| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,505,057 | C→T | 65.4% | A70A (GCC→GCT) | yfbR → | deoxyribonucleoside 5'‑monophosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,505,057 | 0 | C | T | 65.4% | 91.3 / 77.0 | 130 | A70A (GCC→GCT) | yfbR | deoxyribonucleoside 5'‑monophosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (29/16); new base T (37/48); total (66/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.76e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
AATCGAAAATTTGGCGGTAATGTCAACGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATGCCTCAGAAGTGCTCACCGGCGATCTCCCTACTCCGGTGAAATACTTCAATTCGCAAATCGCTCAGG > minE/1504992‑1505121 | aaTCGTAAATTTGGCGGTAATGTCAACGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATGCTTCa < 1:1205227/69‑1 (MQ=255)aaTCGTAAATTTGGCGGTAATGTCAACGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATGCTTCa < 1:1601919/69‑1 (MQ=255)aaTCGTAAATTTGGCGGTAATGTCAACGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATGCTTCa < 1:373673/69‑1 (MQ=255)aaTCGTAAATTTGGCGGTAATGTCAACGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATGCTTCa < 1:51333/69‑1 (MQ=255)aaTCGTAAATTTGGCGGTAATGTCAACGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATGCTTCa < 1:1700027/69‑1 (MQ=255)aaTCGTAAATTTGGCGGTAATGTCAACGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATGCTTCa < 1:766900/69‑1 (MQ=255)aaTCGTAAATTTGGCGGTAATGTCAACGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATGCTTCa < 1:3423915/69‑1 (MQ=255)aaTCGTAAATTTGGCGGTAATGTCAACGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATGCTTCa < 1:1287381/69‑1 (MQ=255)aaTCGTAAATTTGGCGGTAATGTCAACGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATGCTTCa < 1:1950620/69‑1 (MQ=255)aaTCGTAAATTTGGCGGTAATGTCAACGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATGCTTCa < 1:1993614/69‑1 (MQ=255)aaTCGTAAATTTGGCGGTAATGTCAACGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATGCTTCa < 1:3323342/69‑1 (MQ=255)aaTCGTAAATTTGGCGGTAATGTCAACGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATGCTTCa < 1:2118655/69‑1 (MQ=255)aaTCGTAAATTTGGCGGTAATGTCAACGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATGCTTCa < 1:2329629/69‑1 (MQ=255)aaTCGTAAATTTGGCGGTAATGTCAACGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATGCTTCa < 1:254022/69‑1 (MQ=255)aaTCGTAAATTTGGCGGTAATGTCAACGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATGCTTCa < 1:2659101/69‑1 (MQ=255)aaTCGTAAATTTGGCGGTAATGTCAACGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATGCTTCa < 1:3125251/69‑1 (MQ=255)aaTCGTAAATTTGGCGGTAATGTCAACGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATGCTTCa < 1:2905891/69‑1 (MQ=255)aaTCGTAAATTTGGCGGTAATGTCAACGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATGCTTCa < 1:985727/69‑1 (MQ=255) tCGAAAATTTGGCGGTAATGTCAACGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATGCCTCAGa < 1:3364714/69‑1 (MQ=255) 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ttGGCGGTAATGTCAACGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATGCTTCAGAAGTGCt < 1:1881151/67‑1 (MQ=255) aaTGTCAACGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATGCCTCAGAAGTGCTCACCGGCGAt > 1:3090382/1‑69 (MQ=255) gTCAACGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATGCCTCAGAAGTGCTCACCGGCGAtctc > 1:3062053/1‑69 (MQ=255) gTCAACGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATGCCTCAGAAGTGCTCACCGGCGAtctc > 1:3084697/1‑69 (MQ=255) gTCAACGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATGCCTCAGAAGTGCTCACCGGCGAtctc > 1:1119792/1‑69 (MQ=255) gTCAACGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATGCCTCAGAAGTGCTCACCGGCGAtctc > 1:2389947/1‑69 (MQ=255) gTCAACGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATGCCTCAGAAGTGCTCACCGGCGAtctc > 1:1514906/1‑69 (MQ=255) gTCAACGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATGCCTCAGAAGTGCTCACCGGCGAtctc > 1:1258447/1‑69 (MQ=255) gTCAACGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATGCCTCAGAAGTGCTCACCGGCGAtctc > 1:1980596/1‑69 (MQ=255) gTCAACGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATGCCTCAGAAGTACTCACCGGCGAtct > 1:509403/1‑68 (MQ=255) aaCGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATTCCTCAGAAGTGCTCACCGGCGATCTccc < 1:3056226/68‑1 (MQ=255) aaCGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATTCCTCAGAAGTGCTCACCGGCGATCTccc < 1:2646631/68‑1 (MQ=255) aaCGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATGCTTCa < 1:2721662/45‑1 (MQ=255) aaCGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATGCCTCAGAAGTGCTCACCGGCGATCTccc < 1:2281166/68‑1 (MQ=255) aaCGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATGCCTCAGAAGTGCTCACCGGCGATCTccc < 1:2215688/68‑1 (MQ=255) aaCGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATGCCTCAGAAGTGCTCACCGGCGATCTccc < 1:2612601/68‑1 (MQ=255) aaCGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATGCCTCAGAAGTGCTCACCGGCGATCTccc < 1:2978564/68‑1 (MQ=255) aaCGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATGCCTCAGAAGTGCTCACCGGCGATCTccc < 1:1172472/68‑1 (MQ=255) aaCGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATGCCTCAGAAGTGCTCACCGGCGATCTccc < 1:2922496/68‑1 (MQ=255) aaCGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATGCCTCAGAAGTGCTCACCGGCGATCTccc < 1:873964/68‑1 (MQ=255) aaCGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATGCCTCAGAAGTGCTCACCGGCGATCTccc < 1:1488782/68‑1 (MQ=255) aaCGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATGCCTCAGAAGTGCTCACCGGCGATCTcc > 1:1121182/1‑67 (MQ=255) aaCGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATGCCTCAGAAGTGCTCACCGGCGATCTCCCt > 1:2422486/1‑69 (MQ=255) aaCGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATGCCTCAGAAGTGCTCACCGGCGATCTCCCt > 1:1023428/1‑69 (MQ=255) aaCGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATGCCTCAGAAGTGCTCACCGGCGATCTCCCt > 1:1909771/1‑69 (MQ=255) cGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTTCCACGATGCTTCAGAAGTGCTCAcc > 1:3205371/1‑55 (MQ=39) cGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATGCTTCAGAAGTGCTCa > 1:2443928/1‑53 (MQ=255) cGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATGCTTCAGAAGTGCTCAcc > 1:566439/1‑55 (MQ=255) cGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATGCTTCAGAAGTGCTCAcc > 1:3235429/1‑55 (MQ=255) cGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATGCTTCAGAAGTGCTCAcc > 1:2497204/1‑55 (MQ=255) cGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATGCTTCAGAAGTGCTCAcc > 1:390158/1‑55 (MQ=255) cGCCGAACGTATCGCTTTACTGGCGATGTACCACGATGCTTCAGAAGTGCTCAcc > 1:957447/1‑55 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |