| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,513,033 | C→A | 37.5% | intergenic (+156/+276) | pta → / ← ubiX | phosphate acetyltransferase/3‑octaprenyl‑4‑hydroxybenzoate carboxy‑lyase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,513,033 | 0 | C | A | 37.5% | 147.3 / 124.1 | 160 | intergenic (+156/+276) | pta/ubiX | phosphate acetyltransferase/3‑octaprenyl‑4‑hydroxybenzoate carboxy‑lyase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (63/36); new base A (30/30); total (93/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.95e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
CTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCTTTTTTATGTTGTGTATTGTGTTGTGTGTT > minE/1512969‑1513097 | tGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTACCACttt < 1:2290444/67‑1 (MQ=255) tGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTACCACttt < 1:302034/67‑1 (MQ=255) tGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTACCACttt < 1:202942/67‑1 (MQ=255) tGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTACCACttt < 1:1530414/67‑1 (MQ=255) tGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTACCACttt < 1:1517382/67‑1 (MQ=255) tGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTACCACttt < 1:2581235/67‑1 (MQ=255) tGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTACCACttt < 1:2395996/67‑1 (MQ=255) tGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTACCACttt < 1:2387157/67‑1 (MQ=255) tGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTACCACttt < 1:1047150/67‑1 (MQ=255) tGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGAGCCATCTCACTTTGCATACTTACCACttt < 1:2757020/67‑1 (MQ=255) gATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTACCACttt < 1:3013369/66‑1 (MQ=255) tATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTTTTAc > 1:1048420/1‑68 (MQ=255) tATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTa < 1:2705183/67‑1 (MQ=255) tATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTa > 1:3410456/1‑67 (MQ=255) tATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTa < 1:914382/67‑1 (MQ=255) tATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTa < 1:2626958/67‑1 (MQ=255) tATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTa < 1:3130644/67‑1 (MQ=255) tATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTa < 1:1788900/67‑1 (MQ=255) tATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTAc > 1:2636093/1‑68 (MQ=255) 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aaCTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTACCACTTTg > 1:1872379/1‑54 (MQ=255) aaCTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTACCACTTTg > 1:2108914/1‑54 (MQ=255) aaCTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTACCACTTTg > 1:1838865/1‑54 (MQ=255) aaCTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTACCACTTTg > 1:1914383/1‑54 (MQ=255) aaCTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTACCACTTTg > 1:1086135/1‑54 (MQ=255) aaCTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTACCACTTTg > 1:2069284/1‑54 (MQ=255) aaCTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTACCACTTTg > 1:1474083/1‑54 (MQ=255) aaCTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTACCACTTTg > 1:1633567/1‑54 (MQ=255) aaCTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTACCACTTTg > 1:1090503/1‑54 (MQ=255) cTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTACCACttt < 1:540801/46‑1 (MQ=255) aaTGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTACCACttt < 1:2421466/39‑1 (MQ=255) aTGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTACCACttt < 1:2268056/38‑1 (MQ=255) aaTTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATa > 1:2709683/1‑43 (MQ=255) aaTTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATa > 1:1767848/1‑43 (MQ=255) aaTTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATa > 1:1065590/1‑43 (MQ=255) aaTTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATa > 1:2346836/1‑43 (MQ=255) ttGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCttttt > 1:3193271/1‑65 (MQ=255) ttGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCttttt > 1:3428733/1‑65 (MQ=255) ttGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCttttt > 1:2663256/1‑65 (MQ=255) ttGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCttttt > 1:1965833/1‑65 (MQ=255) ttGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTATGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCttttt > 1:626269/1‑65 (MQ=255) tcACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGaa < 1:2840332/44‑1 (MQ=255) tcACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGaa < 1:1597925/44‑1 (MQ=255) tcACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCTTTTTTATGTTGTGTAttg > 1:2721689/1‑69 (MQ=255) tcACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCTTTTTTATGTTGTGTAttg > 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(MQ=255) cTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCTTTTTTAtgttgt < 1:1008757/51‑1 (MQ=255) ttCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCTTTTTTAtgttgt < 1:3151200/50‑1 (MQ=255) | CTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCTTTTTTATGTTGTGTATTGTGTTGTGTGTT > minE/1512969‑1513097 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |