| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,515,092 | A→G | 73.4% | L133L (CTT→CTC) | purF ← | amidophosphoribosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,515,092 | 0 | A | G | 73.4% | 62.9 / 19.1 | 56 | L133L (CTT→CTC) | purF | amidophosphoribosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (10/5); new base G (6/35); total (16/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.50e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.88e-01 | |||||||||||
AGTGGCGGAAGTTGTCCAGCTCGCTGGCGAAGATATTAAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGATGTGGCGGCGTTTTTCTTCAAACAGTTTTTTACGCAA > minE/1515055‑1515160 | aGTGGCGGAAGTTGTCCAGCTCGCTGGCGAAGATATTAAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGa < 1:365576/69‑1 (MQ=255)aGTGGCGGAAGTTGTCCAGCTCGCTGGCGAAGATATTAAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGa < 1:176064/69‑1 (MQ=255)aGTGGCGGAAGGTGTCCAGCTCGCTGGCGAAGATATTAAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGa < 1:495147/69‑1 (MQ=255) gTGGCGGAAGTTGTCCAGCTCGCTGGCGAAGATATTAAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGa < 1:2167487/68‑1 (MQ=255) gTGGCGGAAGTTGTCCAGCTCGCTGGCGAAGATATTAAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGa < 1:2142539/68‑1 (MQ=255) ggCGGAAGTTGTCCAGTTCGCTTGCGAAAATATTGAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGAtg < 1:2282202/68‑1 (MQ=255) ggCGGAAGTTGTCCAGTTCGCTTGCGAAAATATTGAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGAtg < 1:2344193/68‑1 (MQ=255) ggCGGAAGTTGTCCAGTTCGCTTGCGAAAATATTGAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGAtg < 1:126527/68‑1 (MQ=255) ggCGGAAGTTGTCCAGTTCGCTTGCGAAAATATTGAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGAtg < 1:1885209/68‑1 (MQ=255) ggCGGAAGTTGTCCAGTTCGCTTGCGAAAATATTGAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGAtg < 1:24598/68‑1 (MQ=255) ggCGGAAGTTGTCCAGTTCGCTTGCGAAAATATTGAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGAtg < 1:2561580/68‑1 (MQ=255) ggCGGAAGTTGTCCAGTTCGCTTGCGAAAATATTGAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGAtg < 1:3066869/68‑1 (MQ=255) ggCGGAAGTTGTCCAGTTCGCTTGCGAAAATATTGAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGAtg < 1:1626131/68‑1 (MQ=255) gCGGAAGTTGTCCAGCTCGCTGGCGAAGATATTAAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAgt > 1:10641/1‑57 (MQ=255) gCGGAAGTTGTCCAGCTCGCTGGCGAAGATATTAAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGa > 1:2983261/1‑65 (MQ=255) gCGGAAGTTGTCCAGCTCGCTGGCGAAGATATTAAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGa > 1:1566859/1‑65 (MQ=255) gCGGAAGTTGTCCAGCTCGCTGGCGAAGATATTAAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGa > 1:1271811/1‑65 (MQ=255) gCGGAAGTTGTCCAGCTCGCTGGCGAAGATATTAAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGa > 1:1239033/1‑65 (MQ=255) gCGGAAGTTGTCCAGCTCGCTGGCGAAGATATTAAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGAtgtg > 1:2544573/1‑69 (MQ=255) gCGGAAGTTGTCCAGCTCGCTGGCGAAGATATTAAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGAtgtg > 1:1428367/1‑69 (MQ=255) gCGGAAGTTGTCCAGCTCGCTGGCGAAGATATTAAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGAtgtg > 1:236374/1‑69 (MQ=255) ggAAGTTGTCCAGTTCGCTTGCGAAAATATTGAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGAtg < 1:2888177/65‑1 (MQ=255) ggAAGTTGTCCAGTTCGCTTGCGAAAATATTGAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGAtg < 1:2567625/65‑1 (MQ=255) ggAAGTTGTCCAGTTCGCTTGCGAAAATATTGAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGAtg < 1:3173778/65‑1 (MQ=255) ggAAGTTGTCCAGTTCGCTTGCGAAAATATTGAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGAtg < 1:3229136/65‑1 (MQ=255) ggAAGTTGTCCAGTTCGCTTGCGAAAATATTGAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGAtg < 1:3299601/65‑1 (MQ=255) ggAAGTTGTCCAGTTCGCTTGCGAAAATATTGAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGAtg < 1:2448392/65‑1 (MQ=255) ggAAGTTGTCCAGTTCGCTTGCGAAAATATTGAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGAtg < 1:964651/65‑1 (MQ=255) ggAAGTTGTCCAGTTCGCTTGCGAAAATATTGAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGAtg < 1:2203646/65‑1 (MQ=255) ggAAGTTGTCCAGTTCGCTTGCGAAAATATTGAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGAtg < 1:1171863/65‑1 (MQ=255) ggAAGTTGTCCAGTTCGCTTGCGAAAATATTGAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGAtg < 1:1264711/65‑1 (MQ=255) ggAAGTTGTCCAGTTCGCTTGCGAAAATATTGAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGAtg < 1:1504802/65‑1 (MQ=255) ggAAGTTGTCCAGTTCGCTTGCGAAAATATTGAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGAtg < 1:1804484/65‑1 (MQ=255) ggAAGTTGTCCAGTTCGCTTGCGAAAATATTGAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGAtg < 1:1846310/65‑1 (MQ=255) ggAAGTTGTCCAGTTCGCTTGCGAAAATATTGAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGAtg < 1:2172000/65‑1 (MQ=255) ggAAGTTGTCCAGTTCGCTTGCGAAAATATTGAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGAtg < 1:1882832/65‑1 (MQ=255) ggAAGTTGTCCAGTTCGCTTGCGAAAATATTGAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGAtg < 1:2191977/65‑1 (MQ=255) ggAAGTTGTCCAGTTCGCTTGCGAAAATATTGAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGATGTggc > 1:25598/1‑69 (MQ=255) ggAAGTTGTCCAGTTCGCTTGCGAAAATATTGAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGATGTggc > 1:597161/1‑69 (MQ=255) ggAAGTTGTCCAGTTCGCTTGCGAAAATATTGAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGATGTggc > 1:164612/1‑69 (MQ=255) ggAAGTTGTCCAGTTCGCTTGCGAAAATATTGAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGATGTgg < 1:2220680/68‑1 (MQ=255) ggAAGTTGTCCAGTTCGCTTGCGAAAATATTGAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGATGTgg < 1:783440/68‑1 (MQ=255) ggAAGTTGTCCAGTTCGCTTGCGAAAATATTGAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGATGTgg < 1:398712/68‑1 (MQ=255) ggAAGTTGTCCAGTTCGCTTGCGAAAATATTGAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGATGTgg < 1:2319720/68‑1 (MQ=255) ggAAGTTGTCCAGTTCGCTTGCGAAAATATTGAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGATGTgg < 1:1371423/68‑1 (MQ=255) ggAAGTTGTCCAGTTCGCTTGCGAAAATATTGAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGATGTgg < 1:3040862/68‑1 (MQ=255) ggAAGTTGTCCAGTTCGCTTGCGAAAATATTGAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGATGTgg > 1:2813559/1‑68 (MQ=255) ggAAGTTGTCCAGTTCGCTTGCGAAAATATTGAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGATGTgg > 1:2717476/1‑68 (MQ=255) ggAAGTTGTCCAGTTCGCTTGCGAAAATATTGAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGATGTgg < 1:2567770/68‑1 (MQ=255) ggAAGTTGTCCAGTTCGCTTGCGAAAATATTGAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGATGTgg < 1:1803357/68‑1 (MQ=255) ggAAGTTGTCCAGTTCGCTTGCGAAAATATTGAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGATGTgg > 1:2565512/1‑68 (MQ=255) tGTCCAGCTCGCTGGCGAAGATATTAAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGATGTGGCGGCGtt > 1:3154759/1‑69 (MQ=255) tCGCTTGCGAAAATATTGAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGATGTgg < 1:1339525/54‑1 (MQ=255) atatTGAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTTATGTgg < 1:3095706/42‑1 (MQ=38) tatTGAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGAtg < 1:124408/38‑1 (MQ=255) atTAAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGATGTGGCGGCGTTTTTCTTCAAACAGTTTTTTAc > 1:1716081/1‑68 (MQ=255) aaGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGATGTGGCGGCGTTTTTCTTCAAACAGTTTTTTACGc > 1:2180315/1‑67 (MQ=255) aaGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGATGTGGCGGCGTTTTTCTTCAAACAGTTTTTTACGCaa > 1:3060195/1‑69 (MQ=255) aaGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGATGTGGCGGCGTTTTTCTTCAAACAGTTTTTTACGCa > 1:1558826/1‑68 (MQ=255) | AGTGGCGGAAGTTGTCCAGCTCGCTGGCGAAGATATTAAGCAGAATTTCCGAGTCGGAAGTGGTGTTGATGTGGCGGCGTTTTTCTTCAAACAGTTTTTTACGCAA > minE/1515055‑1515160 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |