| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 21,472 | C→T | 59.1% | R468R (CGC→CGT) | ileS → | isoleucyl‑tRNA synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 21,472 | 0 | C | T | 59.1% | 30.1 / 63.1 | 88 | R468R (CGC→CGT) | ileS | isoleucyl‑tRNA synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (10/26); new base T (20/32); total (30/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.75e-01 | |||||||||||
GACTGGGGCCAGGCGCGTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTTG > minE/21404‑21539 | gACTGGGGCCAGGCGCGTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAgcgc < 1:347637/69‑1 (MQ=255)gACTGGGGCCAGGCGCGTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAgcgc < 1:467211/69‑1 (MQ=255) gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:2567171/69‑1 (MQ=38) gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:3176928/69‑1 (MQ=38) gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:2912528/69‑1 (MQ=38) gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:1675637/69‑1 (MQ=38) gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:2782573/69‑1 (MQ=38) gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:1802046/69‑1 (MQ=38) gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:1817947/69‑1 (MQ=38) gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:3202012/69‑1 (MQ=38) gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:1840875/69‑1 (MQ=38) gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:249041/69‑1 (MQ=38) gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:1886328/69‑1 (MQ=38) gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:2409932/69‑1 (MQ=38) gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:2234142/69‑1 (MQ=38) gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:2224736/69‑1 (MQ=38) gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:21258/69‑1 (MQ=38) gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:658816/69‑1 (MQ=38) gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:1046239/69‑1 (MQ=38) gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:928334/69‑1 (MQ=38) gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:1086622/69‑1 (MQ=38) gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:1104551/69‑1 (MQ=38) gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:871391/69‑1 (MQ=38) gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:1143012/69‑1 (MQ=38) gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:817050/69‑1 (MQ=38) gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:1159921/69‑1 (MQ=38) gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:590913/69‑1 (MQ=38) gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:408499/69‑1 (MQ=38) gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:3428798/69‑1 (MQ=38) gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:1324655/69‑1 (MQ=38) gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:3335066/69‑1 (MQ=38) gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTAcc < 1:237135/69‑1 (MQ=255) gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTAcc < 1:277849/69‑1 (MQ=255) gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTAcc < 1:2899545/69‑1 (MQ=255) gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTAcc < 1:2152460/69‑1 (MQ=255) gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTAcc < 1:1630927/69‑1 (MQ=255) gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTAcc < 1:119269/69‑1 (MQ=255) gcgTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGATGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTAcc < 1:1292905/69‑1 (MQ=255) gcgAATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:105765/69‑1 (MQ=37) tCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGt < 1:2067886/69‑1 (MQ=255) tCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGt < 1:3089452/69‑1 (MQ=255) tCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGt < 1:932446/69‑1 (MQ=255) tCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGt < 1:1764199/69‑1 (MQ=255) tCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGt < 1:2260690/69‑1 (MQ=255) tCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGt < 1:1839570/69‑1 (MQ=255) tCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGt < 1:2818039/69‑1 (MQ=255) gAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:1875960/62‑1 (MQ=37) gAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCt > 1:2134487/1‑52 (MQ=255) gAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTc > 1:1445910/1‑68 (MQ=255) gAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCa > 1:2966220/1‑69 (MQ=255) gAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCa > 1:547309/1‑69 (MQ=255) gAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCa > 1:1157099/1‑69 (MQ=255) gAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCa > 1:1134596/1‑69 (MQ=255) gTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCAc < 1:987523/68‑1 (MQ=255) gTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCAc < 1:2783944/68‑1 (MQ=255) gTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCAc < 1:3377562/68‑1 (MQ=255) gTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCAc < 1:426680/68‑1 (MQ=255) gTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCAc < 1:903318/68‑1 (MQ=255) gTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCAc < 1:959689/68‑1 (MQ=255) gTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCAc < 1:277016/68‑1 (MQ=255) gTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCAc < 1:2189033/68‑1 (MQ=255) gTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCAc < 1:2369488/68‑1 (MQ=255) gTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCAc < 1:1022809/68‑1 (MQ=255) gCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTAcc > 1:1996757/1‑39 (MQ=21) gCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGca > 1:2072655/1‑68 (MQ=38) gCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGca > 1:743010/1‑68 (MQ=38) gCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGca > 1:730264/1‑68 (MQ=38) gCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGca > 1:2408248/1‑68 (MQ=38) gCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGca > 1:1297247/1‑68 (MQ=38) gCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGca > 1:1321058/1‑68 (MQ=38) gCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGca > 1:2494989/1‑68 (MQ=38) gCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGca > 1:1437593/1‑68 (MQ=38) gCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGca > 1:1440830/1‑68 (MQ=38) gCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGca > 1:3160688/1‑68 (MQ=38) gCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGca > 1:32420/1‑68 (MQ=38) gCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGca > 1:3102914/1‑68 (MQ=38) gCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGca > 1:307206/1‑68 (MQ=38) gCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGca > 1:2703630/1‑68 (MQ=38) gCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGca > 1:1512637/1‑68 (MQ=38) gCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGca > 1:2760420/1‑68 (MQ=38) gCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGca > 1:2910066/1‑68 (MQ=38) gCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGc > 1:2689967/1‑67 (MQ=38) gCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCTCCTCAGCGTACCTGGGGCGTGCCGATGTCACTGTTCGTGc > 1:2661162/1‑67 (MQ=255) aaCCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACaaa < 1:1163101/69‑1 (MQ=255) tCCTGACTGGTGTATCTCTCGTCAGCGTACCTGGGGCGTGcc < 1:1921995/42‑1 (MQ=18) cTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCAc < 1:1926143/48‑1 (MQ=255) tctcCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATc > 1:1753556/1‑69 (MQ=255) tctcCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATc > 1:2161995/1‑69 (MQ=255) tctcCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATc > 1:2339801/1‑69 (MQ=255) tctcCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATc > 1:1158733/1‑69 (MQ=255) cACCTGGGGTGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTTg < 1:2429531/68‑1 (MQ=255) | GACTGGGGCCAGGCGCGTATCGAGTCGATGGTTGCTAACCGTCCTGACTGGTGTATCTCCCGTCAGCGCACCTGGGGTGTACCGATGTCACTGTTCGTGCACAAAGACACGGAAGAGCTGCATCCGCGTACCCTTG > minE/21404‑21539 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |