| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,486,136 | C→T | 38.6% | A392A (GCG→GCA) | nuoN ← | NADH:ubiquinone oxidoreductase, membrane subunit N |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,486,136 | 0 | C | T | 38.6% | 35.2 / 41.5 | 68 | A392A (GCG→GCA) | nuoN | NADH:ubiquinone oxidoreductase, membrane subunit N |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (32/9); new base T (16/10); total (49/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.56e-01 | |||||||||||
GTTGTGGCCATACACCCAGCACCAGTACCAACAGTGCAGAGATCAGCACAACGATACCGCCCGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGACCCGGTTGTTCCGGGGCGTGAAGATACA > minE/1486075‑1486197 | gTTGTGGCCATACACCCAGCACCAGTACCAACAGTGCAGAGATCAGCACAACGATACCGCCCGCGCTGt < 1:1978608/69‑1 (MQ=255) cccAGCACCAGTACCAACAGTGCAGAGATCAGCACAACGATACCGCCCGCGCTGTACTGCCAGTTTGAt < 1:1303478/69‑1 (MQ=255) cccAGCACCAGTACCAACAGTGCAGAGATCAGCACAACGATACCGCCCGCGCTGTACTGCCAGTTTGAt < 1:1744771/69‑1 (MQ=255) cccAGCACCAGTACCAACAGTGCAGAGATCAGCACAACGATACCGCCCGCGCTGTACTGCCAGTTTGAt < 1:1505872/69‑1 (MQ=255) ccAGCACCAGTACCAACAGTGCAGAGATCAGCACAACGATACCGCCCGCGCTGTACTGCCAGTTTGAt < 1:3020864/68‑1 (MQ=255) cAGCACCAGTACCAACAGTGCAGAGATCAGCACAACGATACCGCCCGCGCTGTACTGCCAGTTTGATgg > 1:2625313/1‑69 (MQ=255) cAGCACCAGTACCAACAGTGCAGAGATCAGCACAACGATACCGCCCGCGCTGTACTGCCAGTTTGATgg > 1:289398/1‑69 (MQ=255) aCCAGTACCAACAGTGCAGAGATCAGCACAACGATACCGCCCGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGc > 1:529442/1‑68 (MQ=255) aCCAGTACCAACAGTGCAGAGATCAGCACAACGATACCGCCCGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCa > 1:2826167/1‑69 (MQ=255) aCCAGTACCAACAGTGCAGAGATCAGCACAACGATACCGCCCGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCa > 1:2893570/1‑69 (MQ=255) aCCAGTACCAACAGTGCAGAGATCAGCACAACGATACCGCCCGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCa > 1:2996805/1‑69 (MQ=255) gCAGAGATCAGCACAACGATACCGCCCGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGACCCGgttgt > 1:3104098/1‑69 (MQ=255) gCAGAGATCAGCACAACGATACCGCCCGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGACCCGgttgt > 1:2095163/1‑69 (MQ=255) gCAGAGATCAGCACAACGATACCGCCCGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGACCCGgttgt > 1:2099119/1‑69 (MQ=255) gCAGAGATCAGCACAACGATACCGCCCGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGACCCGgttgt > 1:627019/1‑69 (MQ=255) gCAGAGATCAGCACAACGATACCGCCCGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGACCCGgttgt > 1:2254242/1‑69 (MQ=255) gCAGAGATCAGCACAACGATACCGCCCGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGACCCGgttgt > 1:1102347/1‑69 (MQ=255) gCACAGATCAGCACAACGATACCGCCCGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGACCCGgttgt > 1:2186496/1‑69 (MQ=255) aTCAGCACCACGATACCGCCTGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGACCCGGTTGTTCCgga > 1:1776244/1‑68 (MQ=255) aTCAGCACCACGATACCGCCTGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGACCCGGTTGTTCCgga > 1:2797405/1‑68 (MQ=255) aTCAGCACCACGATACCGCCTGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGACCCGGTTGTTCCgga > 1:2265813/1‑68 (MQ=255) aTCAGCACCACGATACCGCCTGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGACCCGGTTGTTCCgga > 1:261084/1‑68 (MQ=255) aTCAGCACCACGATACCGCCTGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGACCCGGTTGTTCCgga > 1:2068499/1‑68 (MQ=255) aTCAGCACCACGATACCGCCTGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGACCCGGTTGTTCCgga > 1:2398410/1‑68 (MQ=255) aTCAGCACCACGATACCGCCTGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGACCCGGTTGTTCCgga > 1:1960019/1‑68 (MQ=255) aTCAGCACCACGATACCGCCTGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGACCCGGTTGTTCCgga > 1:283781/1‑68 (MQ=255) aTCAGCACCACGATACCGCCTGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGACCCGGTTGTTCCgga > 1:1927520/1‑68 (MQ=255) aTCAGCACCACGATACCGCCTGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGACCCGGTTGTTCCgga > 1:3153318/1‑68 (MQ=255) aTCAGCACCACGATACCGCCTGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGACCCGGTTGTTCCgga > 1:140402/1‑68 (MQ=255) aTCAGCACCACGATACCGCCTGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGACCCGGTTGTTCCgga > 1:1377962/1‑68 (MQ=255) aTCAGCACCACGATACCGCCTGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGACCCGGTTGTTCCgga > 1:680999/1‑68 (MQ=255) aTCAGCACCACGATACCGCCTGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGACCCGGTTGTTCCgga > 1:1356368/1‑68 (MQ=255) aTCAGCACCACGATACCGCCTGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGACCCGGTTGTTCCgga > 1:698602/1‑68 (MQ=255) aTCAGCACCACGATACCGCCTGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGACCCGGTTGTTCCgga > 1:1031018/1‑68 (MQ=255) aTCAGCACAACGATACCGCCCGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGAcc > 1:2790645/1‑56 (MQ=255) aTCAGCACAACGATACCGCCCGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGACCCGGTTGTTCCggg > 1:2307678/1‑69 (MQ=255) aTCAGCACAACGATACCGCCCGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGACCCGGTTGTTCCggg > 1:2122330/1‑69 (MQ=255) aGCACAACGATACCGCCCGCGCTGTACTGCCAGttt > 1:122174/1‑36 (MQ=255) aGCACAACGATACCGCCCGCGCTGTACTGCCAGttt > 1:136411/1‑36 (MQ=255) aGCACAACGATACCGCCCGCGCTGTACTGCCAGttt > 1:890644/1‑36 (MQ=255) aGCACAACGATACCGCCCGCGCTGTACTGCCAGttt > 1:1760843/1‑36 (MQ=255) aGCACAACGATACCGCCCGCGCTGTACTGCCAGttt > 1:1934659/1‑36 (MQ=255) aGCACAACGATACCGCCAGCGCTGTACTGCCAGttt > 1:2514343/1‑36 (MQ=255) aCGATACCGCCTGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGAcc < 1:2405136/47‑1 (MQ=255) aCGATACCGCCTGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGAcc < 1:869200/47‑1 (MQ=255) aCGATACCGCCTGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGAcc < 1:824463/47‑1 (MQ=255) aCGATACCGCCTGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGAcc < 1:807394/47‑1 (MQ=255) aCGATACCGCCTGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGAcc < 1:1445921/47‑1 (MQ=255) aCGATACCGCCTGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGAcc < 1:2905308/47‑1 (MQ=255) aCGATACCGCCTGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGAcc < 1:2085133/47‑1 (MQ=255) aCGATACCGCCTGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGAcc < 1:2298439/47‑1 (MQ=255) aCGATACCGCCTGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGAcc < 1:2552031/47‑1 (MQ=255) aCGATACCGCCTGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGAcc < 1:1027691/47‑1 (MQ=255) aCGATACCGCCCGTGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGACCCGGTTGTTCCGGGGCGTGAAGa < 1:1526188/69‑1 (MQ=255) aCGATACCGCCCGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGACCCGGTTGTTCCGGGGCGTGaa > 1:1475391/1‑67 (MQ=255) aCGATACCGCCCGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGACCCGGTTGTTCCGGGGCGTGAAg > 1:176034/1‑68 (MQ=255) aCGATACCGCCCGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGACCCGGTTGTTCCGGGGCGTGAAGa > 1:2289706/1‑69 (MQ=255) aCGATACCGCCCGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGACCCGGTTGTTCCGGGGCGTGAAGa > 1:2491366/1‑69 (MQ=255) aCGATACCGCCCGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGACCCGGTTGTTCCGGGGCGTGAAGa < 1:2519757/69‑1 (MQ=255) aCGATACCGCCCGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGACCCGGTTGTTCCGGGGCGTGAAGa > 1:2533211/1‑69 (MQ=255) aCGATACCGCCCGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGACCCGGTTGTTCCGGGGCGTGAAGa > 1:425396/1‑69 (MQ=255) aCGATACCGCCCGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGACCCGGTTGTTCCGGGGCGTGAAGa > 1:1497097/1‑69 (MQ=255) aCGATACCGCCCGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGACCCGGTTGTTCCGGGGCGTGAAGa > 1:2729831/1‑69 (MQ=255) aCGATACCGCCCGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGACCCGGTTGTTCCGGGGCGTGAAGa < 1:1897353/69‑1 (MQ=255) aCGATACAGCCCGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGACCCGGTTGTTCCGGGGCGTGAAGa < 1:2613675/69‑1 (MQ=255) aTACCGCCCGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGACCCGGTTGTTCCGGGGCGTGAAGATAc > 1:92412/1‑69 (MQ=255) aTACCGCCCGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGACCCGGTTGTTCCGGGGCGTGAAGATAc > 1:241965/1‑69 (MQ=255) aTACCGCCCGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGACCCGGTTGTTCC‑GGGCGTGAAGATACa > 1:1501287/1‑69 (MQ=255) | GTTGTGGCCATACACCCAGCACCAGTACCAACAGTGCAGAGATCAGCACAACGATACCGCCCGCGCTGTACTGCCAGTTTGATGGTGCATCGCGACCCGGTTGTTCCGGGGCGTGAAGATACA > minE/1486075‑1486197 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |