| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,498,221 | T→C | 60.9% | K541K (AAA→AAG) | nuoC ← | NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain C,D |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,498,221 | 0 | T | C | 60.9% | 23.6 / 31.5 | 51 | K541K (AAA→AAG) | nuoC | NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain C,D |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (6/14); new base C (20/11); total (26/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.27e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATCACCGGACCCCACGACACTTGCAGGA > minE/1498159‑1498288 | cGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTc > 1:3279031/1‑69 (MQ=255)cGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTc > 1:3290751/1‑69 (MQ=255)cGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTc > 1:459509/1‑69 (MQ=255)cGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTc > 1:1548999/1‑69 (MQ=255) ggTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAat < 1:3189673/69‑1 (MQ=255) ggTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAat < 1:233447/69‑1 (MQ=255) ggTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAat < 1:3283261/69‑1 (MQ=255) ggTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAat < 1:35375/69‑1 (MQ=255) gTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCt > 1:2632614/1‑68 (MQ=255) aTGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCCTTGGTCGcc > 1:3243695/1‑51 (MQ=255) aTGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCCTTGGTCGcc > 1:2545452/1‑51 (MQ=255) aTGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCCTTGGTCGcc > 1:2413264/1‑51 (MQ=255) aTGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCCTTGGTCGcc > 1:2128443/1‑51 (MQ=255) aTGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCCTTGGTCGcc > 1:3280777/1‑51 (MQ=255) aTGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCCTTGGTCGcc > 1:2238692/1‑51 (MQ=255) aTGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCCTTGGTCGcc > 1:2945594/1‑51 (MQ=255) aTGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCCTTGGTCGcc > 1:2194994/1‑51 (MQ=255) aTGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCCTTGGTCGcc > 1:2922336/1‑51 (MQ=255) aTGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCCTTGGTCGcc > 1:1840153/1‑51 (MQ=255) aTGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCCTTGGTCGcc > 1:470001/1‑51 (MQ=255) aTGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCCTTGGTCGcc > 1:1671261/1‑51 (MQ=255) aTGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCCTTGGTCGcc > 1:543283/1‑51 (MQ=255) aTGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCCTTGGTCGcc > 1:548708/1‑51 (MQ=255) aTGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCCTTGGTCGcc > 1:1356928/1‑51 (MQ=255) aTGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCCTTGGTCGcc > 1:134511/1‑51 (MQ=255) aTGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCCTTGGTCGcc > 1:920058/1‑51 (MQ=255) aTGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCCTTGGTCGcc > 1:1152201/1‑51 (MQ=255) aTGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCCTTGGTCGcc > 1:1059223/1‑51 (MQ=255) aTGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCCTTGGTCGc > 1:3212001/1‑50 (MQ=255) ggTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGAtt < 1:1281257/68‑1 (MQ=255) gTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCa > 1:872391/1‑69 (MQ=255) gctgcCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCAtt < 1:996985/69‑1 (MQ=255) gTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTggcagg < 1:937296/69‑1 (MQ=255) gTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTggcagg < 1:1943508/69‑1 (MQ=255) gTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTggcagg < 1:2189139/69‑1 (MQ=255) gTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTggcagg < 1:2253009/69‑1 (MQ=255) gCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTggcaggca < 1:2381354/68‑1 (MQ=255) tGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATc < 1:2782615/68‑1 (MQ=255) tGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATc < 1:1000087/68‑1 (MQ=255) cAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATc < 1:2285805/64‑1 (MQ=255) aCTGTTGATCCCCTTGGTCGCCTCAACCATCTGGAAGGATTCATTGGCAGGCATCACCGGAccc < 1:2831490/64‑1 (MQ=255) aCTGTTGATCCCCTTGGTCGCCTCAACCATCTGGAAGGATTCATTGGCAGGCATCACCGGAccc < 1:3288888/64‑1 (MQ=255) aCTGTTGATCCCCTTGGTCGCCTCAACCATCTGGAAGGATTCATTGGCAGGCATCACCGGAccc < 1:1157604/64‑1 (MQ=255) aCTGTTGATCCCCTTGGTCGCCTCAACCATCTGGAAGGATTCATTGGCAGGCATCACCGGAccc < 1:90913/64‑1 (MQ=255) aCTGTTGATCCCCTTGGTCGCCTCAACCATCTGGAAGGATTCATTGGCAGGCATCACCGGAccc < 1:139287/64‑1 (MQ=255) aCTGTTGATCCCCTTGGTCGCCTCAACCATCTGGAAGGATTCATTGGCAGGCATCACCGGAccc < 1:718315/64‑1 (MQ=255) aCTGTTGATCCCCTTGGTCGCCTCAACCATCTGGAAGGATTCATTGGCAGGCATCACCGGAccc < 1:1727856/64‑1 (MQ=255) aCTGTTGATCCCCTTGGTCGCCTCAACCATCTGGAAGGATTCATTGGCAGGCATCACCGGAccc < 1:468078/64‑1 (MQ=255) aCTGTTGATCCCCTTGGTCGCCTCAACCATCTGGAAGGATTCATTGGCAGGCATCACCGGAccc < 1:1880788/64‑1 (MQ=255) aCTGTTGATCCCCTTGGTCGCCTCAACCATCTGGAAGGATTCATTGGCAGGCATCACCGGAccc < 1:2652748/64‑1 (MQ=255) cTGTTGATCCCCTTGGTCGCCTCAACCATCTGGAAGGATTCATTGGCAGGCATCACCGGAccc < 1:469988/63‑1 (MQ=255) tttGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATCACCGGACCCCACGACACTTGCAGGa < 1:499200/68‑1 (MQ=255) tttGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATCACCGGACCCCACGACACTTGCAGGa < 1:1611719/68‑1 (MQ=255) tttGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATCACCGGACCCCACGACACTTGCAGGa < 1:1560417/68‑1 (MQ=255) tttGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATCACCGGACCCCACGACACTTGCAGGa < 1:736018/68‑1 (MQ=255) tttGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATCACCGGACCCCACGACACTTGCAGGa < 1:871184/68‑1 (MQ=255) tttGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATCACCGGACCCCACGACACTTGCAGGa < 1:2699369/68‑1 (MQ=255) | CGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATCACCGGACCCCACGACACTTGCAGGA > minE/1498159‑1498288 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |