCGTGATATGa > 1:708696/1‑56 (MQ=255) cacGGAAGAAGAGTTCAAGCAGATGGACACGTTTATCGATCACGACCGTGATATGa > 1:68099/1‑56 (MQ=255) cacGGAAGAAGAGTTCAAGCAGATGGACACGTTTATCGATCACGACCGTGATATGa > 1:3004160/1‑56 (MQ=255) cacGGAAGAAGAGTTCAAGCAGATGGACACGTTTATCGATCACGACCGTGATATGa > 1:3355320/1‑56 (MQ=255) cacGGAAGAAGAGTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCt < 1:9071/59‑1 (MQ=255) cacGGAAGAAGAGTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTctct < 1:1253030/64‑1 (MQ=255) ggAAGAAGAGTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTctct < 1:1014991/61‑1 (MQ=255) agaagaTTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTGa < 1:76807/45‑1 (MQ=255) aagaGTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTGa < 1:1088127/43‑1 (MQ=255) aagaGTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTctct < 1:3296179/56‑1 (MQ=255) aagaGTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTCTCTTATGCTGCCGTTa < 1:841297/69‑1 (MQ=255) aagaGTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTCTCTTATGCTGCCGTTa < 1:1664603/69‑1 (MQ=255) aagaGTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTCTCTTATGCTGCCGTTa < 1:3132890/69‑1 (MQ=255) aagaGTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTCTCTTATGCTGCCGTTa < 1:3318221/69‑1 (MQ=255) aagaGTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTCTCTTATGCTGCCGTTa < 1:1330253/69‑1 (MQ=255) aagaGTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTCTCTTATGCTGCCGTTa < 1:1207037/69‑1 (MQ=255) aagaGTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTCTCTTATGCTGCCGTTa < 1:845272/69‑1 (MQ=255) gagTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTCTCTTATGCTGCCGTTa > 1:652723/1‑67 (MQ=255) agTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGAc < 1:121575/35‑1 (MQ=255) tCAAGCAGATGGACACGTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTCTCTTATGCTGCCGTTAagcagc < 1:2287295/69‑1 (MQ=255) tCAAGCAGATGGACACGTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTCTCTTATGCTGCCGTTAagcagc < 1:694155/69‑1 (MQ=255) tCAAGCAGATGGACACGTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTCTCTTATGCTGCCGTTAagcagc < 1:1593566/69‑1 (MQ=255) tCAAGCAGATGGACACGTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTCTCTTATGCTGCCGTTAagcagc < 1:2980955/69‑1 (MQ=255) tCAAGCAGATGGACACGTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTCTCTTATGCTGCCGTTAagcagc < 1:2918968/69‑1 (MQ=255) tCAAGCAGATGGACACGTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTCTCTTATGCTGCCGTTAagcagc < 1:1700221/69‑1 (MQ=255) tCAAGCAGATGGACACGTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTCTCTTATGCTGCCGTTAagcagc < 1:1833490/69‑1 (MQ=255) tCAAGCAGATGGACACGTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTCTCTTATGCTGCCGTTAagcagc < 1:2796912/69‑1 (MQ=255) tCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTctct < 1:2426942/50‑1 (MQ=255) cAAGCAGATGGACACGTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTCTCTTATGCTGCCGTTAagcagc < 1:3313698/68‑1 (MQ=255) cAAGCAGATGGACACGTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTCTCTTATGCTGCCGTTAagcagc < 1:645294/68‑1 (MQ=255) cAAGCAGATGGACACGTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTCTCTTATGCTGCCGTTAagcagc < 1:358766/68‑1 (MQ=255) cAAGCAGATGGACACGTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTCTCTTATGCTGCCGTTAagcagc < 1:1542081/68‑1 (MQ=255) cAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTGATATGAcc > 1:2122652/1‑43 (MQ=255) cAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTGATATGAcc > 1:123294/1‑43 (MQ=255) cAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTGATATGAcc > 1:1958336/1‑43 (MQ=255) cAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTGATATGAcc > 1:2421377/1‑43 (MQ=255) cAAGCAGATAGACACCTTTATCGATCACGACCGTGATATGAcc > 1:258241/1‑43 (MQ=255) gCAGATGTACACGTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTCTCTTATGCTGCCGTTAagcagc < 1:3148682/65‑1 (MQ=255) gCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCt < 1:2641856/41‑1 (MQ=255) cAGATGGACACGTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTCTCTTATGCTGCCGTTAagcagc < 1:3033654/64‑1 (MQ=255) cAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCt < 1:598515/40‑1 (MQ=255) aTGGACACGTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTCTCTTATGCTGCCGTTAagcagc < 1:2198052/61‑1 (MQ=255) cacGTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTCTCTTATGCTGCCGTTAagcagc < 1:2789909/56‑1 (MQ=255) cacGTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTCTCTTATGCTGCCGTTAagcagc < 1:2087513/56‑1 (MQ=255) cacGTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTCTCTTATGCTGCCGTTAagcagc < 1:2483768/56‑1 (MQ=255) cacCTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTctct < 1:1491427/37‑1 (MQ=255) cacCTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTctct < 1:1811150/37‑1 (MQ=255) cacCTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTCTCTTATGCTGCCGTTAAGCAGCTGGAAGGCAAata > 1:1068041/1‑69 (MQ=255) cacCTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTCTCTTATGCTGCCGTTAAGCAGCTGGAAGGCAAata > 1:509853/1‑69 (MQ=255) cacCTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTCTCTTATGCTGCCGTTAAGCAGCTGGAAGGCAAata > 1:2832476/1‑69 (MQ=255) cacCTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTCTCTTATGCTGCCGTTAAGCAGCTGGAAGGCAAata > 1:1898215/1‑69 (MQ=255) cacCTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTCTCTTATGCTGCCGTTAAGCAGCTGGAAGGCAAat < 1:665327/68‑1 (MQ=255) cacCTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTCTCTTATGCTGCCGTTAAGCAGCTGGAAGGCAAat < 1:1709115/68‑1 (MQ=255) cacCTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTCTCTTATGCTGCCGTTAAGCAGCTGGAAGGCAAat < 1:1046291/68‑1 (MQ=255) cacCTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTCTCTTATGCTGCCGTTAAGCAGCTGGAAGGCAAat < 1:1107962/68‑1 (MQ=255) cacCTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTCTCTTATGCTGCCGTTAAGCAGCTGGAAGGCAAat < 1:118885/68‑1 (MQ=255) cacCTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTCTCTTATGCTGCCGTTAAGCAGCTGGAAGGCAAat < 1:2715778/68‑1 (MQ=255) cacCTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTCTCTTATGCTGCCGTTAAGCAGCTGGAAGGCAAat < 1:195515/68‑1 (MQ=255) cacCTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTCTCTTATGCTGCCGTTAAGCAGCTGGAAGGCAAat < 1:1577159/68‑1 (MQ=255) cacCTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTCTCTTATGCTGCCGTTAAGCAGCTGGAAGGCAAat < 1:3230097/68‑1 (MQ=255) cacCTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTCTCTTATGCTGCCGTTAAGCAGCTGGAAGGCAAat < 1:325912/68‑1 (MQ=255) cacCTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTCTCTTATGCTGCCGTTAAGCAGCTGGAAGGCAAat < 1:1209771/68‑1 (MQ=255) cacCTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTCTCTTATGCTGCCGTTAAGCAGCTGGAAGGCAAat < 1:2773751/68‑1 (MQ=255) cacCTTTATCGAGCACGACCGTGATATGACCTTctct < 1:2398895/37‑1 (MQ=255) | TACGATAATCATCTGCTGGAAGACTACACGGAAGAAGAGTTCAAGCAGATGGACACCTTTATCGATCACGACCGTGATATGACCTTCTCTTATGCTGCCGTTAAGCAGCTGGAAGGCAAATA > minE/1472759‑1472880 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |