| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,502,921 | G→A | 51.6% | intergenic (‑294/‑626) | lrhA ← / → yfbQ | DNA‑binding transcriptional repressor/predicted aminotransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,502,921 | 0 | G | A | 51.6% | ‑0.3 / 115.5 | 124 | intergenic (‑294/‑626) | lrhA/yfbQ | DNA‑binding transcriptional repressor/predicted aminotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (16/44); new base A (15/49); total (31/93) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.78e-01 | |||||||||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
TATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACCAACAGCAATGGTGAGGCGGCATCAAGAGCAGGGA > minE/1502866‑1502986 | tATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATTTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCt < 1:2030665/66‑1 (MQ=255)tATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCt < 1:2945612/66‑1 (MQ=255)tATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCt < 1:2501277/66‑1 (MQ=255)tATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCt < 1:2584028/66‑1 (MQ=255)tATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCt < 1:13260/66‑1 (MQ=255)tATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCt < 1:1255335/66‑1 (MQ=255)tATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCt < 1:3117418/66‑1 (MQ=255)tATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCt < 1:1126558/66‑1 (MQ=255)tATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGt < 1:964897/69‑1 (MQ=255)tATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGt < 1:843510/69‑1 (MQ=255)tATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGt < 1:968938/69‑1 (MQ=255)tATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGt < 1:2108206/69‑1 (MQ=255)tATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGt < 1:1641225/69‑1 (MQ=255)tATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGt < 1:1369342/69‑1 (MQ=255)tATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGt < 1:1866882/69‑1 (MQ=255)tATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGt < 1:508418/69‑1 (MQ=255) gACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGTCa < 1:3294754/68‑1 (MQ=255) gACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGTCa < 1:508580/68‑1 (MQ=255) gACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGTCa < 1:2228111/68‑1 (MQ=255) 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1:988073/1‑68 (MQ=255) tgtaaatgtGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACCAACAGc < 1:2637792/68‑1 (MQ=255) tgtaaatgtGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACCAACAGc < 1:105159/68‑1 (MQ=255) tgtaaatgtGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACCAACAGc < 1:1778542/68‑1 (MQ=255) aatgtGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACCAACAGCAATg < 1:2185477/68‑1 (MQ=255) aatgtGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACCAACAGCAATg < 1:1336625/68‑1 (MQ=255) attCCTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAGCAATGGTGAggc < 1:3285466/67‑1 (MQ=255) aGTCCTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAGCAATGGTGAggc < 1:233715/69‑1 (MQ=255) aGTCCTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAGCAATGGTGAggc < 1:1530624/69‑1 (MQ=255) aGTCCTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAGCAATGGTGAggc < 1:508096/69‑1 (MQ=255) aGTCCTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAGCAATGGTGAggc < 1:1496837/69‑1 (MQ=255) aGTCCTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAGCAATGGTGAggc < 1:1623513/69‑1 (MQ=255) aGTCCTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAGCAATGGTGAggc < 1:1752861/69‑1 (MQ=255) aGTCCTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAGCAATGGTGAggc < 1:773265/69‑1 (MQ=255) aGTCCTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAGCAATGGTGAggc < 1:2895999/69‑1 (MQ=255) aGTCCTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAGCAATGGTGAggc < 1:2824856/69‑1 (MQ=255) aGTCCTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAGCAATGGTGAggc < 1:2571485/69‑1 (MQ=255) aGTCCTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAGCAATGGTGAggc < 1:2128752/69‑1 (MQ=255) aGTCCTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAGCAATGGTGAggc < 1:2685445/69‑1 (MQ=255) aGTCCTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAGCAATGGTGAggc < 1:1124778/69‑1 (MQ=255) gTCCTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAGCAATGGTGAggc < 1:2842402/68‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |