| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,483,604 | T→C | 38.8% | L178L (TTA→CTA) | glpC → | sn‑glycerol‑3‑phosphate dehydrogenase (anaerobic), small subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,483,604 | 0 | T | C | 38.8% | 22.9 / 34.0 | 54 | L178L (TTA→CTA) | glpC | sn‑glycerol‑3‑phosphate dehydrogenase (anaerobic), small subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/14); new base C (4/17); total (23/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.02e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.86e-01 | |||||||||||
TAAAGACCAGGTCGCTTTCTTTCACGGCTGCTTCGTTAACTACAACCATCCGCAGTTAGGTAAAGATTTAATTAAAGTGCTCAACGCAATGGGTACCGGTGTACAACTGCTCAGCAAAGAAA > minE/1483549‑1483670 | taAAGACCAGGTCGCTTTCTTTCACGGCTGCTTCGTTAACTACAACCATCCGCAGTTAGGTAAAGAttt > 1:196454/1‑69 (MQ=255)taAAGACCAGGTCGCTTTCTTTAACGGCTGCTTCGTTAACTACAACCATCCGCAGTTAGGTAAAGAttt > 1:2021230/1‑69 (MQ=255) cGCTTTCTTTCACGGCTGCTTCGTTAACTACAACCATCCGCAGTTAGGTAAAGATTTAATTAAAGTGc > 1:1179022/1‑68 (MQ=255) cGCTTTCCTTCACGGCTGCTTCGTTAACTACAACCATCCGCAGTTAGGTAAAGATTTAATTAAAGTGc > 1:1371909/1‑68 (MQ=255) tttctttcACGGCTGCTTCGTTAACTACAACCATCCGCAGCTAGGCAAAGATTTAATTAAAGTGc > 1:2057252/1‑65 (MQ=255) tttctttcACGGCTGCTTCGTTAACTACAACCATCCGCAGCTAGGCAAAGATTTAATTAAAGTGc > 1:60446/1‑65 (MQ=255) tttctttcACGGCTGCTTCGTTAACTACAACCATCCGCAGCTAGGCAAAGATTTAATTAAAGTGc > 1:1502421/1‑65 (MQ=255) tttctttcACGGCTGCTTCGTTAACTACAACCATCCGCAGCTAGGCAAAGATTTAATTAAAGTGc > 1:504165/1‑65 (MQ=255) tttcACGGCTGCTTCGTTAACTACAACCATCCGCAGTTAGGTAAAGATTTAATTAAAGTGCTCAACGc < 1:991563/68‑1 (MQ=255) tttcACGGCTGCTTCGTTAACTACAACCATCCGCAGTTAGGTAAAGATTTAATTAAAGTGCTCAACGc < 1:2075198/68‑1 (MQ=255) tttcACGGCTGCTTCGTTAACTACAACCATCCGCAGTTAGGTAAAGATTTAATTAAAGTGCTCAACGc < 1:1786442/68‑1 (MQ=255) tttcACGGCTGCTTCGTTAACTACAACCATCCGCAGTTAGGTAAAGATTTAATTAAAGTGCTCAACGc < 1:1774358/68‑1 (MQ=255) tttcACGGCTGCTTCGTTAACTACAACCATCCGCAGTTAGGTAAAGATTTAATTAAAGTGCTCAACGc < 1:3308311/68‑1 (MQ=255) tttcACGGCTGCTTCGTTAACTACAACCATCCGCAGTTAGGTAAAGATTTAATTAAAGTGCTCAACGc < 1:58547/68‑1 (MQ=255) tttcACGGCTGCTTCGTTAACTACAACCATCCGCAGTTAGGTAAAGATTTAATTAAAGTGCTCAACGc < 1:1337307/68‑1 (MQ=255) tcACGGCTGCTTCGTTAACTACAACCATCCGCAGTTAGGTAAAGATttaatta > 1:3241588/1‑53 (MQ=255) tcACGGCTGCTTCGTTAACTACAACCATCCGCAGTTAGGTAAAGATttaatta > 1:132604/1‑53 (MQ=255) tcACGGCTGCTTCGTTAACTACAACCATCCGCAGTTAGGTAAAGATttaatta > 1:313229/1‑53 (MQ=255) tcACGGCTGCTTCGTTAACTACAACCATCCGCAGTTAGGTAAAGATttaatta > 1:667898/1‑53 (MQ=255) tcACGGCTGCTTCGTTAACTACAACCATCCGCAGTTAGGTAAAGATttaatta > 1:671928/1‑53 (MQ=255) tcACGGCTGCTTCGTTAACTACAACCATCCGCAGTTAGGTAAAGATttaatta > 1:840736/1‑53 (MQ=255) tcACGGCTGCTTCGTTAACTACAACCATCCGCAGTTAGGTAAAGATttaatta > 1:2588336/1‑53 (MQ=255) tcACGGCTGCTTCGTTAACTACAACCATACGCAGTTAGGTAAAGATttaatta > 1:305104/1‑53 (MQ=255) tCGTTAACTACAACCATCCGTAGCTAGGCAAAGATTTAATTAAAGTGCTCAACGCGATGGGTACCGgtg < 1:254163/69‑1 (MQ=255) tCGTTAACTACAACCATCCGCAGCTAGGCAAAGATTTAATTAAAGTGCTCAACGCGATGTGTACCGgtg < 1:2879903/69‑1 (MQ=255) tCGTTAACTACAACCATCCGCAGCTAGGCAAAGATTTAATTAAAGTGCTCAACGCGATGGGTACCGgtg < 1:2388475/69‑1 (MQ=255) tCGTTAACTACAACCATCCGCAGCTAGGCAAAGATTTAATTAAAGTGCTCAACGCGATGGGTACCGgtg < 1:2523491/69‑1 (MQ=255) tCGTTAACTACAACCATCCGCAGCTAGGCAAAGATTTAATTAAAGTGCTCAACGCGATGGGTACCGgtg < 1:1897036/69‑1 (MQ=255) tCGTTAACTACAACCATCCGCAGCTAGGCAAAGATTTAATTAAAGTGCTCAACGCGATGGGTACCGgtg < 1:3130724/69‑1 (MQ=255) tCGTTAACTACAACCATCCGCAGCTAGGCAAAGATTTAATTAAAGTGCTCAACGCGATGGGTACCGgtg < 1:1854527/69‑1 (MQ=255) tCGTTAACTACAACCATCCGCAGCTAGGCAAAGATTTAATTAAAGTGCTCAACGCGATGGGTACCGgtg < 1:934841/69‑1 (MQ=255) tCGTTAACTACAACCATCCGCAGCTAGGCAAAGATTTAATTAAAGTGCTCAACGCGATGGGTACCGgtg < 1:3152756/69‑1 (MQ=255) tCGTTAACTACAACCATCCGCAGCTAGGCAAAGATTTAATTAAAGTGCTCAACGCGATGGGTACCGgtg < 1:92955/69‑1 (MQ=255) tCGTTAACTACAACCATCCGCAGCTAGGCAAAGATTTAATTAAAGTGCTCAACGCGATGGGTACCGgtg < 1:1203285/69‑1 (MQ=255) tCGTTAACTACAACCATCCGCAGCTAGGCAAAGATTTAATTAAAGTGCTCAACGCGATGGGTACCGgtg < 1:1605355/69‑1 (MQ=255) tCGTTAACTACAACCATCCGCAGCTAGGCAAAGATTTAATTAAAGTGCTCAACGCGATGGGTACCGgtg < 1:716895/69‑1 (MQ=255) tCGTTAACTACAACCATCCGCAGCTAGGCAAAGATTTAATTAAAGTGCTCAACGCGATGGGTACCGgtg < 1:1282679/69‑1 (MQ=255) tCGTTAACTACAACCATCCGCAGCTAGGCAAAGATTTAATTAAAGTGCTCAACGCGATGGGTACCGgtg < 1:407469/69‑1 (MQ=255) tCGTTAACTACAACCATCCGCAGCTAGGCAAAGATTTAATTAAAGTGCTCAACGCGATGGGTACCGgtg < 1:616212/69‑1 (MQ=255) tCGTTAACTACAACCATCCGCAGCTAGGCAAAGATTTAATTAAAGTGCTCAACGCGATGGGTACCGgtg < 1:583793/69‑1 (MQ=255) cAACCATCCGCAGTTAGGTAAAGATTTAATTAAAGTGCTCAACGCa > 1:1116641/1‑46 (MQ=255) cAACCATCCGCAGTTAGGTAAAGATTTAATTAAAGTGCTCAACGCAATGGGTACCGGTGTACAACTg > 1:1315227/1‑67 (MQ=255) cAACCATCCGCAGTTAGGTAAAGATTTAATTAAAGTGCTCAACGCAATGGGTACCGGTGTACAACTg > 1:3372386/1‑67 (MQ=255) cAACCATCCGCAGTTAGGTAAAGATTTAATTAAAGTGCTCAACGCAATGGGTACCGGTGTACAACTg > 1:1236534/1‑67 (MQ=255) cAACCATCCGCAGTTAGGTAAAGATTTAATTAAAGTGCTCAACGCAATGGGTACCGGTGTACAACTg > 1:317459/1‑67 (MQ=255) cGCAGTTAGGTAAAGATTTAATTAAAGTGCTCAACGCAATGGGTACCGGTGTACAACTGCTCAGCaaa > 1:61656/1‑68 (MQ=255) cGCAGTTAGGTAAAGATTTAATTAAAGTGCTCAACGCAATGGGTACCGGTGTACAACTGCTCAGCaaa > 1:3150327/1‑68 (MQ=255) aGTTAGGTAAAGATTTAATTAAAGTGCTCAACGCAATGGGTACCGGTGTACAACTGCTCAGCAAAGaaa < 1:1394232/69‑1 (MQ=255) aGTTAGGTAAAGATTTAATTAAAGTGCTCAACGCAATGGGTACCGGTGTACAACTGCTCAGCAAAGaaa < 1:1533599/69‑1 (MQ=255) aGTTAGGTAAAGATTTAATTAAAGTGCTCAACGCAATGGGTACCGGTGTACAACTGCTCAGCAAAGaaa < 1:621828/69‑1 (MQ=255) aGTTAGGTAAAGATTTAATTAAAGTGCTCAACGCAATGGGTACCGGTGTACAACTGCTCAGCAAAGaaa < 1:3335070/69‑1 (MQ=255) aGTTAGGTAAAGATTTAATTAAAGTGCTCAACGCAATGGGTACCGGTGTACAACTGCTCAGCAAAGaaa < 1:72677/69‑1 (MQ=255) aGTTAGGTAAAGATTTAATTAAAGTGCTCAACGCAATGGGTACCGGTGTACAACTGCTCAGCAAAGaaa < 1:1679626/69‑1 (MQ=255) aGTTAGGTAAAGATTTAATTAAAGTGCTCAACGCAATGGGTACCGGTGTACAACTGCTCAGCAAAGaaa < 1:1010980/69‑1 (MQ=255) | TAAAGACCAGGTCGCTTTCTTTCACGGCTGCTTCGTTAACTACAACCATCCGCAGTTAGGTAAAGATTTAATTAAAGTGCTCAACGCAATGGGTACCGGTGTACAACTGCTCAGCAAAGAAA > minE/1483549‑1483670 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |