| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,496,624 | A→G | 41.3% | D306D (GAT→GAC) | nuoF ← | NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain F |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,496,624 | 0 | A | G | 41.3% | 12.3 / 31.7 | 46 | D306D (GAT→GAC) | nuoF | NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain F |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (9/18); new base G (4/15); total (13/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGAC > minE/1496565‑1496691 | gCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGATCAAGGTgc > 1:274694/1‑69 (MQ=255) gcCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCg > 1:2404419/1‑69 (MQ=255) gcCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCg > 1:1368513/1‑69 (MQ=255) cAGACGGCTTCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGGTCAAGGTGCGCTTCGGTc > 1:2487579/1‑64 (MQ=255) cAGACGGCTTCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGGTCAAGGTGCGCTTCGGTc > 1:1389809/1‑64 (MQ=255) cAGACGGCTTCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGGTCAAGGTGCGCTTCGGTc > 1:2062758/1‑64 (MQ=255) cAGACGGCTTCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGGTCAAGGTGCGCTTCGGTc > 1:1466888/1‑64 (MQ=255) cGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGATCAAGTTGCGCTTCGGTCAGGAagtca < 1:754539/69‑1 (MQ=255) cGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAagtca < 1:970765/69‑1 (MQ=255) cGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAagtca < 1:1076894/69‑1 (MQ=255) cGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAagtca < 1:2081855/69‑1 (MQ=255) cGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAagtca < 1:275411/69‑1 (MQ=255) cGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAagtca < 1:1707553/69‑1 (MQ=255) cGGCTGACCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAagtca < 1:197740/69‑1 (MQ=255) tcccGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGGTCAAGGTGCGCTTCTGTCAGGAagt < 1:1541578/61‑1 (MQ=255) tcccGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGGTCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAagt < 1:3008105/61‑1 (MQ=255) tcccGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGGTCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAagt < 1:279890/61‑1 (MQ=255) tcccGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGGTCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAagt < 1:3256872/61‑1 (MQ=255) tcccGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGGTCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAagt < 1:717467/61‑1 (MQ=255) tcccGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGGTCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAagt < 1:2671007/61‑1 (MQ=255) tcccGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGGTCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAagt < 1:2563527/61‑1 (MQ=255) tcccGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGGTCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAagt < 1:80779/61‑1 (MQ=255) tcccGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGGTCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAagt < 1:959873/61‑1 (MQ=255) tcccGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGGTCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAagt < 1:2545291/61‑1 (MQ=255) tcccGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGGTCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAagt < 1:2210186/61‑1 (MQ=255) tcccGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGGTCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAagt < 1:2200579/61‑1 (MQ=255) tcccGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGGTCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAagt < 1:1938152/61‑1 (MQ=255) tcccGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGGTCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAagt < 1:1180462/61‑1 (MQ=255) tcccGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGGTCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAagt < 1:1784383/61‑1 (MQ=255) cGAATTCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAgg > 1:793011/1‑69 (MQ=255) cGAATTCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAgg > 1:1227701/1‑69 (MQ=255) cGAATTCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAgg > 1:3120287/1‑69 (MQ=255) cGAATTCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAgg > 1:3351218/1‑69 (MQ=255) cGAATTCCATCGGCAGATAAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCt > 1:3270497/1‑59 (MQ=255) cGAATTCCATAGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAgg > 1:1907751/1‑69 (MQ=255) gAATTCCATCGGCAGATCAAGGTGTGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAgg < 1:1113575/68‑1 (MQ=255) gAATTCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAg < 1:383185/67‑1 (MQ=255) gAATTCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAg < 1:508513/67‑1 (MQ=255) gAATTCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAg < 1:1252285/67‑1 (MQ=255) gAATTCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAg < 1:294358/67‑1 (MQ=255) gAATTCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAg < 1:2891717/67‑1 (MQ=255) gAATTCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAg < 1:2602819/67‑1 (MQ=255) aaTTCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAg < 1:113778/66‑1 (MQ=255) gATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGAc < 1:1454613/69‑1 (MQ=255) gATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGAc < 1:1871446/69‑1 (MQ=255) gATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGAc < 1:92913/69‑1 (MQ=255) | GCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGAC > minE/1496565‑1496691 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |