| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,510,448 | T→C | 48.4% | T331T (ACT→ACC) | ackA → | acetate kinase A and propionate kinase 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,510,448 | 0 | T | C | 48.4% | ‑1.2 / 86.5 | 95 | T331T (ACT→ACC) | ackA | acetate kinase A and propionate kinase 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (31/18); new base C (11/35); total (42/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.71e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCGAAATACATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTGGG > minE/1510386‑1510513 | gccaaaTACATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCggtggt > 1:3194175/4‑69 (MQ=255)gccaaaTACATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCggtggt > 1:326805/4‑69 (MQ=255)gccaaaTACATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCggtggt > 1:3154157/4‑69 (MQ=255)gccaaaTACATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCggtggt > 1:2356265/4‑69 (MQ=255)gccaaaTACATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCggtggt > 1:2774823/4‑69 (MQ=255)gccaaaTACATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCggtggt > 1:1764933/4‑69 (MQ=255)gccaaaTACATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCggtggt > 1:2000076/4‑69 (MQ=255)gccaaaTACATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCggtggt > 1:914073/4‑69 (MQ=255)gccaaaTACATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCggtggt > 1:468777/4‑69 (MQ=255)gccaaaTACATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCggtggt > 1:2793274/4‑69 (MQ=255)gccaaaTACATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCggtggt > 1:79581/4‑69 (MQ=255)gCGAAATACATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTggtggt > 1:2477438/1‑69 (MQ=255) cATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTg > 1:2777318/1‑68 (MQ=255) cATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTg > 1:842696/1‑68 (MQ=255) cATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTg > 1:1166197/1‑68 (MQ=255) tCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGTTATCGGTGaa < 1:2086432/68‑1 (MQ=255) tCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGaa < 1:557442/68‑1 (MQ=255) tCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGaa < 1:2226225/68‑1 (MQ=255) tCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGaa < 1:3380595/68‑1 (MQ=255) tCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGaa < 1:3292326/68‑1 (MQ=255) tCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGaa < 1:1700265/68‑1 (MQ=255) tCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGGCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGaa < 1:2040847/68‑1 (MQ=255) cGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGCGCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGaa < 1:2153524/67‑1 (MQ=255) tACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGc < 1:2283277/68‑1 (MQ=255) tACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGc < 1:2745173/68‑1 (MQ=255) tACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGc < 1:2545855/68‑1 (MQ=255) tACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGc < 1:990334/68‑1 (MQ=255) tACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGc < 1:1021777/68‑1 (MQ=255) tACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGc < 1:936138/68‑1 (MQ=255) tACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGc < 1:697006/68‑1 (MQ=255) cacTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTggtggt < 1:321585/49‑1 (MQ=255) cacTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTggtggt < 1:3129434/49‑1 (MQ=255) cacTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTggtggt < 1:3345805/49‑1 (MQ=255) cacTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTggtggt < 1:2588806/49‑1 (MQ=255) cacTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTggtggt < 1:1142032/49‑1 (MQ=255) gcTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGc < 1:197672/60‑1 (MQ=255) gatggatgGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGa < 1:1799663/69‑1 (MQ=255) gatggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTg < 1:1985954/69‑1 (MQ=255) gatggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTg < 1:923223/69‑1 (MQ=255) tggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGt < 1:355137/68‑1 (MQ=255) tggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc < 1:1002613/69‑1 (MQ=255) tggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc < 1:2769572/69‑1 (MQ=255) tggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc < 1:920078/69‑1 (MQ=255) tggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc < 1:863587/69‑1 (MQ=255) tggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc < 1:719933/69‑1 (MQ=255) tggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc < 1:52064/69‑1 (MQ=255) tggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc < 1:433118/69‑1 (MQ=255) tggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc < 1:308776/69‑1 (MQ=255) tggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc < 1:323566/69‑1 (MQ=255) tggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc < 1:2464231/69‑1 (MQ=255) tggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc < 1:2471734/69‑1 (MQ=255) tggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc < 1:1562479/69‑1 (MQ=255) tggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc < 1:1618977/69‑1 (MQ=255) tggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc < 1:163494/69‑1 (MQ=255) tggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc < 1:1066691/69‑1 (MQ=255) tggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc < 1:1649363/69‑1 (MQ=255) tggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc < 1:1651908/69‑1 (MQ=255) tggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc < 1:1439888/69‑1 (MQ=255) tggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc < 1:2121146/69‑1 (MQ=255) tggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc < 1:1811030/69‑1 (MQ=255) tggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc < 1:1826950/69‑1 (MQ=255) tggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGATGAAAATGCCCCGATGGTTCGTGAACTGtc < 1:2372105/69‑1 (MQ=255) tggGCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc < 1:1907687/69‑1 (MQ=255) tcgtcTGGTCGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc < 1:2832193/66‑1 (MQ=255) gtcTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc < 1:2545935/64‑1 (MQ=255) cTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTg > 1:261930/1‑55 (MQ=255) tGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGt < 1:1992164/60‑1 (MQ=255) gACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCaaa > 1:2383657/1‑69 (MQ=255) gACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCaa > 1:2135404/1‑68 (MQ=255) cGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc < 1:388672/57‑1 (MQ=255) gCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGc > 1:1538249/1‑38 (MQ=255) gCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGc > 1:3090173/1‑38 (MQ=255) gCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGc > 1:1578741/1‑38 (MQ=255) gCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGc > 1:1133792/1‑38 (MQ=255) gCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGc > 1:73283/1‑38 (MQ=255) gCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGc > 1:1448159/1‑38 (MQ=255) gCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGc > 1:3293648/1‑38 (MQ=255) gCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGc > 1:2085946/1‑38 (MQ=255) gCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc < 1:1410849/56‑1 (MQ=255) gCTGTTGTATTAACTGGTGGTATAGGTGAAAATGCCGc > 1:1843225/1‑38 (MQ=38) gttgtATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGc > 1:1367156/1‑69 (MQ=255) gttgtATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGc > 1:1001517/1‑69 (MQ=255) gttgtATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGc > 1:1448672/1‑69 (MQ=255) gttgtATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGc > 1:671863/1‑69 (MQ=255) gttgtATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGc > 1:608846/1‑69 (MQ=255) gttgtATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGc > 1:589279/1‑69 (MQ=255) gttgtATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGc > 1:1927231/1‑69 (MQ=255) gttgtATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGc > 1:2377988/1‑69 (MQ=255) gttgtATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGc > 1:2722884/1‑69 (MQ=255) cACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTg > 1:1693938/1‑38 (MQ=255) cACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTggg > 1:1691917/1‑51 (MQ=255) cACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTggt > 1:2393093/1‑68 (MQ=255) cACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTggg > 1:3403362/1‑69 (MQ=255) cACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTggg > 1:1038968/1‑69 (MQ=255) cACTGGTGGTATCGCTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTggg > 1:2287077/1‑69 (MQ=255) | GCGAAATACATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTGGG > minE/1510386‑1510513 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |